就在军制改革紧锣密鼓推行之时，钱镠在其首席文官幕僚周繇、罗隐、李振、沈崧等人的辅佐下，开始对麾下疆域的行政体系进行一场同样深刻的变革。
首先是参照大唐朝廷各部，设立典仪司（仿礼部）、铨衡司（仿吏部）、度支司（仿户部）、将作司（仿工部）、刑宪司（仿刑部，在中枢与提点刑狱司属于一套班子，两块牌子，对地方则是提点刑狱司）。
基于地理形势、人口分布与战略防御的需要，钱镠对现有辖区进行了重新划分：
1. 析苏州置秀州：因苏州地广人稠，经济发达，拆分可削弱其潜在的地方势力，便于中央管理，将原苏州辖境南部的嘉兴、海盐、华亭三县划出，新设秀州（治所嘉兴）。
2. 升江宁为升州：将原宣州部分辖地（如当涂）与润州西部的江宁、溧水、溧阳等地合并，升格为升州（治所江宁）。
3. 将翁洲划归明州：在钱镠攻取浙东以后，原本孤悬于外的翁洲已经完成了其历史作用，将其划归明州，在翁州设置舟山县，管辖其周边岛屿。
4.至此辖区总计：经过调整，钱镠直接统治的核心区域变为二十二州：润州（首府）、常州、升州、苏州、秀州、湖州、杭州、睦州、越州、明州、婺州、衢州、台州、温州、处州、宣州、歙州、池州，以及江北的庐州、舒州。远在倭国的东州、福建外海的澎州。
增设了市舶榷货司，专管盐铁专卖、茶酒之利、商税征收、蕃舶贸易。
下辖榷盐曹： 负责盐田、盐井的生产管理；统购全部食盐；向特许商人（盐商）批发盐引（专卖凭证）；打击私盐。
榷铁曹: 负责管理铁矿、铜矿等金属矿藏的开采与冶炼；统销生铁、熟铁及铜料；控制兵器、农具的原料供应。
征榷曹:负责茶叶、酒、绢帛、瓷器等特殊商品的专卖；征收国内市场的商税、关税；管理官营店铺和特许商人。
海贸曹：负责管理主要港口（如明州、杭州）；接待外国商船（“蕃舶”）；征收关税；收购、拍卖进口珍宝特产；管理本国商船出海事宜。
为防止地方长官权力过大，形成新的割据，除了对军将限制，钱镠对地方权力体系也进行了制衡：
设立转运使总司，又称漕司，各州设立分司，主掌财赋与行政监察。负责将地方赋税征收并转运至中枢；同时兼有考察地方官吏、审理刑狱、维持社会治安等职责。
设立提点刑狱司：主掌一路司法与刑狱。负责复核州县案件、审讯囚犯、平反冤狱、监察地方官吏违法行为。
对各州刺史职责与限权进行明确：
有行政权：刺史为一州最高行政长官，主要负责民政、劝课农桑、征收赋税、兴修水利、司法刑狱、教化百姓。
仿照军制，实行文官刺史定期轮换。一般以三年为一任，最多连任两届（六年），届满必须调任他州或回中枢任职。
无兵权：由参谋总院和军政署分管，彻底废除唐代刺史掌兵的旧例。
无财权：赋税收入除按规定留用州府开支外，绝大部分需上缴中枢转运司。
无司法权：司法与刑狱由提点刑狱司各分司负责。
人事权也受限：州级主要佐官（如别驾、长史、司马）的任命需由中枢任命；县级官员虽可由刺史推荐，但最终任命权在中枢。
将郡兵的指挥与统辖分离：各州维持一定数量的地方治安部队，称为“郡兵”或“州兵”，主要负责剿匪、维护治安、城门守卫等，非野战部队。
郡兵的编制、员额、军官（都尉、校尉）的任免、粮饷发放，均由军政署直接负责，刺史无权干预。
郡兵在本州境内执行日常治安任务时，由各州军政分司任命的将领负责战时指挥。刺史也无权干预。
通过上述的一系列限制，虽然会从制度上对军队、政务进行限制，但是任何制度规定落实最终还是归结于人、人才。于是钱镠大力改革选官制度：
1. 恢复并规范乡贡（地方科举）：
明确规定每年秋季在各州举行“乡试”，选拔通晓经学、文辞、算学、律令的士子。
乡试合格者，称为“举人”，于次年春集中到润州，参加由郡王府主持的“府试” （相当于省试）。
考试内容不仅限于儒家经典，加重了时务策论、律法、算术等实用科目的比重，选拔能实际处理政务的人才。
理论上向所有士子开放，采取糊名制度，严格考试纪律，遏制请托舞弊。
2. 建立吏员考核升迁制度：
打破官吏界限，明确规定，各级官署中的吏员（胥吏），只要表现优异，通过规定的考核，即可获得出身，升任流内官（正式官员）。
设立 “吏能考绩法”，对吏员的文书能力、办事效率、财务清廉、法律知识等进行定期考核。
设立从基层吏员到州县佐贰官的清晰晋升阶梯。例如，州府表现优异的典狱、仓督，可升任县尉、主簿；能力出众的县衙书吏，可升任州府参军等。
各职司拆分确定后的首要之务就是清丈田亩，核实户口，编制鱼鳞图册与黄册，作为征税依据。继续施行两税法：田赋分夏秋两季，按土地肥瘠分等征收；户税按资产分等；商税在关津、市场征收，税率一律公开。由比部曹，专司审计。每年对州县账目进行稽核，发现贪墨严惩不贷。
截止龙纪元年（889年，换年号了，上一个文德只用了一年）底，各项制度落实卓有成效，户口核实结束，对隐户、逃户、流民、仆役等进行编策册后，钱镠治下共有一百六十万余户，人口合计八百五十二万余口；二十二州清丈田亩完毕，新增纳税田四十万顷。通过吏员考核晋升的官员已达百余人。