朱载坖还在调取当年的战报，派遣锦衣亲军详细搜集有关安南军队的情况，同时吸取之前官军在安南损失过大的原因，争取这次能够将安南一句安定下来。
朱载坖还和戚继光等随行重臣们商量此事，这次朝廷主要是要调用南方官军去征讨安南，是对大明南方各镇、各都司卫所战斗力的一次全面检验，对于朝廷的准备，戚继光提出了一个很重要的观点就是锐士不可久于瘴乡，强调安南当地的气候和朝廷的卫生准备问题。
上次大明征讨安南，受当地气候等的影响，所产生的非战斗减员确实是大明最后选择撤兵的重要原因之一，朱载坖命令戚继光详细检讨上次朝廷不能镇压安南，损失过重的原因，戚继光详细研究战报、资料之后向朱载坖上疏认为：安南自然环境、文化风俗与中原地区迥异，天高皇帝远，中央难以管控，离心力强。这是安南抵抗激烈的重要原因。
其次就是疫病对于官军的影响，历代征讨安南，对军队造成损失最大的，并非安南军队，而是在军中所流行的疫病，东汉建武年间马援平定交趾的征侧、 征贰反叛时： “二十年秋，振旅还京师，军吏经瘴疫死者十四五。 ”两宋征讨安南的时候，交趾炎热瘴疠，士卒未战死者十二三。可见大量的非战斗减员对于任何一支征讨安南的军队来说都是极为严峻的考验。
两宋曾经多次征讨安南，损失颇大，后来两宋的臣子们总结此事的时候就认为：“交州谓之瘴海，得之如获石田。 愿陛下念征戍之劳，思用度之广，爱人惜力，无屯兵以费财，修德服荒，无略内以勤远，亟诏执事，宽其诛锄，又何必蕞尔蛮陬，劳于震怒，此大体之一也。窃闻岭外岚瘴，八月、九月尤甚，谓之黄茅瘴，草黄时，瘴气方盛，十月以后气候始肃。今兴师十万，日费千金，锐士不可久于瘴乡。”
对于安南的瘴疠情况，两宋其实就已经有所了解的，所以成祖在征讨安南的时候特地下旨道：“尔等宜立志自强， 取法前人，乘来冬月瘴厉肃清，同心协谋，殄除逆贼，建万世勋名，以副朕之委任。”
对于安南的情况，成祖这样的百战名将自然是很清楚的，所以要求官军趁冬季瘴疠不那么严重的时候，迅速进剿，歼灭安南逆贼，然后迅速撤退，但是战事的发展显然不可能向成祖所预料的那样顺利，官军在永乐四年冬季大破安南，但是安南各地的抵抗并没有立即被官军所镇压下去。
故而在永乐五年正月初九日，成祖就给在安南的张辅下诏：“今天气向暖，军士不宜多留，宜昼夜用心，严督诸将，火速火速，急忙急忙，平定地方，剿灭贼寇，及早班师，恐瘴疠雨潦，不便，故勅！”
成祖对此是极为担忧的，在诏书中用了急忙急忙，可见其中的关切，但是这个时候官军正是连战连捷的时候，张辅带正领官军乘胜追击，清远伯王友“悉破筹江、困枚、万劫、普赖诸寨，斩首三万七千余级”。 进而拿下东潮、 谅江诸府州， 与黎季犁战于木丸江，“斩首万级，擒其将校百余人，溺死者无算”。黎季犁逃至富良江乘船逃亡，张辅与黔国公沐晟夹岸迎战，安远侯柳升等人以战船横击“大破之，馘斩数万，江水为赤，乘胜穷追”。 此时的官军有如天助，本来天旱江水浅，敌军不得不弃船逃跑， 突然下大雨， 水涨船高， “遂毕渡”。
这个时候天气已经开始转暖了，但是安南境内的反抗还没有被官军彻底击败，所以张辅、沐晟等人上疏成祖，请求十月班师，对于张辅的这个请求，成祖虽然同意了，但是是非常担心的，用成祖给张辅的上谕中就可以看到，成祖在给张辅的上谕中说道：“前者勅尔于二月中班师。 今曾日彰来奏贼之残党尚未尽灭，欲大军镇守，且言交趾无瘴疠，丘、温、龙州数处，此时瘴疠雨潦正作，尔等宜详审会议，度事相机，可班师即班师，如未可班师，果无瘴疠，则择高亢向阳之地，屯营驻兵，则百疾不作，尤须严固守备，俟十月班师，交人为黎贼困虐已久，抚治之道，必先宽恤，故勅！”
虽然前线的将领向成祖皇帝奏报安南没有瘴疠，但是成祖皇帝显然是不想相信的，在给张辅等人的上谕中要求及早班师，不要停留，事实证明成祖百战名将的战场嗅觉是极为敏锐的，果然不出成祖皇帝所料，永乐五年四月，安南瘴疠大起，成祖皇帝赶紧给张辅等人下旨：“见今摆堡，但有瘴疠去处，止令土军在彼守堡，土军盖练习风土，其余守堡官军移散于无瘴地面，或出或入，权蹔屯驻，侯瘴疠清时，仍令各还原堡，其来降大头目，仍以好屋宇居其家小，令其子侄亲人看家，遣之来朝。”
同时命令转运药物给军前，但是瘴疠已经在军中流行起来了，军中瘴疠大作，据英国公张辅的奏报：“今瘴疠大发，军士病且甚，一旗有一二十名者有之，有二三十名者有之。”当时官军一旗，满编不过五十人，可见这个时候瘴疠的厉害程度，已经严重影响了官军的战斗力。
成祖为此极为揪心，严厉斥责张辅、沐晟等人，成祖皇帝在上谕说道：“朕闻有瘴，则促使班师，及奏无瘴，则唯令留镇，朕之此心，无非欲为军士之便。今瘴疠如此，尔等乃坐视不顾，惟事饮酒，忿争私气，又不预为奏闻，兼往来之人，相传不一，不知尔等用心何为？从征将士，远离父母妻子，跋涉山川，劳动筋骨，勤苦至甚，方今夏熟，即拣高爽之地，以休息之，养威畜锐。今天气炎暑，鸡翎、坡垒等处皆有瘴疠，尔等不用心计较，又不奏来，往往差人至中途，间多染瘴疠成疾，一二十人之中止有一二人得达者，然亦因病不支。凡有所问，皆昏愦不能荅，应致人如此，尔等何不仁之甚，今后果系紧要事务，不可缓者，则差人来，如非紧急重事，可以缓者，姑俟秋凉，途中瘴疠稍清，却一一奏来！”