捷克波西米亚地区，一个名为「苦艾镇」的偏僻小镇，以其世代种植的、品质奇异的药用罂粟而闻名。林夕作为一名药理学家，受雇于一家跨国制药公司，前来调查此地罂粟中一种独特、但未被记录的生物碱，据传它具有惊人的镇痛效果，但也伴随着严重的精神副作用。
林夕抵达时，小镇正被一种诡异的寂静笼罩。镇民们行动迟缓，眼神空洞，脸上却挂着一种凝固的、令人不安的满足微笑。她下榻在镇中心的老旅馆「醉鸦巢」，老板娘是一个风韵犹存但眼神锐利的女人，名叫卡塔琳娜。入住当晚，林夕在房间的旧书桌抽屉里，发现了一本前一位住客——一位同样来此调查、最终神秘消失的记者——留下的笔记。笔记中夹着一朵干枯的、颜色深得发黑的罂粟花，花瓣的纹理隐约构成一张扭曲的人脸。
当林夕出于职业习惯，戴上手套轻轻触碰那朵干花时，花瓣竟突然碎裂，腾起一股细微的、带着甜腻香气的红色粉尘。林夕吸入了一点，瞬间，一阵强烈的晕眩袭来，视野边缘泛起斑斓的色块，耳边响起无数模糊的呓语和轻笑。更让她心悸的是，她的小臂内侧皮肤下，浮现出几道蛛网般的、如同血管却呈暗红色的细微纹路，并且传来一种奇异的麻痒感，仿佛有东西在皮肤下蠕动。她冲到洗手间剧烈呕吐，吐出的秽物中，似乎有一些微小的、正在扭动的白色细丝。
镇长瓦茨拉夫，一个肥胖秃顶、总是汗涔涔的男人，热情接待了林夕，但言辞闪烁，极力将她的研究方向引向罂粟田的传统耕作技术，而非其深层成分。他安排了一个名叫扬的年轻农夫做林夕的向导。扬身材健壮，面容英俊，但眼神深处有种被压抑的狂躁，对林夕流露出一种混合着好奇和赤裸欲望的目光。
林夕坚持要参观罂粟加工厂——一座阴森的、由旧修道院改建的建筑。看守工厂的老管理员利普卡，佝偻着背，眼神躲闪，在扬暂时离开的间隙，他突然塞给林夕一小块用蜡封着的、硬邦邦的黑色东西，嘶哑地低语：「小心晚上的‘收获’……别吃镇上的面包……如果想暂时清醒，把这个含在舌下……但别依赖它，它会带你看到……不该看的东西。」 那是未经提纯的、浓度极高的鸦片膏。
林夕开始调查。她发现镇上的水源——一条流经大片罂粟田的溪流——含有微量的、难以解释的生物碱。镇民们似乎集体沉迷于某种东西，不仅仅是鸦片。夜晚，她会听到街上有奇怪的、如同梦游般的脚步声和压抑的呻吟。她手臂上的红纹在夜晚会变得更加清晰，麻痒感加剧，甚至会产生短暂的幻觉，看到墙壁上渗出甜腻的红色汁液。
她冒险含了一下利普卡给的鸦片膏，强烈的感官冲击几乎让她崩溃，但在那短暂的极致清醒（或者说，另一种层面的迷幻）中，她「看」到了可怕的景象：镇长瓦茨拉夫和旅馆老板娘卡塔琳娜，在月光下的罂粟田里，与一些身形模糊、如同由罂粟汁液和人类肢体拼接而成的「东西」交媾；而向导扬，则用一种残忍的方式虐杀一只羔羊，脸上带着迷醉的狂喜。她还「听」到一种低语，来自土地深处，关于一个名为「红花母亲」的古老存在，它通过罂粟的根系与镇民缔结契约，赐予极乐的梦境和肉体的欢愉，但索取的回馈是……「新鲜的种子」和「活力的血肉」。
林夕在记者的笔记残页中，找到了一段关于「破瘾祛疫」的恐怖土方。方法需要三样几乎不可能获得的东西：「忏悔之灰」（自愿忏悔的、参与核心仪式者的骨灰）、「逆生之根」（一棵反向生长、根系暴露在空气中的古老罂粟的根须），以及「清醒之血」（一个从未沾染过此地罂粟、且意志极度坚定的外来者的心血）。将三者混合，在月圆之夜涂抹全身，同时要在「红花母亲」力量最盛的罂粟田中心，保持绝对的清醒，抵抗所有幻觉与诱惑，才能暂时切断其与自身的连接。笔记警告，此法成功率极低，且会激怒那个存在。
林夕意识到，自己早已在不知不觉中「被沾染」，成了「红花母亲」潜在的目标或容器。她想逃离，但发现出路已被无形封锁，车辆无法发动，步行总会绕回镇口那棵枯死的、形状如同痛苦人体的绞刑树。
