从和珅家回来的第二天，乾隆皇帝正在大殿上养心，忽然接到奏折，说甘肃回民新教又扯起造反大旗，开始造反。乾隆皇帝大怒，急令甘肃提督钢塔率军前去镇压造反回民。
李侍尧、钢塔接到乾隆皇帝的圣旨后，立刻赶往造反地，镇压回民新教。钢塔派人前去侦查造反头目田五的总部，手下人侦查回来说：田五正在一家寺庙里布道。钢塔大喜，就带领一千精兵，悄悄地逼近那座寺庙，然后把寺庙围住，开始进攻寺庙，田五束手未擒，被杀死在寺庙。
田五被清军杀死后，多年积压在新教徒心中的怒火此时被激发出来，他们推选新教徒马四圭和张文庆继任首领，率领新教徒奋起反抗清军，起义军迅速扩大，起义开始不断蔓延。
钢塔杀了田五后，自信满满，开始率军扫荡新教徒义军。由于钢塔刚愎自用，作战轻敌，结果一千清军被新教义军包围，李侍尧又不敢前去支援，钢塔屡屡受挫，最后不战而败。
乾隆皇帝收到钢塔和李侍尧战败的奏折后，大怒，立刻下令逮捕李侍尧和钢塔，准备再派人前去镇压义军。
和珅听到消息后，暗想，我虽然一直受到皇上的恩宠和信任，可是在带兵打仗这一方面，朝中大臣还是对我颇有微词的。他们不信任我，也不认可我，都认为我不如阿桂。虽然这几年皇帝器重我，把军政大权交于我处理，可是如果在外面功勋卓着的阿桂回来，乾隆皇帝也一定会把他当做国家的栋梁之材。我在军政大权方面的权力也会受到威胁。我的位置也一定会落在阿桂的下面，这样就会让我心里不舒服，不服气。
这样一想，和珅就主动请缨，要求前去甘肃镇压回民起义。如果这次平息了新教叛乱，挣得军功，也能在朝中大臣和皇上面前证明自己的军事才能并不比阿桂差，以后在朝中谈论军事，自己心中也有底气。
再说，前次在甘肃镇压新教叛乱的时候，虽然被打败了，可也在阿桂身上学到了许多指挥军队打仗的本事。
于是和珅面奏乾隆皇帝，说他自愿前往甘肃，率领军队镇压起义。
乾隆皇帝想，和珅如此年轻，又受到我的宠爱，我提拔他又有点快，这些不免在朝臣中引起不满，虽然大家嘴上不说，可是心里不服。前次本想让他跟着阿桂去，能和阿桂融洽相处，携手并进，剿灭新教徒叛乱，立得军功，回来后平复其他大臣心中的疑虑和不满，可是事与愿违，和珅大败而归 让他大失所望。
此次和珅又主动请缨，前往甘肃镇压叛乱，可能也是想弥补前次的失败。我就再成全他一次吧。他也许是立功心切，想必他这次一定能吸取经验教训，卧薪尝胆，大获全胜，荣立军功，凯旋归来。
于是，乾隆皇帝就答应了和珅的请求，再派勇将海兰察，福安康领兵前去甘肃镇压教匪。和珅为钦差大臣，领精兵两千速往甘肃督战。又传旨海兰察，见钦差大臣如见朕，以国事为重，听候和珅调遣。
和珅到达甘肃后，采取当年阿桂的作战策略，把所有的大军集合在一起，填埋水井，掩盖沟壑，新建栅栏，断绝水路，构筑碉堡，步步推进，把不足两千的新教叛乱者围攻到华林山，最后，新教义军在断粮缺水的情况下被清军打败，马四圭的一千余人全部被屠戮。
打败叛乱者后，和珅又开始在陕甘清剿灭余孽，他推行“宁可错杀一千，也不让一人漏网”的清剿政策，一时间，陕甘地区血雨腥风，人心惶惶，新教徒再也无力造反。
和珅班师回京，凯旋而归。乾隆皇帝大喜，提拔和珅为大学士兼户部尚书与吏部尚书，撤销昔日的降级处分，重又任宰辅。福安康、海兰察等官员都有不同程度的提拔和晋升。
自此和珅降两级的处分被撤销。
从金銮殿出来，和珅想有意示好福安康，就讨好地走到福安康跟前，躬身甩袖，协肩为礼，说：“恭喜大帅高升。我想请大帅到我府上一叙，不知大帅愿意不？”
福安康不喜欢和珅，跟不愿意和他交往，现在和珅主动向他示好，可是他还是不愿意与和珅打交道，就说：“和大人，下官职务卑微，年纪轻轻，担当不起大学士这等礼仪。至于拜访贵府，更是高攀不起。”说罢，昂起头，没瞧和珅一眼，大踏步走了。
和珅看着福安康的这幅态度，气得牙齿咬得“咯咯”作响。心想，你等着瞧！
和珅懂得“小不忍则乱大谋”，对待阿桂、福安康、纪晓岚，还有刘墉这些乾隆皇帝的宠臣，所谓的国家栋梁之材，自己的愤怒还不能立即表现出来，还是要笑脸相迎的。对付这些人，他的能量和火候还没有到，还需要等待，需要自己的修炼。等自己修炼成佛了，他们就不是他的对手，到那时候，收拾他们也不迟。
阿桂不在朝廷，再没有别人能掣肘和珅，和珅就趁机甩开膀子大干起来。他上奏乾隆皇帝，开始推行朝廷机构改革，不久，朝中的权利逐渐移交到和手中，和珅真正做起了“二把手”来。
和珅开始独断专行。他要求大臣上呈奏章时，要一式两份，正本直接呈送给皇上，副本要送到军机处。军机章京不设具体人员，由军机大臣自己选用，军机大臣不必向皇上请示。这无异于在扩大军机大臣的权力，直接把皇上跳了过去，皇上实际被军机大臣架空了。由于军机大臣阿桂长年在外，和珅实际上就成了军机大臣的实际操纵者，他掌握了所有呈给皇上的奏章。
按清朝法律，御史的奏章可以直达皇帝，既然法律不能改变，和珅就可以把能变通的地方给变通了。
和珅提议，御史出缺时，一律提名六十岁以上的老者来担任，中年人不能担任御史，理由是老年人持成稳重，处理事情冷静，不莽撞，不妄议朝政。其实和珅这样改革的真正原因是：这些老年大臣，个个如日薄西山，气息奄奄，他们经过岁月的洗礼和世事的磨练，为人处世的原则就是明哲保身，每人只遵循“各人自扫门前雪，莫管他人瓦上霜”处事原则。和珅又掌控了军机处的奏章，这些人哪里敢去弹劾他呢。
这样，和珅就很自然地掌握了军政大权。和珅在乾隆皇帝的宠爱和信任中一步步地在上位，一步步地在攫取各种大权，一步步地在掏空国家的财政。