铁之国联军总部的气氛，在经历了寂灭谷的挫败与“圣主”意志的威慑后，变得愈发凝重而务实。大规模的军事行动暂时搁置，取而代之的是更高效的情报网络铺设、针对性的防御加固，以及至关重要的——对“圣主”力量本质的研究与反制手段的开发。
凌在身体基本恢复后，便一头扎进了联军临时设立的研究班。他将自己关于“圣主”力量节点结构、侵蚀特性以及新领悟的“水镜观理”之法的理解和盘托出，与来自各村的封印术、医疗忍术以及自然能量研究方面的专家共同探讨。
“根据凌阁下提供的信息，以及我们从古籍中查到的零星记载，”一位来自木叶研究所、头发花白的老学者推着眼镜说道，“这种黑暗力量的表现形式，与传说中上古时期曾肆虐大地的‘负面情绪聚合体’有相似之处，但更加有序，更具侵略性，仿佛被某种极高的意志所统御。”
“而凌阁下的‘水镜观理’之术，为我们提供了一种前所未有的观察手段。”一位雾隐的幻术专家接口道，眼中闪烁着兴奋的光芒，“若能精准洞察其能量运行的本源结构，或许能设计出针对性的封印术式，或者……找到干扰其意志连接的方法。”
研究并非一帆风顺。缺乏足够的研究样本（除了凌记忆中那惊鸿一瞥的结构），以及“圣主”力量本身的诡谲多变，让进展十分缓慢。凌多次尝试用水镜观理解析空气中残留的、极其微弱的黑暗气息，但收获有限，那些气息过于稀薄，结构也不完整。
就在研究工作陷入瓶颈时，来自火之国边境的紧急情报，送来了意想不到的“样本”。
一支联军巡逻小队在边境森林中，发现了一处刚发生过激烈战斗的现场。数名流浪忍者和猛兽的尸体散布其间，死状凄惨，身体干瘪，仿佛被抽干了生命力。现场残留着明显的黑暗力量气息，但令人不安的是，在这些尸体中央，生长着一株约一人高的、外形扭曲怪异的暗紫色植物。植物的根系深深扎入尸体之中，似乎在汲取养分，顶端结着一个含苞待放、散发着不祥光芒的花蕾。
巡逻小队试图清理该植物，却遭到其猛烈的攻击——植物能释放出具有强烈精神污染的花粉，并能操控周围的阴影进行物理打击。小队付出了两人重伤的代价才勉强撤离，并将情报和用封印卷轴强行采集的少许植物组织样本送了回来。
“这是……什么东西？”纲手看着研究班呈上的报告和那被严密封印的、依旧在微微蠕动的暗紫色叶片，眉头紧锁。
凌第一时间被请到了研究班。他凝视着那被封印的叶片，无需施展水镜观理，就能感受到其中蕴含的、与“圣主”同源但更加“野生”和“混乱”的黑暗能量，同时还夹杂着一丝……微弱的、类似植物的生命气息？
“让我看看。”凌示意研究人员加强封印结界，然后小心翼翼地调动仙术查克拉，湛蓝色的水光在眼中凝聚，施展出水镜观理之术，聚焦于那片诡异的植物组织。
在水镜观理的洞察下，叶片内部的能量结构纤毫毕现。他看到的不再是单纯的黑暗能量，而是无数细小的、如同神经束般的紫黑色脉络，包裹着一个极其微小的、不断搏动的核心。这个核心的结构，竟然与他在寂灭谷感知到的、那庞大“圣主”意志的微观形态，有着惊人的相似性！仿佛是其一个微不足道的碎片，或者说……种子？
更让他心惊的是，这些脉络正在以一种近乎掠夺的方式，吸收着封印结界逸散出的微弱查克拉，并试图同化、扭曲叶片本身那属于植物的生命结构！