绝望中，她决定尝试那个土方法。她找到利普卡，威逼利诱下，老人透露了更多可怕的信息：所谓「新鲜的种子」，是指外乡人或被排斥镇民的生命力，通过一种邪恶仪式被抽取，注入罂粟田；而「活力的血肉」，则更直接……他暗示之前失踪的外乡人，包括那个记者，都已成了滋养罂粟的肥料。利普卡承认自己因恐惧而参与过一些事情，但年迈体衰，已无法提供「活力的血肉」，才暂时苟活。他给了林夕一小瓶灰烬，声称是多年前一个忏悔者的，但真假难辨。
「逆生之根」，林夕在镇子墓园角落，找到了一棵极其古怪的、枝干扭曲向下、根系却狰狞向上的枯萎罂粟。她冒着极大的恐惧，在深夜挖取了它的一小段根须。
最危险的，是「清醒之血」——她自己的血。这意味着她必须在仪式中保持清醒，并刺破自己的心脏附近取血，这无异于自杀。
月圆之夜来临。林夕带着搜集到的东西，潜入那片在月光下摇曳着妖异光芒的罂粟田。田中心有一片圆形空地，泥土是暗红色的，散发着浓烈的甜腥气。她刚将灰烬、根须混合，准备刺破皮肤取血时，周围突然亮起无数火把。
镇长瓦茨拉夫、卡塔琳娜、扬，以及众多眼神狂热的镇民，将她团团围住。他们早已察觉她的行动。
「仪式已经准备好了，林博士。」瓦茨拉夫狞笑着，「‘红花母亲’很满意你这个‘新种子’……你的知识和生命力，会让我们接下来的收成前所未有的好！」
扬和几个壮汉扑上来抓住林夕。卡塔琳娜拿出一把雕刻着罂粟花纹的骨制匕首，准备进行那邪恶的仪式。林夕奋力挣扎，在混乱中，她抓破了扬的脸，指甲里塞满了混合着她自己臂上红纹渗出的微量血丝的泥土。她将那份匆忙混合的、不完整的「药剂」胡乱抹在自己脸上和胸口。
仪式还是开始了。卡塔琳娜的骨刀划破了林夕胸前的衣服和皮肤。但就在鲜血涌出的瞬间，沾染了不完整药剂的身体产生了异变！林夕没有感到预期的生命力流失，反而被一股冰冷的、带着强烈排斥感的能量充斥。她发出非人的尖叫，双眼翻白，身体剧烈抽搐，皮肤下的红纹如同活物般扭动、发光！
抓住她的镇民被一股无形的力量弹开。罂粟田剧烈摇晃，那些罂粟花朵中，浮现出无数痛苦扭曲的人脸，发出凄厉的哀嚎。土地深处传来愤怒的咆哮。「红花母亲」被这不纯的、带有「逆生」力量的干扰激怒了！
场面瞬间失控。一部分镇民在恐惧中四散奔逃，另一部分则更加狂热地扑向林夕，试图完成仪式安抚他们的「神」。扬在混乱中，被一株突然疯狂生长的罂粟缠住，藤蔓刺入他的身体，贪婪地吸食着血液，他发出愉悦与痛苦交织的惨嚎。瓦茨拉夫被地下伸出的、如同根须般的触手拖入泥沼。
林夕趁机挣脱，浑身是血，连滚爬爬地逃出了罂粟田。她不敢回旅馆，躲进了黑森林里。她胸前的伤口狰狞，但那种被侵蚀的麻痒感却奇怪地减轻了。然而，她的感官变得异常敏锐，能听到土地深处那个存在的愤怒低语，能闻到风中传来的、越来越浓的甜腻香气，那是「红花母亲」在搜寻她。
几天后，伤痕累累、饥寒交迫的林夕，悄悄潜回小镇边缘。小镇似乎恢复了「正常」，但那是一种死寂的正常。新的镇长产生了，是卡塔琳娜。她站在广场上，对聚集的、眼神依旧空洞但多了几分恐惧的镇民发表讲话，将之前的混乱归咎于「外乡人的亵渎」和「对红花母亲的不敬」，并宣布将举行一场更盛大的仪式来弥补。
林夕看到，镇民们抬着几个巨大的、用红布覆盖的笼子走向罂粟田，笼子里似乎有东西在蠕动。她认出其中一个笼子旁掉落的物品，是旅店厨师常用的调味瓶。
她蜷缩在废弃谷仓的阴影里，看着远处那片在夕阳下呈现出不祥血红色的罂粟田。她破坏了仪式，但未能逃脱。她成了这个共生\/寄生体系中的一个「异物」，一个刺激源。「红花母亲」没有放弃她，反而对她产生了另一种更「关注」的兴趣。而她，在经历了那种极致的恐惧与反抗后，内心深处除了战栗，竟然也对那种扭曲的、源自生命本源的黑暗力量，产生了一丝病态的好奇……尤其是当她感到饥饿，而手边只有一朵刚刚摘下的、汁液饱满的野生罂粟果实时。