天空中，一只羽毛如同冰晶凝结而成、散发着凛冽寒气的蓝色大鸟——急冻鸟——呼啸而过。它所过之处，海面迅速冻结，连空气都仿佛要凝固了。天空，开始飘落大雪。
新闻持续报道着：“深层海流异常的中心，已经确认在橘子群岛的亚西亚岛附近！另外，观测到全世界的宝可梦，都在不知为何地向着亚西亚岛的方向移动！水系宝可梦渡海而去，不能渡海的宝可梦则集结在离亚西亚岛最近的陆地上！”
而此时，一架新闻直升机正冒着风险，朝着亚西亚岛飞去。机舱内，除了主持人，赫然还有大木博士、内木博士以及坚持要跟来的花子阿姨！
主持人将话筒递给大木博士：“关于这个前所未有的现象，我们来请教一下大木博士和内木博士的意见。”
大木博士面色严峻地分析：“传说中，亚西亚岛附近栖息着火之神、雷之神和冰之神。用科学的角度来分析，很可能就是冰之神的力量将海水冰冻，火之神的力量又将冰融化，这一冻一融，就形成了驱动海底的深层海流。然后，被搅拌的海水中，雷之神的电流发挥作用，能够制造出生命的基础——蛋白质！”
主持人追问：“那即是怎样？”
大木博士沉声道：“也就是说，三位神鸟的力量平衡，维持着深层海流的稳定流动，而这股海流，被认为是孕育出这个星球生命的关键！深层海流的中央，可以说是所有生命的故乡！现在异变的原因，只能是这三股力量的平衡关系，在某种形式上被彻底破坏了！”
内木博士补充道：“我们只能认为，是宝可梦们预感到这个星球即将面临的灭亡危机。虽然以它们的力量或许做不了什么，但正因为宝可梦们和这个星球的自然有着最紧密的联系，它们才本能地感觉到非做点什么不可，从而聚集在一起。”
花子阿姨紧紧握着双手，焦急地看着窗外恶劣的天气：“我家小智，还有水奈那孩子，就在这么危险的地方……小智那孩子，既喜欢乱来又不顾后果，得意忘形的话还不知道会做出什么……遇到危险可怎么办啊！”
此时的亚西亚岛附近，已被冰雪覆盖。一只看起来睿智而淡定的河马王，正站在岛上一处古老的祭坛边，抖了抖身上的积雪，望着混乱的天空和海洋，慢悠悠地叹了口气：“伤脑筋啊……”
一夜过去，天色微亮。小智、水奈、小健、芙芦拉以及火箭队透过飞船的观测窗，看着外面一片冰封的惨状。
武藏感叹：“哇……整个南方的海洋，居然都被冻住了……”
芙芦拉则在研究着那些拓文，她轻声念出上面的古老文字：“火之神、雷之神、冰之神，不可擅自触及。否则，天地的愤怒，将令世界走向毁灭……”
她的声音带着颤抖：“传说……变成现实了。”
小次郎看着武藏，一脸茫然：“世界没有了的话……能偷的宝可梦也没有了。”
武藏愣了一下：“那我们会……”
喵喵绝望地接话：“失业啦！”
小智咬紧牙关，拳头握得咯咯作响：“不行！必须做点什么！”
水奈相对冷静，分析道：“当务之急，是救出被关押的火焰鸟和闪电鸟！打破这个僵局！”
“没错！”小智立刻赞同，掏出精灵球，“大家，一起上！把这些笼子打破！”
“皮卡丘，十万伏特！”
“喷火龙，喷射火焰！”
“杰尼龟，水炮！”
“妙蛙种子，飞叶快刀！”
“阿柏怪，毒针攻击！”
“双弹瓦斯，污泥攻击！”
在众人宝可梦的合力攻击下，关押火焰鸟和闪电鸟的密封舱终于被破坏！两只神鸟脱困而出，发出愤怒的鸣叫，积攒的怒火让它们立刻开始大肆破坏这艘囚禁它们的飞船！
