神龙二年，公元706年，春季正月戊戌日，朝廷任命吏部尚书李峤为同中书门下三品，任命中书侍郎于惟谦为同平章事。
闰正月丙午日，唐中宗下诏：“太平、长安、安乐、宜城、新都、定安、金城七位公主一并开设官署，设置僚属。”
武三思因为敬晖、桓彦范、袁恕己还在京城，心中十分忌惮。乙卯日，武三思将三人外放，分别担任滑州、洺州、豫州刺史。
朝廷赐予閺乡县僧人万回法云公的称号。甲戌日，任命突骑施酋长乌质勒为怀德郡王。
二月乙未日，朝廷任命刑部尚书韦巨源为同中书门下三品，韦巨源还得以与韦皇后叙宗族辈分。丙申日，僧人慧范等九人全部被晋升为五品官阶，赐予郡公或县公的爵位；道士史崇恩等三人被晋升为五品官阶，任命为国子祭酒，待遇与正式官员相同；叶静能被加授金紫光禄大夫。
朝廷挑选左、右御史台及朝廷内外五品以上官员二十人担任十道巡察使，委派他们考核官吏、安抚百姓、举荐贤才、复审案件，每两年轮换一次，根据他们的功过决定升降职位。易州刺史魏县人姜师度、礼部员外郎马怀素、殿中侍御史临漳人源乾曜、监察御史灵昌人卢怀慎、卫尉少卿滏阳人李杰都在此次入选的名单中。
三月甲辰日，中书令韦安石被免去宰相职务，改任户部尚书；户部尚书苏瑰被任命为侍中、西京留守。苏瑰是苏颋的父亲。唐休璟辞官退休。
当初，少府监丞弘农人宋之问和他的弟弟兖州司仓宋之逊，都因依附张易之而被贬到岭南，后来两人逃回东都，藏在友人光禄卿、驸马都尉王同皎家中。王同皎痛恨武三思和韦后的所作所为，每次和亲信谈论起他们，总是咬牙切齿。宋之逊在门帘后听到这些话，便秘密派他的儿子宋昙和外甥校书郎李悛去告密，想要借此赎罪。武三思让宋昙、李悛以及抚州司仓冉祖雍上书，诬告王同皎和洛阳人张仲之、祖延庆、武当县丞寿春人周憬等人暗中勾结壮士，计划刺杀武三思，随后率兵闯入皇宫，废黜韦皇后。唐中宗下令御史大夫李承嘉、监察御史姚绍之审理此案，又命杨再思、李峤、韦巨源参与核验。张仲之当庭揭发武三思的罪状，事情牵连到后宫。杨再思、韦巨源假装打瞌睡，不予理会；李峤和姚绍之下令将张仲之反绑双手，押入监狱。张仲之回头不停控诉，姚绍之命人用棍棒击打他，打断了他的手臂。张仲之大声呼喊：“我已经输给你了，死了之后必定到上天那里控告你！”庚戌日，王同皎等人都被判斩首，家产被官府没收。周憬逃到比干庙中，高声大喊：“比干是古代的忠臣，应当知道我的忠心！武三思与皇后淫乱，危害国家，很快就会被斩首示众，我只恨不能亲眼看到这一天！”于是自刎而死。宋之问、宋之逊、宋昙、李悛、冉祖雍都被任命为京官，晋升为朝散大夫。
武三思与韦后日夜不停地在唐中宗面前诬陷敬晖等人，唐中宗又将敬晖降职为朗州刺史，崔玄暐降职为均州刺史，桓彦范降职为亳州刺史，袁恕己降职为郢州刺史；与敬晖等人一同立功的谢思行等人，都被视为同党，受到贬谪。
朝廷大量增置员外官，从京城各部门到各州，一共增设两千多人；宦官被破格提拔为七品以上员外官的，又将近一千人。
