该剧讲述了明朝中期“护龙山庄”天地玄黄四大密探，和权倾天下、阴谋篡位、残害忠良的曹正淳（李建义饰）以及雄才伟略、城府颇深、匡正时弊的铁胆神侯朱无视（刘松仁饰）之间的明争暗斗，爱恨情仇的故事。
初看天下第一时，我上小学，是在电视上看的，中间难免有错过的一些细节，只记得四位英姿飒爽的大内密探，铁胆神侯一开始是他们敬重的义父，最后却成了整部剧最大的幕后主使，曹正淳坏的让人恨，不过中间便被他们打败了，记得雪姬很美，和天涯的爱情很纯粹，很凄美，后来不知怎么天涯娶了飘絮，这样的情节断断续续，就有了一种想要再完整地看一遍的冲动。
第二次看，也是时隔十多年后再看，有了新的感悟，古三通想要成为武功天下第一，铁胆神侯想要当皇帝，归海一刀想要练成最厉害的刀法报仇……他们心中都有自己追求的“天下第一”，但最终都不尽如人意，结局看似圆满，但充满了遗憾，最后胜利了的每个人都不会发自内心的开心吧，如果可以，他们或许宁愿回到最初的样子。唯一圆满的就是皇帝了，除去了两个心头之患，终于可以安心地坐拥皇位了，只有他才实现了自己的“天下第一”。而促使最后这一切的无非一个情字，有情之人，注定成为不了天下第一。
海棠，是很多人心中的白月光，她心地善良，正直忠诚，她爱天涯，天涯始终当她为妹妹，万三千和皇帝都钟情于她，她最终只爱一刀。她敬爱她的义父，但在义父心中，她始终是一枚棋子，随时准备舍弃的棋子。铁胆神侯最终都在竭力拉拢天涯，不到最后关头不愿杀天涯，但对于一直视他为亲生父亲的海棠，却心狠的让人心寒，义父一直是她生命的中心，她无条件的服从着义父的所有命令，在以为铁胆神侯被杀的那一刻，他们不顾可能面临的致命的陷阱，去找曹正淳报仇，但最终还是死在了他最敬重的义父手中。最喜欢她一身白衣，翩翩少年，英气十足，她也很美，最终也以最美的样子结束了一生，她也是幸福的，曾经逼她的万三千也因为她的死和铁胆神侯翻脸，天涯和义父恩断义绝，海棠的死也是最后的催化剂，在一刀生命中，大概再也不会有别的女人可以弥补他的缺失与遗憾了吧。
成是非，是所有人快乐的源泉，他和云罗的结合是整部剧唯一的圆满了吧，前期无忧无虑的小混混，到最后经历了风风雨雨、物是人非后，也变得成熟、有担当了，他是幸运的，轻轻松松拥有一身绝世武功；他是智慧的，很多难搞的局面，都被他轻松应对；他是讲义气的，神侯遇难时，他可以不顾生命去劫天牢，生死关头，他可以把唯一的生机留给海棠。他的人生像开了挂，从偏骗吃骗喝、好吃懒做的赌徒，到成为郡马爷、大内密探、绝世高手，这一切离不开他的处世态度，他从不把一切想的那么复杂，也不积极去承担什么责任，随遇而安，享受当下，也许是童年的经历让他对世事都可以乐观相对，也只有他最终可以和最爱的人，携手白头。
是的，最终的胜利者只有皇帝一人，因为他没有牵绊他的爱人，他爱海棠，但他更爱权力，更爱江山，海棠曾经愿意为了救义父而嫁给皇上，皇上还是选择了权力，因为他的爱远远没有别人那么深。
我宁愿整部剧在曹正淳被歼灭后便结束，宁愿从来没有什么阴谋，宁愿他们还可以回到最初的时光，她还在，他还爱着她，他们依然幸福地生活着。
不稀罕做谁的天下第一，我只想做你心里永远的唯一，足矣。
大明重臣铁胆神侯朱无视雄才伟略、胸怀天下，他建立了赫赫有名的“护龙山庄”保国安民，麾下有天、地、玄、黄四大密探。“天，地，玄，黄”，出自《千字文》的“天地玄黄、宇宙洪荒、日月盈昃、辰宿列张”。