轰隆！飞船被炸开一个大洞，外部寒冷的空气灌入。同时，外面正在与飞船周旋的急冻鸟，也加大了攻击力度。
在三只神鸟的内外夹击下，巨大的飞行船不堪重负，冒着黑烟，朝着附近的雷之岛迫降而去，最终坠毁在岛上，彻底瘫痪。
小智等人趁机从破洞逃了出来。
而外面，脱困的火焰鸟、闪电鸟，与空中的急冻鸟一照面，仿佛积怨已深，立刻开始了疯狂的混战！火焰、雷电、冰霜在空中激烈碰撞，爆炸声不绝于耳，战斗的余波掀起狂风，将刚刚逃出生天的小智等人再次掀翻在地。
就在这时，一颗闪烁着金色电光的宝珠——雷泣珠，从坠毁的飞船残骸中滚出，恰好停在小智面前。
小智连忙捡起。
“快上船！”芙芦拉喊道。
几人匆忙登上来时的小船，想要离开这是非之地。但三神鸟战斗产生的巨大能量冲击，再次掀起恐怖的海浪，如同之前一样，将他们连人带船朝着远处拍飞出去！
眼看小船就要在风浪中倾覆，突然，船体被一股巨大而柔和的力量托举起来，平稳地放在了一座小岛的岸边。
众人惊魂未定，发现这座岛正是河马王所在的祭坛之岛。
河马王看着他们，用爪子指了指祭坛上三个凹槽：“宝物，放在那里。”
小智掏出炽炎珠和雷泣珠：“是这个吗？”他走上前，将两颗珠子放入对应的凹槽。
河马王凑过来看了看，慢悠悠地说：“还差一个。”
而此时，三神鸟的战场已经转移到了祭坛岛附近，它们疯狂的攻击不断落在岛屿周围，爆炸声震耳欲聋，整个岛屿都在颤抖。
就在这时，一道巨大的水柱从海中冲天而起，强行分开了缠斗在一起的三只神鸟！水柱散去，露出了其中那只体型优美、蓝白相间、气势磅礴的传说宝可梦——海之神，洛奇亚！
芙芦拉看着洛奇亚，眼中既有希望也有绝望：“海之神……只有在世界面临灭亡时才会出现……但是，按照传说，即便是海之神，也无法单独阻止世界的毁灭……”
洛奇亚的出现，立刻吸引了三神鸟的全部怒火！火焰、雷电、冰霜，三种属性的强大绝招同时朝着洛奇亚轰去！
然而，洛奇亚似乎只是为了阻止它们破坏而出现，并没有反击的意思，只是撑起屏障，承受着狂风暴雨般的攻击。属性不利且以一敌三的情况下，它很快便伤痕累累，发出一声悲鸣，从空中坠落，沉入了冰冷的海底。
“洛奇亚！”小智惊呼。
芙芦拉绝望地闭上眼睛：“结束了……”
随着洛奇亚的落败，天空中的异象更加恐怖，电闪雷鸣，数十道巨大的龙卷风在海面生成，连接着天地，仿佛末日降临。
祭坛上，河马王依旧淡定地看着这一切：“伤脑筋……只有出现一位优秀的控制者，才能平息诸神的愤怒。”
芙芦拉看向小智：“优秀的控制者……能拯救这个世界……”
水奈的目光也落在小智身上，语气坚定：“那就是小智。”
小健也点头：“事到如今，符合传说条件的人，只有小智了！”
小智难以置信地指着自己：“我？就我？等一下！我想成为的是宝可梦大师！但是……要我拯救世界的话……这……这责任也太……”
水奈看着他，理解他的惶恐，但语气不容置疑：“我知道这不是小事，也不是你该背负的责任。但是……”
小健插话道：“但是，完全符合传说描述的人，只有你了啊，小智！”
小智回想起芙芦拉之前的话，有些混乱：“但、但是，祭典上要做的事，不是说完全不难吗？”
芙芦拉低下头，充满歉意：“应该是很简单的……对不起，是我说得太轻松了，把你卷入了这么危险的事情中……”