魏元忠从端州回到京城担任宰相后，不再直言强谏，只是一味迎合世俗，朝廷内外的人都对他感到失望。酸枣县尉袁楚客写信给魏元忠，信中说：“君主刚刚承受天命，应当革新德行，提拔君子，罢黜小人，以此振兴教化，怎么能安于荣华富贵，沉默不言呢！如今不早点册立太子，挑选师傅辅佐他，这是第一个过失。公主开设官署、设置僚属，这是第二个过失。尊崇僧人道士，让他们游走于权贵之门，依仗权势收受贿赂，这是第三个过失。戏子小人窃取官爵俸禄，这是第四个过失。有关部门选拔举荐贤才，全靠钱财和权势打通门路，这是第五个过失。宠爱提拔宦官，人数将近一千，这是酿成祸乱的根源，这是第六个过失。王公贵戚，赏赐毫无节制，竞相奢侈浪费，这是第七个过失。大量增置员外官，耗费钱财、损害百姓，这是第八个过失。前朝宫女，获准出宫居住，出入没有禁令，结交权贵、请托办事，这是第九个过失。旁门左道之人迷惑君主的视听，窃取俸禄官位，这是第十个过失。这十个过失，您不去纠正，还有谁能纠正呢！”魏元忠收到信后，只是惭愧地道歉而已。夏季四月，唐中宗将韦皇后之父韦玄贞的追赠爵位改为酆王，韦皇后的四个弟弟都被追赠为郡王。
己丑日，左散骑常侍、同中书门下三品李怀远辞官退休。
平民京兆人韦月将上书告发武三思暗中与后宫勾结，必定会发动叛乱。唐中宗勃然大怒，下令将韦月将斩首。黄门侍郎宋璟上奏请求审查此案，唐中宗更加愤怒，来不及整理头巾，拖着鞋子从侧门出来，对宋璟说：“我还以为已经把他斩了，竟然还没有执行吗！”下令立刻将韦月将斩首。宋璟说：“有人告发皇后与武三思私通，陛下不加以审问就将告发者处死，我担心天下百姓一定会私下议论。”坚持请求审查此案，唐中宗不允许。宋璟说：“陛下如果一定要斩韦月将，那就请先斩我！否则，我终究不敢奉诏执行。”唐中宗的怒气稍有平息。左御史大夫苏珦、给事中徐坚、大理卿长安人尹思贞都认为正值夏季执行死刑，违背时令。唐中宗于是下令对韦月将处以杖刑，流放岭南。等到秋分的第二天拂晓，广州都督周仁轨将韦月将斩首。
御史大夫李承嘉依附武三思，在朝堂上诋毁尹思贞。尹思贞说：“你依附奸臣，将要图谋不轨，是想先铲除忠臣吗！”李承嘉大怒，上奏弹劾尹思贞，尹思贞被贬为青州刺史。有人对尹思贞说：“你平时不善言辞，为何在朝堂上反驳李承嘉时，如此敏锐犀利？”尹思贞说：“原本不能鸣叫的东西，受到刺激就会鸣叫。李承嘉依仗权势欺凌我，我坚守道义不肯屈服，也不知道那些话是从哪里说出来的。”
武三思厌恶宋璟，将他外放为检校贝州刺史。
五月庚申日，朝廷将则天大圣皇后武则天安葬在乾陵。
武三思让郑愔告发朗州刺史敬晖、亳州刺史韦彦范、襄州刺史张柬之、郢州刺史袁恕己、均州刺史崔玄暐与王同皎串通谋反。六月戊寅日，唐中宗将敬晖贬为崖州司马，韦彦范贬为泷州司马，张柬之贬为新州司马，袁恕己贬为窦州司马，崔玄暐贬为白州司马，一律为员外官，长期留任，削夺他们的功勋封爵；同时恢复韦彦范的本姓桓氏。
当初，韦玄贞流放钦州时去世，蛮族酋长宁承基兄弟想要强娶韦玄贞的女儿，韦玄贞的妻子崔氏不同意，宁承基等人便杀了崔氏以及她的四个儿子韦洵、韦浩、韦洞、韦泚。唐中宗命令广州都督周仁轨率领两万大军前去讨伐。宁承基等人逃到海上，周仁轨率军追击，将他们斩首，用他们的头颅祭奠崔氏的坟墓，还几乎将宁承基的部众全部杀光。唐中宗大喜，加封周仁轨为镇国大将军，兼任五府大使，赐予汝南郡公的爵位。韦皇后隔着帘子向周仁轨行礼，像对待父亲一样侍奉他。等到韦皇后倒台后，周仁轨因是韦氏同党而被诛杀。
