对于吴兑请求朝廷增拨款项和建材等，在西域大规模筑城一事，户部尚书王国光认为可以缓一缓，现在朝廷用钱的地方很多，各地都要大量兴修道路等基础设施，这些都需要朝廷大规模拨款，在这种情况下，在西域修筑城池的收益是很低的，当然王国光也知道西域的重要性，他认为可以缓拨，先修轮台和交河这样比较急的，至于庭州、哈密等城，现在还能够够，就可以先缓一缓，等到朝廷财政宽裕了再说。
王国光同时还指出，现在西域的人口不多，劳动力不足，即便是朝廷拨发款项，由于缺乏劳动力和建材等原因，西域也不可能立即大规模的修建城池，现在西域的重点仍然是屯垦和作战，所以道路的优先级要高于城池，朝廷拨发款项主要用于西域道路的修建，然后才是城池，这点得到了朱载坖的认同，命令户部会同工部制定相关计划，与西域总督商量好之后尽快实施。
对于辽东的事情，朱载坖仍旧有些不放心，朱载坖召集了军机大臣们，商量有关辽东的事情，由于之前朝廷调发的辽东的兵力去倭国，所以朱载坖现在最担心的事情就是辽东是否有足够的兵力平定王兀堂的叛乱，这点是极为重要的，从凌云翼、黑春等人的奏报之后，王兀堂这次反叛的人数并不多，只有不到一万人，现在辽东方面也没有向朝野请求援兵，本来按理说应该是不必调发援兵的。
但是领班军机大臣徐渭请求朱载坖速发大将援兵，前往辽东，徐渭的理由是很简单的，徐渭认为这次王兀堂的反叛是有些蹊跷的，一般这些土司的反叛其实就是两种原因，第一种就是这些土司在当地年深日久，势力做大之后起了异心，或者是因为犯罪、吞并其他土司而受到朝廷的惩处之后怀恨在心，故而反叛。
另外一种就是朝廷官吏不当人，官逼民反。而王兀堂的这次反叛，就显得很蹊跷，事先没有一点风声，而且王兀堂年岁已大，一向也对大明很恭顺，按道理来说即便是辽东地方官员不当人，王兀堂也可以在朝贡的时候向理藩院陈述或者是直接向辽东总督、甚至于朱载坖上疏，他是明白朝廷处理这些事情的程序的，凌云翼也不是不知道轻重的人，而且王兀堂和黑春的关系是不错的，在这种情况下，王兀堂直接反叛，是不正常的。
徐渭还指出，王兀堂素无反心，要造反作乱，为什么不趁着自己年富力强的造反作乱，非要等到自己已经年老体衰了之后再造反作乱，这显然不符合常理，所以其中必然有蹊跷，而且就区区数千人，就敢造反作乱吗？显然不太现实，所以徐渭请求朱载坖派遣大将重兵，前往讨平。
朱载坖也认为徐渭说的确实是有些道理的，王兀堂这次的反叛，确实是出乎朱载坖的意料之外的，即便是到现在，朱载坖仍旧不相信王兀堂会无缘无故的作乱，徐渭的话也是坚定了朱载坖心中的疑虑的，但是眼下京军正在整编，适应新的编制，这个时候调动显然是不太合适的，能够立即调动的就只有两支兵马了，第一就是御马监禁兵，这是朱载坖的私兵，另外一支就是蓟镇官军，虽然之前也从蓟镇抽调了援兵，但是蓟镇毕竟实力雄厚，还是能够抽调出一些兵马的。
朱载坖当即决定，以英国公张元功为平蛮将军统帅勇士营和蓟镇援兵，驰援辽东，同时查察此中真相，经徐渭提醒，朱载坖也意识到辽东的事情恐怕没有那么简单，朱载坖派人将在宫内的太子和内阁辅臣们叫来，和徐渭两人在无逸殿等候。
太子和重臣们来了之后，朱载坖让徐渭将自己的看法说出来，朱载坖也说道：“朕也以为，此事颇有蹊跷，之前辽东可有相关奏报？”
太子和辅臣们仔细回忆都没有辽东方面的奏报，朱载坖还命令通政司和锦衣亲军去查找有没有有关辽东的线报，得到了答复也是之前很正常，这就奇了怪了，王兀堂谋反，不可能是一拍大腿的事情吧？辽东的地方官府、官军、锦衣亲军，总不可能都是瞎子吧？就这么突然反了，这其中恐怕是有些问题的。
朱载坖也认为其中必有蹊跷之处，申时行认为现在的问题是首先要解决王兀堂的叛乱然后才是调查其中的原因，对于现任提督黑春，申时行表达了不信任，倒不是说黑春不可靠，但是今年黑春已经七十岁了，要他临机决断，上阵杀敌，实在是太过勉强了，申时行请求朱载坖更易主帅，保全黑春。
朱载坖认为这确实是很重要的一件事情，黑春虽然屡立战功，对大明的忠诚是没有问题的，但是年已七旬，这个问题朱载坖也必须要考虑，虽然黑春熟悉辽东，在女真诸部中颇有威望，但是年纪确实是太大了，这点朱载坖也必须要考虑，不过朱载坖已经派了张元功赶赴辽东，而且严绍庭毕竟是辽东总兵，他才是处理此事的临阵决断，朱载坖也只是命令让黑春在后方坐镇，等英国公率兵前来。
但是此事朝廷是必须要查个清楚的，朱载坖认为此事里面肯定是有内情的，仅靠辽东的地方官府，恐怕是处理不好这事的，所以朱载坖要求朝廷派出钦差，去弄清楚此事的缘由和善后事宜，申时行推荐了刑部左侍郎萧大亨，他是申时行的同科，而且确实算是精通军务的官员。
申时行对朱载坖说道：“陛下，萧大亨为人爽朗阔达，量弘而识敏，与人交，逡逡自下，常与少贱者均礼，人不知其贵且寿也。既久历边陲，延揽诹度，凡地形险易，军储赢缩，将吏能否，虏情向背，皆洞若烛照，或叩以疑事，及计画所出，应答如响，娓娓缅愈，若倾囊出物，必尽而后已。其推贤奖善，惟恐不及，有睚眦则忘之。里居不践公庭，而兴革关利弊者亦不惮谆复，有司奉以为楷式焉。精通兵计，可计大事。”