“这东西……是‘圣主’力量的衍生物！它在吸收能量，转化并增殖自身！”凌沉声说道，撤去了观理之术，脸色难看，“它像是一种……活着的污染源，或者说，是‘圣主’播撒出的……‘种子’？”
“种子？”奈良鹿久闻讯赶来，听到凌的判断，神色严峻，“如果这种东西在忍界各处生根发芽……”
后果不堪设想！这远比单纯的敌人袭击更加可怕，这是一种无声的蔓延与侵蚀！
“必须立刻清除已发现的植株，并加大巡逻力度，搜寻可能存在的其他‘种子’！”纲手当机立断。
然而，更糟糕的消息接踵而至。不仅仅是火之国，土之国、雷之国边境也陆续发现了类似的可疑植物，以及被吸干生命力的尸体。这些植物形态略有差异，有的像藤蔓，有的像菌类，但核心的能量结构大同小异。它们似乎对充满负面情绪或查克拉混乱的区域格外青睐。
联军的重心不得不再次调整，一部分力量用于清剿这些突然出现的“神树残骸”（研究班暂时以此命名），另一部分力量则加紧研究其特性与弱点。
凌主动请缨，加入了边境的清剿小队。他需要更多的实战样本，来验证水镜观理之术，并寻找更有效的净化方法。
在一次清剿任务中，凌所在的小队遭遇了一株已经成熟、绽放着妖艳紫黑色花朵的“神树残骸”。这株植物不仅能释放精神花粉、操控阴影，其根系还能如同触手般发动迅猛的物理攻击，极其难缠。
小队陷入苦战，常规忍术效果甚微，火焰会被扭曲的阴影屏障阻挡，雷遁则会被其吸收部分能量。
“让我来试试！”凌看准时机，双手结印，精纯的水属性仙术查克拉流淌。这一次，他并未施展大范围的净化术，而是将力量高度压缩。
“仙法·水镜穿刺！”
一道凝练如实质、内部流转着无数细微水纹与符文的湛蓝色水箭，如同拥有生命般，绕过扭曲的阴影屏障，精准地射向了那株植物能量结构中最活跃、也是与“圣主”意志连接最紧密的那个核心节点！
嗤——！
水箭没入核心，没有剧烈的爆炸，而是如同清泉流入滚油，发出了密集的能量湮灭声。在水镜观理引导下的精准打击，瞬间扰乱了其内部能量平衡！
那株“神树残骸”剧烈地颤抖起来，妖艳的花朵迅速枯萎，根系触手无力地垂落，最终化为一滩冒着青烟的黑色粘稠液体，其中的黑暗能量被彻底净化。
“成功了！”小队成员松了口气。
凌却微微喘息，眉头并未舒展。这一击虽然精准有效，但消耗依然不小。而且，他能感觉到，在植物被净化的最后一刻，有一股极其微弱的、冰冷的意念顺着那被切断的连接，反向扫过了他。
又是那种被“注视”的感觉！
这些“神树残骸”，不仅仅是污染源，更是“圣主”遍布忍界的眼睛和触手！
清剿行动在继续，但凌心中的阴霾却越来越重。他们只是在清理已经长出来的“杂草”，而那个播撒种子的幕后黑手，又在何处？他的真正目的，难道仅仅是污染这片土地吗？
就在边境的清剿与防御工作紧张进行时，联军总部收到了一个来自遥远海外的、由妙木山蛤蟆带来的、属于自来也的加密情报。情报的内容，让所有知情人，尤其是纲手和凌，脸色骤变。
情报显示，在海外某些与世隔绝的岛屿上，出现了规模更大、形态更完整的“神树残骸”，甚至开始凝聚出一种诡异的、类似尾兽查克拉的聚合体！而引导这一切的，似乎是一个戴着漩涡面具、自称“宇智波斑”的男人。
带土的踪迹，终于再次浮现。而他的计划，似乎远比任何人想象的，都要宏大和恐怖。