秋季七月戊申日，唐中宗册立卫王李重俊为皇太子。太子生性英明果决，但东宫的僚属大多是皇亲贵族子弟，所作所为多不遵守法度。左庶子姚珽屡次劝谏，太子都不听从。姚珽是姚璹的弟弟。
丙寅日，朝廷任命李峤为中书令。
唐中宗准备返回西京，辛未日，任命左散骑常侍李怀远为同中书门下三品，担任东都留守。
武三思暗中派人书写韦皇后的淫秽行径，张贴在天津桥上，请求废黜韦皇后。唐中宗勃然大怒，下令御史大夫李承嘉彻底追查此事。李承嘉上奏说：“这是敬晖、桓彦范、张柬之、袁恕己、崔玄暐派人干的，他们虽然声称是废黜皇后，实际上是图谋叛逆，请求将他们灭族。”武三思又让安乐公主在宫中诬陷他们，让侍御史郑愔在朝堂上散布他们的罪状。唐中宗下令司法部门结案。大理丞三原人李朝隐上奏说：“敬晖等人没有经过审讯，不能仓促地将他们灭族。”大理丞裴谈上奏说：“敬晖等人应当按照诏令处以斩首、没收家产的刑罚，不应该再进行审讯。”唐中宗考虑到之前曾赐予敬晖等人铁券，承诺过赦免他们的死罪，于是下令将敬晖长期流放到琼州，桓彦范流放到瀼州，张柬之流放到泷州，袁恕己流放到环州，崔玄暐流放到古州，他们十六岁以上的子弟，全部流放到岭南。朝廷提拔李承嘉为金紫光禄大夫，晋升爵位为襄武郡公，任命裴谈为刑部尚书；将李朝隐外放为闻喜县令。
武三思又婉言劝说太子李重俊上书，请求将敬晖等人灭三族，唐中宗没有同意。
中书舍人崔湜劝说武三思：“敬晖等人如果将来回到北方，终究会成为祸患，不如派遣使者假传圣旨，把他们杀掉。”武三思询问谁可以担任使者，崔湜推荐了大理正周利用。周利用之前就被五王憎恨，被贬为嘉州司马。武三思于是任命周利用代理右台侍御史，奉命出使岭南。周利用抵达岭南时，张柬之、崔玄暐已经去世。他在贵州遇到桓彦范，下令手下人将桓彦范捆绑起来，拖在竹筏上，桓彦范的肉都被磨掉露出骨头，之后才被杖杀。周利用抓到敬晖后，将他凌迟处死。袁恕己平时喜欢服用黄金，周利用逼迫他喝下野葛汁，袁恕己喝了几升都没有死，最终无法忍受毒性的折磨，用手抓地，指甲全部脱落，周利用随后将他打死。周利用返回京城后，被提拔为御史中丞。薛季昶接连被贬，最终担任儋州司马，服毒自尽。
武三思诛杀五王之后，权势超过君主，常常说：“我不知道世间什么样的人是好人，什么样的人是坏人；只要对我好的就是好人，对我不好的就是坏人。”
当时，兵部尚书宗禁客、将作大匠宗晋卿、太府卿纪处讷、鸿胪卿甘元柬都是武三思的党羽。御史中丞周利用、侍御史冉祖雍、太仆丞李俊、光禄丞宋之逊、监察御史姚绍之都是武三思的耳目，当时的人称他们为“五狗”。
九月戊午日，左散骑常侍、同中书门下三品李怀远去世。
当初，李峤担任吏部侍郎时，想要培植私人恩德，以便再次入朝担任宰相，于是上奏请求大量增置员外官，广泛引荐权贵亲属和亲信。等到他担任宰相后，选官制度陷入混乱，国库储备日益减少，他才又上表陈述滥设官员的弊端，并且请求辞去宰相职务。唐中宗好言安慰，没有批准他的请求。
冬季十月己卯日，唐中宗的车驾从东都出发，任命前检校并州长史张仁愿为检校左屯卫大将军，兼任洛州长史。戊戌日，唐中宗的车驾抵达西京。十一月乙巳日，朝廷大赦天下。
