从建武六年（公元30年 庚寅年）到建武十一年（公元35年 乙未年），共六年时间。
建武六年春天，正月丙辰日，刘秀把舂陵乡改为章陵县，让这里的百姓世世代代免除徭役，待遇和丰县、沛县一样。
吴汉等人攻下朐县，杀了董宪和庞萌，长江、淮河、崤山以东地区全部平定。将领们回到京城，刘秀摆酒设宴，对他们进行赏赐。
刘秀长期为战事所苦，又考虑到隗嚣已经送儿子到朝廷侍奉，公孙述远在边境，就对将领们说：“暂时先把这两个人放在一边，不用管他们了。”于是让将领们在洛阳休息，把士兵安置在河内，还多次给隗嚣和公孙述送信，告诉他们事情的利害祸福。
公孙述多次给中原地区发文书，宣称自己有称帝的符命，想迷惑众人。刘秀给公孙述写信说：“图谶里说的公孙，指的是汉宣帝。取代汉朝的人姓当涂，名字里有个高字；你难道是那个叫高的人吗？你还把手掌上的纹路当作祥瑞，王莽那一套有什么值得效仿的呢！你又不是我的乱臣贼子，只是仓促之间，大家都想趁机成就一番事业罢了。你年纪也大了，妻子儿女都还弱小，应该早点做个决定。皇位这东西，不是靠武力就能争来的，你还是多想想吧！”信的落款写着“公孙皇帝”。公孙述没有回复。
公孙述的骑都尉平陵人荆邯劝公孙述说：“汉高祖从军队中崛起，好几次兵败被困；但每次军队打散了又能重新聚集，受伤好了又继续战斗。为什么呢？因为勇往直前就算死了但能成就功业，也比退缩然后走向灭亡强啊！隗嚣遇到好时机，割据雍州，兵力强盛，士人归附，威名震慑崤山以东；后来更始帝政治混乱，又失去了天下，百姓都伸长脖子盼望新主，四方局势瓦解，隗嚣却不在这个时候趁着危险和胜利去争夺天下，反而退一步想效仿周文王，尊崇儒家经典，结交宾客隐士，停止战争，用谦卑的言辞侍奉汉朝，还感叹自己就像周文王再次出世一样！结果让汉朝皇帝解除了关中、陇地的忧虑，专心向东征伐，现在已经占据天下的四分之三；再派使者去离间，召集那些心怀二心的人，让西州的豪杰都心向崤山以东，那汉朝就能占据天下的五分之四；要是再出兵攻打天水，隗嚣肯定会溃败，天水一平定，汉朝就能占据天下的九分之八。陛下您凭借梁州这块地方，对内要供奉皇室，对外要供应三军，百姓愁苦困顿，受不了上面的命令，恐怕会发生像王莽那样内部自行崩溃的变故啊！我有个愚笨的计策，觉得应该趁着天下人对您的期望还没有断绝，豪杰还能被招纳引诱，赶紧在这个时候发动国内的精兵，让田戎占据江陵，扼守长江南岸的交通要道，依靠巫山的险要地势，修筑壁垒坚守，再向吴、楚地区发布檄文，长沙以南肯定会望风而降。让延岑出兵汉中，平定三辅地区，天水、陇西就会乖乖归服。这样一来，天下震动，或许能有大收获。”公孙述拿这话问群臣，博士吴柱说：“周武王讨伐殷商的时候，八百诸侯不约而同地表示支持，但他还是退兵等待天命。没听说过没有得力助手，却要出兵到千里之外作战的。”荆邯说：“现在东边的刘秀没什么根基，率领着一群乌合之众，却能骑马冲锋陷阵，所到之处都能平定，我们不赶紧趁着这个时候和他分庭抗礼，却坐在这里空谈周武王的做法，这又和隗嚣想当周文王一样了。”公孙述觉得荆邯说得对，就想发动所有北军屯驻的士兵和崤山以东的客兵，让延岑、田戎分两路出兵，和汉中的将领们合兵一处。但蜀地的人和公孙述的弟弟公孙光认为不应该把全国的兵力都派到千里之外，把成败寄托在一次行动上，坚决反对，公孙述这才作罢。延岑、田戎也多次请求带兵立功，公孙述始终心存疑虑，没有听从，只有公孙氏家族的人能掌权做事。公孙述废除铜钱，改用铁钱，结果货币无法流通，老百姓苦不堪言。他处理政事苛刻琐碎，只关注小事，就像他以前当清水县令时一样。还喜欢更改郡县的官名。他年轻时曾做过郎官，熟悉汉朝的旧例，出行时使用天子的车驾仪仗，有鸾旗和骑兵护卫。又封他的两个儿子为王，分别在犍为、广汉的几个县享受食邑。有人劝谏说：“成败还不确定，战士们在外面风餐露宿，您却先封儿子为王，这显得您没有远大志向啊！”公孙述不听，从此大臣们都心怀怨恨。
冯异从长安来朝见刘秀，刘秀对公卿们说：“他是我起兵时的主簿，为我披荆斩棘，平定了关中。”朝见结束后，刘秀赏赐给冯异珍宝、钱帛，下诏说：“当年在仓促慌乱中，在芜蒌亭给我喝豆粥，在虖沱河给我吃麦饭，这份深厚的情意我一直没来得及报答。”冯异磕头谢恩说：“我听说管仲对齐桓公说：‘希望您不要忘记我射中您带钩的事，我也不会忘记被关在囚车里的事。’齐国靠这个成就霸业。我现在也希望国家不要忘记在河北的艰难，我也不敢忘记陛下在巾车乡对我的恩情。”冯异在京城留了十多天，刘秀让他和妻子儿女一起回到西边。
