除了对待百姓的纪律，还要强调将士的作战军纪。
一、不接仗者，不得妄杀一人。但当与敌交战时，胆敢畏敌怯战和私自逃窜者斩。
二、军令如山，敢有不遵令者斩。
三、全军步调一致，敢有自行其事者打五十军棍。
这些军纪全部写成条文、歌谣交付刻字印刷，各印成数万张揭帖 ，除了在军营内到处张贴，还要分发到每个营、哨、队及头目。在每日操演时也要抽人背诵。背诵通过的奖励鸡子一个。
自从大顺军驻军蕲黄山寨以来，全军通报触犯军纪事件一百三十七起，大多都是触犯比较小的军纪。比如放哨时偷偷喝了酒；偷了百姓的鸡鸭来打牙祭；搜俘虏的钱财；军营内打架；偷偷赌博等。强奸妇女及伤民命者只有数起，皆已明正典刑。大顺军的严厉军纪，对百姓秋毫无犯，让英霍山区的乡民看在眼里，刻在心上。因此得到百姓人人拥护。
去年秋冬以来，大顺军在英霍山区四百个大大小小的山寨实行均田和减租减息，使英霍山区数十万乡民受益，因此深得民心。
英霍山区的百姓回报给大顺军的就是数万青年乡民应募而来，要成为大顺军中的一员新兵。
如果加上在蕲州征得的两万新兵，还有招降的一万多名叛乱山寨的寨兵，共增加新的兵卒五万六千余人。将各军里缺少的兵员数额补齐。许多将领手下率领的人马恢复到武昌大战前的数额。
大顺军以老卒带新卒的方式，快速教练新兵，使他们快速了解战争。到真正兵临战阵之时，也采取老卒带新卒的模式，以老卒为骨干，以将领为支撑。就像一把伞一样，有骨方能张开。
为了使大顺军各军各营皆能依令行事，号令严明，进退调度俱如臂使指。需要重新申明令旗、号角、号炮等。
李岩找来了一本《纪效新书》，决定参照戚继光的练兵方法。这些指挥和通信方式也主要采用《纪效新书》上所载明的方式。
金鼓因为作为信号来说，一、操作麻烦 二、携带不便，三、声音不够大。已经被大顺军舍弃了。除了侦察敌情的探马、夜不收所用的鸣镝(响箭)、信号三眼铳外，只使用号炮、号角、令旗。
一、 号炮
1.主要作用
传递重大信号，警戒、进攻。因其声音巨大，传播距离远，用于传递最重要的、需要全军立即知晓的信号。
标示方位和距离，炮声能大致指示方向和距离（多响表示不同方向或距离段）
配合其他信号：常作为号角或号旗信号的起始或确认信号。
2. 使用场景
当敌军来袭警报，发现大规模敌军接近时鸣炮示警（规定响数代表不同方向或规模）。
进攻和冲锋命令：当在关键时刻，鸣炮作为全军或某部发起总攻的信号（常配合号角、旗帜前指）。
撤退命令， 在危急或需要有序撤退时鸣炮（规定特定响数）。
重要集结命令：要求部队迅速向指定地点（如中军大旗）集结。
通常只有高级将领（如果毅将军以上）才有权下令施放号炮。
信号相对简单：主要依靠炮声的有无、次数（如一声、两声、三声）来传递不同等级或类别的核心信息。复杂命令需要结合其他信号。
二、 号角
1.主要功能:
传递日常操练、行军、营务命令：是军营日常生活中使用最频繁的听觉信号工具。
协调部队行动：用于指示部队开始、停止、变换动作（如起立、坐下、前进、停止、转弯）。
传达特定战术指令：如准备战斗、变换队形（部分基础队形变换）、收兵等。
报时：在营地内吹角报晓、报昏、报更。
警戒：巡逻队或哨兵发现异常情况时吹角报警。
号角是小部队平时作息和行军作战时所用。号角是用铜和木质合成，号角嘴以铜打造，号管以木接驳。夜晚大多用号角。
营地作息，起床号、熄灯号、开饭号、集合号。
行军，出发号、停止休息号、加速前进、注意警戒号。
操练: “开始操练号”、“收队号”、“变换队形号”（如由行军队列变作战斗队形）。
作战: “准备迎敌号”、“火器轮射开始\/停止号”（配合旗帜）、“收兵号”（部分情况下）。
警戒：哨兵发现小股敌人或异常动静时吹响特定节奏的角声。
三长一短表示进攻，两长一短表示撤退。每哨配备一名号手。
通过不同的吹奏节奏、长短、次数组合形成丰富的“号谱”，能传达相对详细的命令。
号角声音传播距离小于号炮，但大于人声，适合营、哨（连）、队（百人队）一级的指挥。号角比号炮轻便，可由中下级军官（如把总、哨官）或专门的号手携带使用。
三、 号旗（旗帜系统）
1. 主要功能：
视觉指挥的核心：是指挥部队行动最直观、最精确的工具，尤其在嘈杂的战场上。
标识方位、指示目标： 明确指示进攻方向、敌军方位、集结地点等。
传达复杂战术指令：通过不同颜色、图案、数量旗帜的组合以及挥动方式（摇、指、伏、绕等），传达极其复杂的队形变换、进退攻守命令。
标识部队单位与指挥官位置：不同级别和单位的部队有自己的旗帜（如营旗、哨旗、队旗），主将的“认旗”更是全军关注焦点。
传递信息：在较远距离或特定场合（如城防、水师）用于旗语通信。
2. 主要旗帜类型及用途：
指挥方式：中军旗官根据主将命令，举起相应颜色的旗帜，并通过挥动方式（点、摇、指、伏、绕）传达具体命令（如：红旗向前点动=前军前进；青旗向左绕圈=左翼向左包抄；黑旗急摇=后军速来支援）。
认旗：各级指挥官（部总、哨总、队正）特有的、带有个人标识（姓氏、图案）的旗帜。作用：
标识指挥官位置，士兵需紧跟己方认旗行动。
中军通过指挥各认旗来间接指挥其所属部队。
认旗倒下往往意味着指挥官阵亡或部队溃散。
门旗立于中军营门两侧，代表中军大营，是部队的核心标识。
令旗（小旗）： 传令兵手持的小型三角旗或令字旗，用于中军向各部传令或各部间通信，有时也用于直接下达特定指令（如行刑令旗）。
信号旗\/通信旗: 水师或特定场合（如城防、烽燧）用于较远距离旗语通信的旗帜组合。
其他功能旗：如“清道旗”（行军时前方开路）、“金鼓旗”（指示金鼓配合）等。
3. 使用特点：
信息容量最大、最精确， 能传达最复杂的战术指令，是指挥体系的核心。
依赖视觉，受天气（雾、雨）、地形（遮挡）、光线（夜晚）影响大。夜晚常用号角替代。
层级分明：中军大旗指挥各营认旗，营旗指挥各哨认旗，哨旗指挥各队认旗，形成指挥链。
士兵训练核心： 士兵必须时刻紧盯自己所属的认旗和中军号旗，“旗进人进，旗退人退”。
戚家军将旗语系统发展到极致，制定了极其详尽的旗号谱，涵盖了几乎所有的战场动作和队形变换。