丙辰日，朝廷任命蒲州刺史窦从一为雍州刺史。窦从一是窦德玄的儿子，原名窦怀贞，为了避韦皇后之父韦玄贞的名讳，改名为窦从一，此人十分善于谄媚依附权贵。太平公主与佛寺争夺碾硙，雍州司户李元纮判决将碾硙判给佛寺。窦从一得知后十分害怕，急忙命令李元纮更改判决。李元纮在判决书的末尾写下大字：“南山可以移动，这个判决绝不更改！”窦从一无法迫使他改变决定。李元纮是李道广的儿子。
当初，秘书监郑普思将自己的女儿送入后宫，监察御史灵昌人崔日用上奏弹劾他，唐中宗没有理会。郑普思在雍州、岐州聚集党羽，图谋发动叛乱。事情败露后，西京留守苏瑰将他逮捕入狱，深入追查。郑普思的妻子第五氏凭借鬼道之术得到韦皇后的宠幸，唐中宗下令苏瑰停止审理此案。等到唐中宗的车驾返回西京，苏瑰在朝堂上据理力争，唐中宗压制苏瑰而庇护郑普思。侍御史范献忠上前说道：“请陛下斩杀苏瑰！”唐中宗说：“为什么？”范献忠回答说：“苏瑰身为留守大臣，不能先斩杀郑普思再上奏，反而让他迷惑陛下的视听，罪过极大。况且郑普思谋反的迹象十分明显，而陛下却偏袒他，为他辩解。我听说‘王者不死’，大概说的就是这种情况吧！我愿意先被赐死，不愿面向北方向郑普思称臣。”魏元忠说：“苏瑰是忠厚长者，量刑不会冤枉好人。郑普思按照法律应当判处死刑。”唐中宗迫不得已，戊午日，下令将郑普思流放到儋州，他的其余党羽全部被处死。
十二月己卯日，突厥首领默啜进犯鸣沙，灵武军大总管沙吒忠义率军迎战，结果战败，阵亡将士达六千多人。丁巳日，突厥军队进一步进犯原州、会州等州，掠夺陇右地区的牧马一万多匹后离去。朝廷免去沙吒忠义的官职。
安西大都护郭元振前往突骑施酋长乌质勒的牙帐商议军务，当时天降大雪，风势猛烈，郭元振站在牙帐前，与乌质勒交谈。过了很久，积雪深厚，郭元振始终没有挪动脚步。乌质勒年老体弱，无法忍受严寒，会面结束后就去世了。乌质勒的儿子娑葛率领军队准备进攻郭元振，副使、御之中丞解琬得知后，劝说郭元振连夜逃走。郭元振说：“我诚心诚意对待他人，有什么可怀疑和惧怕的！况且我身处敌人腹地，又能逃到哪里去呢！”于是安然就寝，一动不动。第二天一早，郭元振前往乌质勒的牙帐吊唁，哭得十分悲痛。娑葛被他的忠义打动，对待他如同往常一样。戊戌日，朝廷任命娑葛承袭嗢鹿州都督、怀德王的爵位。
安乐公主依仗皇帝的宠爱骄横放纵，公然卖官鬻狱，权势压倒朝野百官。她有时自己草拟皇帝的诏令，遮住诏令上的文字，让唐中宗签名盖章。唐中宗笑着依从她，竟然不看诏令的内容。安乐公主还亲自请求唐中宗立她为皇太女，唐中宗虽然没有同意，但也没有斥责她。
景龙元年，公元707年春季正月庚戌日，唐中宗因突厥首领默啜进犯边境，下诏命令朝廷内外官员各自进献平定突厥的计策。右补阙卢俌上奏疏认为：“郤谷喜爱礼乐、笃好诗书，被任命为晋国的元帅；杜预射箭不能穿透铠甲，却立下平定东吴的功勋。由此可知，指挥军队、制定谋略，不取决于武将的匹夫之勇。像沙吒忠义这类人，不过是骁勇武将的材料，原本就不足以担当大任。此外，鸣沙之战中，主将率先逃跑，应当严明国法、予以惩处；赏罚分明，敌人自然没有不臣服的道理。同时，边境各州的刺史应当精心挑选合适人选，让他们整顿兵马、囤积粮草，敌人来犯就坚决抵御，敌人退走就严密防备。去年全国各地遭遇旱灾，不宜轻易发动军队。应当先治理好内政，再安抚外部；安抚好近处的百姓，远方的部族自然会前来归附，等粮仓充实、士兵训练有素之后，再大举出兵讨伐突厥。”唐中宗认为他说得很有道理。
