朱载坖同意了申时行的观点，决定派遣萧大亨前往辽东查探相关情况，加萧大亨兵部左侍郎衔，前往辽东，而朱应桢则是向朱载坖奏报了原本不重要但是现在很重要的一件事情，就是在四个月前，王兀堂就已经向凌云翼上疏请求赏赐药品，也就是说王兀堂的身体可能早就不行了，一个行将就木的人，怎么可能还来造反呢？这点显然是不合逻辑的，而朱应桢将这份奏报找出来，使得朱载坖内心的疑虑就更大，朱载坖赶紧以密旨急递凌云翼，要求他查明情况，同时持重用兵，不要轻举妄动。
同时朱载坖命令厂卫、通政司、军机处等衙门，都要将辽东的事情作为朝廷的大事来对待，辽东有任何奏报，都立即直送君前，由朱载坖本人来亲自处理，朱载坖对于这次辽东的事情，总觉得有些不对，心中是有些忐忑的，朱载坖为此还和太子也谈了一下。
朱载坖问道：“太子怎么看辽东的事情？”
朱翊釴说道：“父皇，辽东的事情确实是极为蹊跷，王兀堂一向恭顺，即便是谋反，也应该有个过程才是。”
这点确实也是朱载坖所认为反常的地方，王兀堂又不是一样和大明不对付的女真酋长，王兀堂和大明的关系之前还一向是不错的，而且现在王兀堂已经是垂垂老矣，在这种情况之下，王兀堂莫名其妙的就反了，这很难不让朱载坖这样的人生疑，尤其是对于女真，朱载坖一向是严加防范的，辽东又是官军重点设防的地方，王兀堂作为和官军打了多年交道的女真酋长，对于这些事情不可能全无所知，这是让朱载坖无法理解也极为怀疑的地方。
王兀堂要反的话，由太多的机会可以反了，绝对不是等到现在他垂垂老矣的时候再反，而且王兀堂之前还向凌云翼请求发给药品，数月之后就举兵反叛，这显然是不符合常理的，这点朱载坖还是能够判断的出来的，所以朱载坖和朱翊釴都认为这次辽东的事情绝对有蹊跷，朱载坖对于辽东一向是很重视的，不仅仅因为东虏可能会成为大明日后的大患，更重要就是辽东的地位和资源，所以从朱载坖即位之后，一直对于辽东都是予以加强的。
在这种情况之下，朝廷在辽东的力量是很强大的，当年王杲等人起兵作乱，都被官军予以讨平了，现在王兀堂的实力远远不如当年的王杲，而官军的实力比之隆庆初年更强，在这种情况之下，王兀堂居然有胆量反叛，在朱载坖看来这是不可想象的。
所以朱载坖对于此事是怀疑的，而随后的急报也证明了这一点，凌云翼和黑春确实也发现了这个问题，黑春在收到有关王兀堂造反的消息之后认为可能有误，没有等朱载坖的诏书下达，就亲自前往王兀堂的营地去处理此事，黑春认为其中必有误会，王兀堂绝不敢反叛的，只要能够解释清楚，此事就可以大事化小小事化了，没想到王兀堂早就已经死了。
现在控制王兀堂部的是努尔哈赤及其弟雅尔哈齐，当年觉昌安反叛，官军大举进剿，将之剿灭，塔克世将其子嗣托付于王兀堂手，后来朝廷索要，王兀堂斩首献上，现在看来，当年王兀堂是欺骗了朝廷，不过他自己也遭到了反噬，朱载坖很明白王兀堂的想法，不管是努尔哈赤的祖父觉昌安还是他的外祖父王杲，都是在女真人中有极大的名声的，王兀堂认为努尔哈赤奇货可居，所以将他和他弟弟留在身边，甚至将自己的女儿嫁给努尔哈赤。
但是狼崽子是养不熟的，努尔哈赤视王兀堂、尼堪外兰为杀父仇人，必欲杀之而后快，所谓乘王兀堂病重，控制了他和部落，以大明侵占女真人的领地为由，骑兵反叛，而黑春还以为王兀堂还活着，故而前往交涉，希望能够消弭兵祸，不想为贼所乘，在努尔哈赤眼中，黑春一样是他的杀父仇人，黑春怒骂此贼：“我连年杀汝血属，欲噉其肉，而顾生还我乎？”
努尔哈赤虐杀黑春，剖其心肝，用以祭奠觉昌安和塔克世，现在辽东总兵严绍庭以提兵防备，同时凌云翼也命令吉林、大宁两都司和大宁镇官军驰援，务必要将其从速进剿。
朱载坖收到凌云翼的奏疏之后，反而安定了下了，之前是惴惴不安，现在知道了辽东出现的事情，朱载坖反而安定了下来，这让太子有些诧异，朱载坖对朱翊釴说道：“若事为定，故所有惧也！而事已定，则无所惧也。”
朱载坖首先召见了阁部重臣们商量对策，对于黑春，要予以抚恤，朱载坖亲自下旨，赠黑春广宁侯、左柱国、特进光禄大夫、右军都督府左都督、太保兼太子太傅，赠谥武愍，予世券，其子黑云龙袭爵沈阳伯，朱载坖命令礼部赐祭七坛，入悯忠祠祭祀，同时调集粮秣，准备剿灭努尔哈赤。
黑春既然已死，朱载坖命令英国公张元功人提督辽东、大宁、吉林等处军务事，统筹战事，同时命令辽东总兵严绍庭广布尖哨，严密监控努尔哈赤的举动，同时将大宁之兵和吉林之兵合兵，防止努尔哈赤北逃，严绍庭率兵陈兵辽东，严守鸦鹘关等边墙，等待朝廷援兵，同时召集女真各部，一来是防止他们被努尔哈赤所吞并，使得其实力壮大，二来就是将他们的青壮聚集起来，防止他们影响努尔哈赤，同时利用尼堪外兰的影响力，尽可能的争取女真人，为朝廷调集援兵赢得时间。
努尔哈赤确实是找了个好时机，朝廷之前将辽东之兵调往增援安东都护府，导致朝廷对于女真的控制力减弱，这才给他可乘之机，不过他跳出来了，对于朱载坖来说反而是一件好事，否则的话朱载坖没有充分的理由将这些女真人迁移到西北去。