“ 天字第一号”段天涯（ 李亚鹏饰演），冷静沉着，自小由铁胆神侯收养，在东瀛跟随“ 伊贺派”学得忍术及“幻剑”后，加入“护龙山庄”，武功深不可测。“地字第一号”归海一刀（ 霍建华饰演），高傲寡言，眉宇间带点 忧郁，因少时父亲 归海百炼被杀，他矢志要报父仇，刀法天下第一，杀人从不用使第二刀。“玄字第一号”上官海棠（叶璇饰演）， 艳如桃李，机智过人，琴棋书画，医卜星相，无不通晓，平日却作男装打扮，主持“天下第一庄”，庄内人才济济，掌握天下机密。“黄字第一号”成是非（ 郭晋安饰演），本是市井人物，诙谐滑稽，不学无术却机智玲珑， 因缘际会成为“不败顽童”古三通的传人，武功天下第一。他一旦使出“金刚不坏神功”，便会浑身变成金色，变身成为金人，力大无穷，寒暑不畏，水火不惧，刀枪不入，百毒不侵。
而当时朝政被 东厂太监总管曹正淳所把持， 曹正淳自恃掌管东厂，权倾朝野，结党营私，勾结贪官，无恶不作，因此与神侯誓不两立，时刻找机会铲除护龙山庄。神侯则矢志要“ 清君侧”，将他伏法以保社稷。
当时 出云国派一男一女高手来中土献妃，其实背后另有阴谋，他们掳走太后，为难朝廷。而成是非也在因缘巧合之下，与皇帝御妹云罗郡主合谋，由他假扮太后，智推出云国高手。 云罗郡主（陈怡蓉饰演） 与成是非也因此事成为爱侣，可是成是非如若娶郡主，就只能依照神侯指示成为交趾国的王子。此事受群臣反对，同时成是非不愿被宫中规矩所束缚。成是非愤而出走，惩贪官，杀污吏，云罗郡主亦为了忠于爱情而离宫找成是非，两人携手闯荡江湖，乐乐融融。
段天涯在东瀛学武时，本与柳生但马守的女儿 柳生雪姬（ 黄圣依饰演）相恋，却遭但马守大力反对，雪姬还为了救天涯而死于但马守刀下。段天涯为此在她坟前立誓终生不娶！而当段天涯去出云国调查献妃一案时，与但马守狭路相逢，此刻仇人见面，但马守自然不会放过这个机会，追杀段天涯，段天涯却被柳生但马守的小女儿柳生飘絮以肌肤之亲的方式所救。然无独有偶， 柳生飘絮（ 高圆圆饰演）当年虽年幼，对姐姐所拥有的都无不向往，偷偷的也非常欣赏姊姊的爱人。表面上飘絮三番四次不惜与父亲但马守反目，拯救段天涯的性命。在责任面前段天涯难免也因为她是雪姬的妹妹而接纳了她。
很快便传来 柳生飘絮有子的消息，于是天涯辞官与妻室双双隐居于 蛇岛。途中一直对感情混沌不清的海棠终究明白了对天涯只是兄妹之情。黯然回京后却因搭救成是非的事情，无意间发现归海一刀对其早有爱意，于是感情再次迷茫的上官海棠这次选择了逃避。
无独有偶，东厂方面也因 政权党争借一刀的事情来栽赃护龙山庄。一时之间仿佛所有的证据都直接指向了消失已久的归海一刀。只是不巧的是在为了不再伤害海棠，归海一刀早已将其右臂砍下，并且在了凡大师的点化下决心彻底魔性。将闭馆七七四十九天，海棠陪之。但因神侯被人迫害，海棠终究先行离去。
回到护龙山庄后，恐怖的血案并没有停止，甚至变本加厉，连国舅及文华阁大学士也被杀，深知归海一刀武功已失的海棠极力向皇帝表示这绝对是有人故意布局的阴谋，摆明是敌人有意嫁祸给一刀及护龙山庄。让原本笨笨傻傻的 皇帝却霎时变得深不可测，告诫海棠这一切不像她所想的那么简单，只涉及东厂的人。在申诉未果的情况下，海棠眼睁睁地看着神侯被关进了天牢。于是天玄黄决心劫狱，却见到神侯一副忠贞报国死不逃跑的样子，反而差点被东厂的人给炸死。经这一番，神侯表面在曹正淳迫害下，自杀而死。正当东厂乘机发难得手，曹正淳正准备独揽大权之时，神侯竟 奇迹般地复活将其杀死，设假死之局，骗倒曹正淳，神侯终于堂堂正正地将曹正淳一党一并诛杀。
曹正淳死后，护龙山庄的势力便更加地昌盛，有大功于社稷的朱无视功高盖主，由于功劳极大，反而遭受皇太后和皇帝的仇视、嫉恨，对他处处掣肘、监视、打压。而朱无视认为正德皇帝昏庸无德，以致朝政腐败，特别是皇帝和一帮迂腐朝臣不允许他迎娶心爱的素心，让痴情的他感到极端无奈和愤怒。已经卧薪尝胆二十年、不甘命运又至情至性的他，终于被爱情烧昏了头脑，为此不惜抗争皇权，破釜沉舟，所有的人都不能阻挡他的追求爱的决心。