二月丙戌日，唐中宗派武攸暨、武三思前往乾陵祈求降雨。不久天降大雨，唐中宗十分高兴，下诏恢复武氏的崇恩庙以及昊陵、顺陵，将酆王庙改名为褒德庙，酆王的陵墓改名为荣先陵；又下诏规定崇恩庙的斋郎从五品官员的子弟中选拔。太常博士杨孚说：“太庙的斋郎都是从七品以下官员的子弟中选拔，如今崇恩庙却要从五品官员的子弟中选拔，不知道太庙的选拔标准今后该如何定？”唐中宗下令太庙的选拔标准也依照崇恩庙的规格。杨孚说：“以臣子的标准来比照君主的标准，已经算是僭越叛逆了，更何况是用君主的标准去比照臣子的标准呢！”唐中宗这才作罢。
庚寅日，唐中宗下令将各州的中兴寺、中兴观改名为龙兴寺、龙兴观，并且规定从今以后大臣上奏言事不得再提及“中兴”二字。右补阙权若讷上奏疏认为：“天、地、日、月等字的写法，都是则天皇后所创制的，叛臣敬晖等人随意扰乱前朝定下的规矩；如今删改这些字的写法，对淳厚的教化没有任何益处，保留这些字的写法，反而能彰显陛下孝顺亲长的美德。此外，神龙元年颁布的诏令规定，处理任何事情都要遵循贞观时期的旧制，陛下怎么能舍弃近在眼前的母后的仪制，而去尊崇远在太宗时期的祖德呢！”奏疏呈上后，唐中宗亲笔书写诏令对他加以褒奖赞美。
三月庚子日，吐蕃派遣大臣悉薰热入朝进贡。夏季四月辛巳日，唐中宗将自己收养的雍王李守礼的女儿金城公主，许配给吐蕃赞普为妻。
五月戊戌日，唐中宗任命右屯卫大将军张仁愿为朔方道大总管，以防备突厥的进犯。
唐中宗因年景干旱、粮食昂贵，召见太府卿纪处讷商议对策。第二天，武三思指使知太史事迦叶志忠上奏说：“昨夜摄提星进入太微宫，一直移动到帝座星的位置，这预示着大臣应当入宫朝见君主，向天子进献忠言。”唐中宗认为他说得对，下诏称赞纪处讷忠诚可嘉，其忠心能上通天象，赏赐给他一套衣服、六十段丝帛。
姚巂道讨击使、监察御史晋昌人唐九征率军攻打姚州反叛的蛮族，大败敌军，斩杀和俘获敌兵三千多人。
韦皇后因太子李重俊不是自己亲生的，十分厌恶他；特进、德静王武三思尤其忌惮太子。上官婕妤因为依附武三思的缘故，每次起草皇帝的诏令，都要推崇武氏一族。安乐公主和驸马、左卫将军武崇训经常欺凌侮辱太子，有时甚至称呼太子为“奴才”。武崇训还教唆安乐公主向唐中宗进言，请求废掉太子，立自己为皇太女。太子心中积怨已久，无法平静。
秋季七月辛丑日，太子李重俊与左羽林大将军李多祚、将军李思冲、李承况、独孤祎之、沙吒忠义等人，假传皇帝旨意，调集羽林千骑兵三百多人，在武三思的府第中将武三思、武崇训父子杀死，并将他们的亲党十多人一同诛杀。太子又派左金吾大将军、成王李千里和他的儿子天水王李禧，分头带兵把守宫城各门，自己则与李多祚率领兵马从肃章门破门而入，敲击宫门搜捕上官婕妤。上官婕妤大声喊道：“看他们的意图，是先抓我上官婉儿，然后抓皇后，最后就要抓到皇上了！”唐中宗于是与韦皇后、安乐公主、上官婕妤一同登上玄武门楼躲避兵锋，派左羽林大将军刘景仁率领一百多名飞骑兵驻守在门楼下方，保卫自己的安全。杨再思、苏瑰、李峤与兵部尚书宗楚客、左卫将军纪处讷等人，率领两千多名兵马屯驻在太极殿前，紧闭宫门坚守阵地。