申屠刚、杜林从隗嚣那里前来归附，刘秀都任命他们为侍御史。还任命郑兴为太中大夫。
三月，公孙述派田戎出兵江关，想召集他以前的部众，进而夺取荆州，但没有成功。刘秀于是下诏给隗嚣，打算从天水出兵讨伐公孙述。隗嚣上书说：“白水地势险要，栈道也毁坏断绝了。公孙述性情严酷，上下互相猜忌，等他的罪恶更加明显的时候再攻打，就能形成一呼百应的形势。”刘秀知道隗嚣终究不会为自己所用，就谋划着讨伐他。
夏天，四月丙子日，刘秀前往长安，拜谒帝王陵寝；派遣耿弇、盖延等七位将军从陇道出发讨伐蜀地，先派中郎将来歙带着玺书给隗嚣，传达旨意。隗嚣又设置了很多疑问和障碍，事情拖了很久，犹豫不决。来歙忍不住，气愤地责备隗嚣说：“皇上认为你能明辨是非，知晓兴衰，所以才亲自写信向你坦诚心意。你之前表现忠诚，送了隗恂来做人质，现在却反而听信奸佞迷惑的话，要走上灭族的道路吗？”说着就想上前刺杀隗嚣。隗嚣起身进入内室，部署士兵要杀来歙，来歙从容地拿着符节上车离开，隗嚣派牛邯带兵包围看守他。隗嚣的将领王遵劝谏说：“来歙虽然是单身一人远道而来，但他是陛下的表兄，杀了他对汉朝没什么损失，反而会招来灭族之祸。以前宋国扣留楚国使者，结果就发生了百姓交换孩子吃、劈开骨头当柴烧的惨祸。小国都不能随便侮辱使者，何况是大国的君主，再加上隗恂的性命还在汉朝手里呢！”来歙为人重信义，言行一致，他之前往来游说的事情都经得起查验；西州的官员和士人都信任敬重他，很多人替他说话，所以他才得以脱身回到东边。
五月己未日，刘秀从长安回到京城。
隗嚣于是发兵反叛，派王元占据陇坻，砍伐树木堵塞道路。各位将领和隗嚣交战，大败而回，各自带兵退回陇地；隗嚣追击很急，马武挑选精锐骑兵断后，杀敌数千人，各军才得以退回。
六月辛卯日，刘秀下诏说：“设置官员，是为了百姓。现在百姓遭遇灾难，人口减少，但是县里的官吏职位设置还很繁杂。命令司隶校尉、各州牧各自核实自己管辖的区域，裁减官员，那些人口少、不值得设置长官的县就合并。”于是一共合并减少了四百多个县，官吏职位减少，只保留了十分之一。
九月丙寅日是月底，发生了日食。执金吾朱浮上疏说：“以前尧、舜盛世，官员也要经过多次考核；汉朝兴起，官员也是靠长期积累功绩，很多官员任职时间长，子孙都长大了。当时的官吏职责，哪能都治理得好呢，议论的人难道会不喧闹吗？大概是认为成就天地那样的大功不能仓促行事，艰难的事业需要长时间积累。但近来地方官员频繁更换，迎来送往，在路上疲惫奔波。他们到任时间短，不足以充分展现他们的职责，又受到严厉的要求，人人自危，迫于被检举弹劾，害怕被指责讥讽，所以就争相粉饰欺诈，追求虚假的声誉，这就是导致日食月食出现的原因啊。生长太快的东西必定容易夭折，仓促做成的功业必定很快衰败。如果毁掉长久的基业去追求速成的功效，这可不是陛下的福气。希望陛下把眼光放长远，期望国家治理的成效在多年之后显现，那天下就太幸运了！”刘秀采纳了他的建议，从此州牧、太守更换的频率就比较少了。
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建武六年这段历史，呈现出刘秀政权在发展过程中的多方面态势。在军事与政治格局上，刘秀基本平定了东部地区，开始将目光投向隗嚣与公孙述两大势力。然而，刘秀试图拉拢隗嚣共同对付公孙述的计划落空，隗嚣的摇摆与最终反叛，使得局势变得复杂，刘秀不得不直面这一挑战，凸显了统一进程中的曲折。公孙述这边，其内部对于战略决策存在严重分歧，荆邯提出的积极扩张策略因内部反对而搁置，加上公孙述自身施政的诸多问题，如货币改革失败、政事苛细、任人唯亲等，导致内部矛盾激化，大臣不满，为其政权的未来埋下隐患。在官员任用与治理方面，刘秀听从朱浮建议，减少官员更替频率，体现出对国家治理稳定性的重视，通过调整行政机构、精简官员，以适应战后人口减少的现实，有助于减轻百姓负担，恢复社会经济。而刘秀对冯异的厚待，既彰显了他不忘旧情，也起到了激励群臣的作用，稳固了君臣关系。整体来看，这一年刘秀在统一大业、内政管理等方面都在不断探索与调整，虽面临各种困难，但也在逐步朝着建立稳定政权的目标前行。