小智看着芙芦拉愧疚的样子，又看了看身边信任地望着自己的水奈和小健，还有怀中皮卡丘鼓励的眼神，他深吸一口气，挠了挠鼻子，故作轻松地说：“也不是说卷入事件中了啦……”
水奈在一旁深有同感地点头，对芙芦拉道：“他是个乱来的人嘛，总是会这样的，习惯了。”
小智看向芙芦拉，问道：“那现在，到底该怎么办？”
芙芦拉拿起一直带在身边的那枚精致的笛子——海之笛，犹豫地说：“如果……传说到现在为止都是真实的话……那这只笛子……”她将笛子凑到唇边，吹奏起来。
悠扬、空灵而带着某种神奇力量的笛声，穿透了风暴的喧嚣，传入了海底。
神奇的事情发生了！海底深处，原本失去意识的洛奇亚身上，开始散发出柔和的白光！它猛地睁开眼睛，身上的伤势以肉眼可见的速度恢复！它长鸣一声，再次冲破海面，翱翔于风暴之中！
“洛奇亚！”众人惊喜地叫道。
洛奇亚降落在祭坛边，看向小智等人，心灵感应的声音在众人心中响起：“我要感谢你们，感谢那抚慰我心灵的笛声。但是，仅凭此笛，无法安抚它们三个。”
小智急忙问：“那该怎么做？”
洛奇亚道：“只有当火之神、雷之神、冰之神所拥有的宝物，与这海之笛的力量调和之时，才能彻底消除它们的愤怒，让世界恢复平衡。而能完成这件事的，只有被选中的、优秀的控制者——也就是人类。”
小智似乎明白了：“那就是说……我是人类的代表？”
洛奇亚肯定道：“你已得到了两个宝物，与世界存亡的距离最近。剩下的，是冰之岛的宝物——寒冽珠。”
小智望向远处那座被冰雪覆盖、此刻正被三神鸟战斗波及的冰之岛，眼中闪过一丝迟疑：“要去……那里吗？”
洛奇亚的声音带着沉静的力量：“你，正处于距离拯救世界最近的位置。”
小智看着远处末日般的景象，看着身边伙伴们期待而信任的目光，眼中的犹豫逐渐被坚定取代。他习惯性地转了转自己的帽檐，脸上露出了那种混合着觉悟和一丝“真拿自己没办法”的笑容：
“是啊……我好像，一直都是个挺乱来的人呢。”他深吸一口气，大声说道，“那就……去拯救世界吧！”
他掏出精灵球，刚要放出喷火龙，小健连忙阻止：“慢着，小智！要是飞过去的话，太显眼了，很容易被它们战斗的余波波及的！”
小智看了看周围，目光落在了岸边那艘虽然破损但还能漂浮的小船上，顿时有了主意。
他刚要走下祭坛，却突然感到脖子上一热，似乎被戴上了什么东西。他低头一看，是一个用蓝色丝线串着、造型古朴精致的湛蓝色浪花状护身符。
他惊讶地回头，看见水奈正微微红着脸，有些不自然地别开视线，轻声说道：“小时候……你不是一直想看也没看到的，我们家的护身符吗？据说能带来水的庇佑……小智，一路平安。”
小智低头看着胸前的护身符，那冰凉的触感却仿佛带着水奈手心的温度。他心中涌起一股暖流，突然上前一步，在水奈惊讶的目光中，一把将她紧紧抱住！
“谢谢你，水奈！”
水奈被他这突如其来的举动弄得僵住了，脸颊瞬间变得通红。
一旁的芙芦拉见状，立刻想要揶揄：“还说不……”
话还没说完，水奈就猛地从小智怀里挣脱出来，力道之大让小智踉跄了一下，一把捂住了芙芦拉的嘴，羞恼地瞪着她，不让她继续说下去。
小智看着她们，虽然不明所以，但还是露出了灿烂而充满信心的笑容：“我走了！水奈，芙芦拉，小健，等我回来！”
水奈看着他转身跑向小船的背影，没有再说什么，但那双眼眸里，盛满了无法掩饰的担忧。