李多祚率先领兵来到玄武楼下，想要带兵上楼，被守卫门楼的禁军阻拦。李多祚和太子都犹豫不决，按兵不动，希望唐中宗能出来询问他们起兵的原因。宫闱令石城人杨思勖站在唐中宗身边，请求带兵出击。李多祚的女婿、羽林中郎将野呼利担任前锋总管，杨思勖手持利刃冲上前去，将他斩杀，李多祚的军队顿时士气低落。唐中宗手扶栏杆，俯身对楼下李多祚所率领的千骑兵们说：“你们都是朕的侍卫亲兵，为什么要跟随李多祚谋反呢？如果你们能斩杀谋反之人，不必担心没有荣华富贵。”于是千骑兵们纷纷倒戈，斩杀了李多祚、李承况、独孤祎之、沙吒忠义，其余的人全部溃散逃亡。成王李千里、天水王李禧率兵攻打右延明门，想要诛杀宗楚客、纪处讷，未能攻克，两人都战死了。太子李重俊带着一百多名骑兵逃往终南山，逃到鄠县以西时，身边跟从的人只剩下几个，他在树林下休息时，被身边的随从杀死。唐中宗将太子的首级进献到太庙，又拿去祭奠武三思、武崇训的灵柩，然后将首级悬挂在朝堂上示众。唐中宗下令将成王李千里的姓氏改为蝮氏，太子的同党全部被处死。
东宫的僚属们没有人敢靠近太子的尸体，只有永和县丞宁嘉勖脱下自己的衣服，裹住太子的首级放声痛哭，唐中宗因此将他贬为兴平县丞。
太子的兵马所经过的宫门的守卫人员，都被判流放之刑；韦氏集团的党羽上奏请求将他们全部处死，唐中宗于是下令司法部门重新审理此案。大理卿宋城人郑惟忠说：“大案刚刚判决，人心尚未安定，如果再重新审理，恐怕会让人心惶惶。”唐中宗这才停止追究。
唐中宗任命杨思勖为银青光禄大夫，兼任内常侍。癸卯日，朝廷大赦天下。
唐中宗追赠武三思为太尉、梁宣王，追赠武崇训为开府仪同三司、鲁忠王。安乐公主请求依照永泰公主的旧例，将武崇训的坟墓称为陵。给事中卢粲反驳说：“永泰公主的事情属于皇帝的特别恩宠，如今鲁王武崇训只是皇帝的女婿，不能与永泰公主相提并论。”唐中宗亲笔书写敕令说：“安乐公主与永泰公主没有区别，夫妻合葬的道理，古今都是一样的。”卢粲又上奏说：“陛下将对女儿的慈爱施加到她的丈夫身上，怎么能让君臣尊卑没有区别、地位完全一样呢！”唐中宗这才听从了他的意见。安乐公主十分恼怒，将卢粲外放为陈州刺史。
襄邑县尉襄阳人席豫听说安乐公主请求立为皇太女，叹息道：“汉代的梅福能讥讽斥责王氏专权，我难道就不能这样做吗！”于是上书请求唐中宗册立太子，言辞十分恳切深刻。太平公主想要上表举荐他担任谏官，席豫以此为耻，于是逃离了京城。
八月戊寅日，韦皇后以及王公大臣们上表，请求给唐中宗加尊号为应天神龙皇帝，唐中宗下令将玄武门改名为神武门，将玄武楼改名为制胜楼。宗楚客又率领文武百官上表，请求给韦皇后加尊号为顺天翊圣皇后。唐中宗全部同意了。
当初，右台大夫苏珦负责审理太子李重俊的同党，在押的囚犯中有人牵扯到相王李旦，苏珦秘密地为相王申辩，唐中宗于是不再追究此事。从此以后，安乐公主和兵部尚书宗楚客日夜谋划诬陷相王，指使侍御史冉祖雍等人上奏诬告相王李旦和太平公主，说：“他们与太子李重俊串通谋反，请将他们逮捕入狱，交付司法部门审理。”唐中宗召见吏部侍郎兼御史中丞萧至忠，命他负责审理此案。萧至忠流着泪说：“陛下坐拥天下，竟然不能容下自己的一个弟弟和一个妹妹，反而要让人罗织罪名陷害他们吗！相王当初被立为皇嗣时，曾坚决向则天皇后请求，将天下让给陛下，为此几天不吃饭，这是天下人都知道的事情。陛下怎么能因为冉祖雍的一句话就怀疑相王呢！”唐中宗向来对兄弟友爱，于是搁置了这件事。
