冰岛临时医疗点的消毒水味还未散尽，戴维·金手腕上的电子镣铐泛着冷光，他盯着陆沉手中的战术地图，指尖在马里亚纳海沟的标注处停顿许久：“‘盘古’的最终底牌藏在挑战者深渊上方三千米，伪装成1998年失事的‘深海之眼’探测站。那地方被海压焊死了三层合金门，核心区的‘生死锁’必须我和‘衔尾蛇’的基因同时验证——当年是我亲手设计的安保系统，也只有我知道‘女娲’病毒原始株的灭活序列。”陆沉注意到他指节泛白，显然这段回忆并不轻松。苏晴的笔记本电脑突然弹出卫星监测图，她放大画面：“核实过了，探测站残骸周围有异常能量屏蔽，符合‘盘古’的技术特征。”一旁的陈默拍了拍战术背包：“‘探索者号’潜水器连夜完成改装，配备抗压装甲和水下爆破装置，‘蛟龙’分队的三名蛙人已经待命。”
三日后，太平洋某海域，“探索者号”如同银色巨鲸潜入深海。舷窗外的光线从湛蓝渐变为墨黑，当深度计跳到3000米时，潜水器精准对接上探测站的应急接口。舱门开启的瞬间，一股混杂着海藻腐臭与金属锈蚀的气息涌入，张毅立刻启动便携式检测仪，屏幕上的红光瞬间爆闪：“空气里漂浮着病毒气溶胶！浓度达到0.3mg\/m3！”众人手忙脚乱地戴上防毒面具，苏晴已将数据线接入探测站的残存接口：“我尝试远程调取‘衔尾蛇’的基因备份，伪造双重密钥。”话音未落，整个基地突然响起刺耳的警报，通风管道内涌出淡绿色雾气，陈默一把将苏晴拽到身后：“是神经毒气！退到负压安全舱！”
安全舱的厚重舱门缓缓闭合，内部的压力表指针不断跳动。“舱体抗压层出现裂纹，最多支撑一小时！”陈默用扳手加固着舱门螺栓，窗外的合金墙壁已因海压变形，发出令人牙酸的“咯吱”声。苏晴的额头渗着冷汗，手指在键盘上翻飞如舞，屏幕上的基因序列不断匹配重组：“还差三个位点！张毅，给我一支肾上腺素！”张毅迅速抽针注射，同时将抑制剂注入通风系统：“只能暂时延缓菌株增殖，一旦气溶胶浓度超标，面具也挡不住！”终于，当安全舱的警示灯变成黄色时，苏晴大喊：“密钥生成了！”戴维·金扑到操作台前，指纹与视网膜双重验证后，按下了灭火程序的红色按钮。陈默扛起定向炸药：“我炸开舱门，陆沉你掩护大家撤离！”爆炸的火光中，戴维·金突然折返，从核心服务器中抽出一枚银色硬盘——正是记录“净化计划”的核心数据。“快走！基地要塌了！”陆沉拽着他冲向潜水器，身后的探测站在海压冲击下轰然坍塌，碎块擦着潜水器的外壳坠入深渊。
当“探索者号”浮出海面时，朝阳正刺破云层。戴维·金因危害公共安全罪被判二十年监禁，但获准在特殊实验室协助病毒研究。就在众人以为危机暂解时，苏晴的加密邮箱突然收到一封匿名邮件，附件只有一张模糊的卫星图和一行字：“盘古火种未灭，雨林待燃。”技术部门连夜追踪信号源，最终锁定在亚马逊雨林深处的玛雅文明遗址。总部很快调来当地向导埃琳娜——这位身着印第安传统服饰的女子腰间别着石斧，眼神锐利如鹰：“‘盘古’的人占据了奇琴伊察的古金字塔，他们用掺了致幻蘑菇的汤药控制了附近的拉坎顿部落，声称要在月圆之夜举行‘生命祭祀’，把病毒混入雨林的水源主干。”
进入雨林的第三天，众人遭遇了第一道危机。毒蛇谷中，数十条矛头蝮盘踞在树枝上，毒液滴落在落叶上腐蚀出点点黑斑。埃琳娜吹起一支骨哨，毒蛇竟纷纷退入草丛：“这是部落的驱蛇秘音。”穿过谷后，食人蚁沼泽又横亘在前，陈默点燃火焰喷射器，形成一道火墙阻挡蚁群，众人踩着临时搭建的竹桥狼狈通过。潜伏到金字塔附近时，已是月圆之夜，苏晴用微型监听器截获了“盘古”的通讯：“‘火种计划’启动，祭祀开始后释放病毒原液。”趁着部落居民陷入致幻状态，众人悄悄潜入金字塔底层。当看到被洗脑的村民举着毒气瓶走向祭台时，苏晴立刻启动便携式投影仪，将病毒感染后的惨状投射在石壁上——画面中，被感染者皮肤溃烂、失去理智的模样让村民们纷纷后退。埃琳娜举起胸前的玉石圣物，用拉坎顿语高声喊道：“这不是祭祀，是毁灭！外来者在欺骗你们！”部落首领看着圣物上的古老图腾，又看看石壁上的画面，突然挥斧砍断了“盘古”成员手中的毒气瓶。陆沉趁机扑向“盘古”首领，两人在祭台上扭打，最终用手铐将其制服。在部落村民的协助下，众人捣毁了病毒储存罐，彻底粉碎了“火种计划”。
离别时，埃琳娜将一枚刻着羽蛇神图案的木雕塞进陆沉手中：“‘盘古’还有个代号‘祝融’的首领，他在非洲搞到了铀原料，你们要小心。”夕阳下，雨林的轮廓渐次模糊，陆沉摩挲着木雕上的纹路，知道这场与“盘古”的较量，远未到结束的时刻。
冰岛临时医疗点，戴维·金向陆沉透露“盘古”海底基地位于马里亚纳海沟挑战者深渊上方三千米，伪装成废弃深海探测站，内藏“女娲”病毒原始株，核心区“生死锁”需他与“衔尾蛇”基因双重验证，且只有他知晓灭活流程。苏晴核实基地背景，陈默汇报“探索者号”潜水器及“蛟龙”分队已到位。
三日后，“探索者号”下潜至三千米处对接基地。进入后，张毅检测到空气含病毒气溶胶，众人紧急佩戴防毒面具。苏晴试图远程调取“衔尾蛇”基因序列伪造密钥时，基地启动防御系统释放神经毒气，众人退守负压安全舱。
安全舱仅能支撑一小时，且基地因水压开始变形。苏晴加速匹配基因位点，张毅注入抑制剂延缓菌株增殖。密钥生成后，戴维·金启动灭火程序，陈默炸开安全舱门。撤离时戴维·金冒险取出“净化计划”数据硬盘，众人在基地爆炸前逃回潜水器。
浮出海面后，戴维·金获刑二十年并协助研究。此时苏晴收到匿名信息，称“盘古”火种未灭。经定位，信号源自亚马逊雨林，总部调来当地向导埃琳娜。埃琳娜告知“盘古”占据玛雅古金字塔，用精神药物控制部落，计划借祭祀将病毒混入水源。
众人随埃琳娜穿越毒蛇谷、食人蚁沼泽，潜入金字塔附近。截获“盘古”通讯得知其“火种计划”后，连夜潜入金字塔。面对被洗脑的部落居民，苏晴投射病毒危害动画，埃琳娜出示圣物佐证，部落首领幡然醒悟。陆沉制服“盘古”首领，在部落协助下捣毁据点。
离别时，埃琳娜赠送信物并警示众人提防“盘古”的“祝融”，新的战斗已在非洲酝酿。