右补阙浚仪人吴兢听说冉祖雍的阴谋后，上奏疏认为：“自从文明年间以来，李唐皇室的子嗣命运多舛，命脉如同丝线一样微弱，陛下登基称帝，恩泽遍及皇室九族，将流放在瘴气弥漫的偏远之地的宗室子弟召回，让他们登上朝堂。何况相王是陛下同父同母的至亲，普天之下再也没有第二个这样的亲人，而奸臣却日夜策划阴谋，想要将他置于死地；国家祸乱的根源，将要从此开始了。如果授予权力，即使是关系疏远的人也会变得举足轻重；如果剥夺权力，即使是关系亲近的人也会变得无足轻重。自古以来，君主信任异姓之人，猜忌骨肉至亲，最终导致国破家亡的，实在是数不胜数啊！何况如今皇室的枝叶所剩无几，陛下登基的时间还不长，就已经有一个儿子因起兵作乱被杀，一个儿子因过失而被流放远方，只剩下相王这一个弟弟在身边朝夕相伴，‘尺布斗粟’的讥讽，不能不慎重对待，《诗经·青蝇》中所告诫的小人离间骨肉的事情，实在是令人畏惧啊！”
相王李旦为人宽厚恭谨，性情安恬，喜好谦让，因此在武则天、韦皇后掌权的时期，最终得以幸免于难。
当初，右仆射、中书令魏元忠因武三思专权跋扈，心中常常愤懑郁结。等到太子李重俊起兵时，在永安门遇到了魏元忠的儿子、太仆少卿魏升，便胁迫他一同前往。太子兵败身亡后，魏升也被乱兵杀死。魏元忠扬言说：“罪魁祸首武三思已经死了，我就算被处以鼎镬烹煮的酷刑，又有什么值得惋惜的！只可惜太子李重俊就此丧命了！”唐中宗因为魏元忠立有大功，并且受到唐高宗、武则天的器重，所以没有追究他的责任。兵部尚书宗楚客、太府卿纪处讷等人一同出面指证魏元忠，说：“他与太子李重俊串通谋反，请将他灭三族。”唐中宗没有批准。魏元忠十分恐惧，上表请求辞去官职和爵位，以散官的身份回家养老。丙戌日，唐中宗亲笔书写敕令，允许魏元忠辞去右仆射的职务，以特进、齐公的身份退休，依旧在每月初一、十五入朝觐见。
九月丁卯日，唐中宗任命吏部侍郎萧至忠为黄门侍郎，任命兵部尚书宗楚客为左卫将军，任命兼任太府卿的纪处讷为太府卿，三人都担任同中书门下三品；中书侍郎、同中书门下三品于惟谦被免去宰相职务，改任国子祭酒。
庚子日，朝廷大赦天下，改年号为景龙。
宗楚客等人举荐右卫郎将姚廷筠担任御史中丞，指使他上奏弹劾魏元忠，说：“侯君集是国家的开国元勋，等到他谋反时，太宗皇帝向群臣求情，希望能赦免他的死罪，却没有得到允许，最终只能流着泪将他斩首。此后房遗爱、薛万彻、齐王李佑等人谋反作乱，虽然都是皇室至亲，也都依法被处死。魏元忠的功劳比不上侯君集，他本人又不是皇亲国戚，却与李多祚等人一同谋反，他的儿子也加入了叛逆之徒的行列，这样的人理应被灭族，污毁他的住宅。只是因为有同党花言巧语地营救，才迷惑了陛下的视听，陛下出于仁慈恩德，想要掩盖他的罪过。臣之所以敢冒着触犯陛下威严、违背陛下旨意的风险进言，正是因为此事关系到国家的宗庙社稷啊。”唐中宗对此深表赞同。魏元忠因此被关进大理寺监狱，后来被贬为渠州司马。
宗楚客又指使给事中冉祖雍上奏说：“魏元忠既然犯下大逆不道之罪，就不应该派他去渠州担任司马。”杨再思、李峤也随声附和。唐中宗对杨再思等人说：“魏元忠为朝廷效力多年，朕特意对他从轻发落，已经颁布的诏令，怎么能屡次更改呢！量刑轻重的权力，应当由朕亲自掌握。你们屡次上奏弹劾，实在不符合朕的心意！”杨再思等人惶恐不安，连忙跪拜谢罪。
监察御史袁守一又上表弹劾魏元忠说：“李重俊是陛下的亲生儿子，谋反之后尚且被依法处死；魏元忠既不是功臣也不是皇亲，怎么能唯独逃脱严刑酷法的惩处呢！”甲辰日，魏元忠再次被贬为务川县尉。
不久之后，宗楚客又指使袁守一上奏说：“则天皇后当年在三阳宫患病时，狄仁杰上奏请求让陛下监国，魏元忠却秘密上奏认为不可行，这说明魏元忠心怀叛逆的念头已经很久了，请陛下将他处以极刑！”唐中宗对杨再思等人说：“在朕看来，臣子侍奉君主，必须一心一意；哪有君主刚生一点小病，就急忙请求太子主持朝政的道理！这不过是狄仁杰想要借机树立自己的私恩罢了，看不出魏元忠有什么过错。袁守一想借助过去的事情来陷害魏元忠，这怎么能行呢！”宗楚客这才停止了陷害魏元忠的举动。
魏元忠在被贬前往涪陵的途中去世。
银青光禄大夫、上庸公、圣善寺、中天寺、西明寺三寺住持慧范，在东都修建圣善寺，在长乐坡塑造巨大的佛像，耗费了大量的国库钱财。唐中宗和韦皇后都十分器重他，他的权势压倒朝野内外，没有人敢对他侧目而视。戊申日，侍御史魏传弓揭发慧范贪赃枉法，数额高达四十多万，请求将他处以极刑。唐中宗想要赦免他，魏传弓说：“刑罚和赏赐是国家的大事，陛下已经随意赏赐了，怎么能再免除应有的刑罚呢！”唐中宗这才将慧范削去官爵，将他放逐回家。
宦官左监门大将军薛思简等人受到安乐公主的宠信，肆意横行，不遵守法令制度，魏传弓上奏请求将他们处死，御史大夫窦从一十分恐惧，坚决制止他。当时宦官掌权，窦从一担任雍州刺史和御史大夫期间，遇到告状的人如果没有胡须，就误以为是宦官，必定会曲意逢迎、恭敬接待。
唐中宗任命杨再思为中书令，任命韦巨源、纪处讷同为侍中。壬戌日，唐中宗下令将左、右羽林千骑兵改名为万骑兵。
冬季十月丁丑日，唐中宗任命左屯卫将军张仁愿担任朔方道大总管，率军攻打突厥。张仁愿率领军队赶到时，突厥军队已经退走，张仁愿率军追击，大败突厥军队。
习艺馆内教苏安恒，为人高傲自负，喜欢标新立异。太子李重俊诛杀武三思之后，苏安恒自称“这是我的计谋”。太子兵败后，有人告发了他；戊寅日，苏安恒被处死。
这一年，唐中宗派遣使者分赴江淮各地，用钱赎买鱼鳖等水生动物放生。中书舍人房子人李又上奏疏劝谏说：“江南地区的百姓以捕鱼捉鳖为生，水产的收益是百姓赖以生存的依靠。陛下的恩惠虽然能遍及鱼类等微小的生物，但养育百姓的恩德却未能遍及平民大众。为什么呢？江湖里的水产，繁殖生长没有穷尽，而国库中的钱财，支付使用却容易耗尽。如果花费的钱财少，那么能救助的生物又能有多少呢！如果花费的钱财多，那么国家的日常开支就会出现短缺。与其拯救水中的生物，不如体恤贫苦的百姓！况且那些靠卖鱼鳖为生的人，只看重利益，陛下用来赎买放生的钱财一天天送到他们手里，他们用来捕鱼的渔网却一年比一年增多，陛下一时之间施行放生的善举，他们却会百倍地扩大捕捞规模。不如将用于赎买放生的钱财物资，用来减免贫苦百姓的徭役赋税，这样既能保全国家，又能安抚百姓，所获得的福报远比放生要多。