琅嬛玉洞中的藏书极其丰富，其分类方式更是独具匠心。这些典籍以“天地人三才”为纲领，被分别放置在三个主要区域中。每个区域又根据武学流派和功法特性进一步细分，这种布局暗合了周易六十四卦的方位。
洞内的书架全部采用千年阴沉木打造而成，这种木材不仅质地坚硬，而且具有抗虫防腐的特性。为了更好地保护这些珍贵的书籍，书架表面还涂抹了曼陀山庄独门的蜂蜡，使得它们即使遭遇火灾也不会被焚毁。
人部位于洞内的前部，是最容易被找到的区域。这里的书架被放置在洞厅前的宫格紫檀木架上，按照“阴阳五行”的规律排列。这里收藏的功法涵盖了天下二流宗门的各种拳法、掌法、刀法和剑法等。
地部则位于洞内的中间位置，通过在洞壁上开凿石龛来存放书籍。这些石龛共有三十六格，与三十六天罡相对应。地部的核心典籍是各一流宗门的练功心法，以及部分顶级宗门的残缺功法。例如，少林区就收藏有《易筋经》的梵文拓片，但遗憾的是缺少了“洗髓篇”。在这部分功法旁边，还放置着玄慈方丈年轻时的破戒批注，为这些古老的典籍增添了一抹神秘的色彩。
西域区：《乾坤大挪移》波斯文残卷，夹页附王夫人手书：「此功心法逆冲，与慕容内功相克」。
暗器区：唐门《暴雨梨花针图谱》，尾部缺页处补写「需以醉人蜂毒淬炼钢针」。
内功区：《小无相功》全本，书脊嵌寒玉片镇邪，开卷即见「李秋水」留字：「内力不及若强练此功，必遭反噬」。
外功区：《降龙十八掌精要》，缺「亢龙有悔」「飞龙在天」十二式，页边绘辽军布阵图暗藏破解法。
奇门区：《凌波微步》绸缎卷轴，步法图谱以金线绣制，但「归妹」方位故意错位。
在天部洞内的最深处，主架上摆放着琅嬛玉洞主人认为最重要的九门功法，。其中如《六脉神剑残谱》，大理段氏的绝学。然而，这部残谱中仅存下了“少商”和“商阳”两脉的图谱，旁边还有批注：“须以寒晶砂淬指，可补经脉不足”。
紧挨着《六脉神剑残谱》的，是一本名为《斗转星移秘录》的秘籍，它乃是慕容家的传家武学。更令人惊讶的是，在书页的夹层中，竟然藏有破解丐帮降龙十八掌的七处命门！
除此之外，天部洞中还有其他一些稀世功法。比如《龙象般若功》的全本密录，这可是一门威力巨大的炼体功法，至今无人练成最高阶；还有《北冥神功残卷》，这是逍遥派的秘典，可惜仅存“吸字诀”；《九阳神功》也只剩下前一层心法，但足以让人入门修炼；而《九阴真经》则仅存功法总纲……
当段无咎看到那本完整的《龙象般若功》密录时，心中顿时松了一口气。他的指尖缓缓悬停在《龙象般若功》卷轴上方三寸处，正准备伸手去取时，突然被一只手紧紧扣住了手腕。
伸手之人正是王语嫣。她的指尖冰凉如霜。而她的袖中，不知何时已经滑出了一卷空白的卷轴，此刻正被她紧紧握在手中。
王语嫣面沉似水，冷冷地看着段无咎，说道：“段公子，难道你真的以为，琅嬛玉洞守了六十年的玉洞机关，会如此轻易地让人随手取走镇洞绝学吗？”
段无咎侧目轻笑，鎏金算珠在掌心叮当作响：表妹这替换手法倒是熟稔。他忽然翻掌震开卷轴，露出背面暗红的血纹：机关？怕是这凝血印触发后，洞外三十六弩手会立刻放箭吧？
王语嫣瞳孔微缩道：公子既知凝血印，就该明白——此刻你呼出的每一口气，都在催动洞顶硝石粉下落。她指尖轻点寒玉台，台面竟浮现倒计时冰纹：半盏茶内不补上空白卷轴，你我皆成齑粉。
段无咎突然从怀中取出一副盘龙刺青图：表妹不妨细看这刺青龙目——龙睛处赫然是微型茶马古道地图：四通商行已控制琅嬛玉洞三条密道，若我死在此处，明日曼陀山庄七成茶田将燃起龙涎火。
王语嫣冷笑掷出空白卷轴，卷轴展开竟是《六脉神剑》残页：公子莫忘，甲字架《漕运密账》记载着四通商行私运寒晶砂的十三条罪证。她突然以银针刺破指尖，血珠滴在寒玉台：我若此刻激活凝血印，你那些埋在密道里的火药……
表妹且慢！段无咎忽然擒住她染血的手指，竟含入口中轻吮：好甜的醉人蜂王浆——原来你早服了解药。他甩出袖中茶票，票面暗纹竟与空白卷轴重合：这才是真正的机关密钥吧？
原来，王语嫣早就知道李青萝给她下了毒，目的是为了淬炼她的筋脉。然而，聪明绝顶的王语嫣早已察觉到这一点，并且已经成功地解开了蜂毒。因此，尽管李青萝的计划得以实施，但由于王语嫣及时解毒，所以淬炼筋脉的效果并未显现出来。这就是为什么王语嫣至今仍然没有丝毫武功的原因。
王语嫣突然向后退了三步，然后迅速扯开空白卷轴的夹层，露出了半封泛黄的婚书。她手持婚书，目光锐利地盯着段无咎，问道：“段公子，你可认得这字迹？”
段无咎定睛一看，只见婚书上赫然写着“段正淳与李青萝永结同心”几个字，那字迹犹如鲜血一般刺目。王语嫣接着说道：“当年，你的叔父就是用同样的替换手法，在洞中调包了婚书，才害得我母亲……”
她的话还没说完，段无咎突然像被激怒的野兽一样暴起。他手中的剑气猛然爆发，如闪电般削落了洞顶的夜明珠。随着夜明珠的破碎，刹那间，整个洞穴都被黑暗所笼罩。
然而，就在这黑暗中，段无咎的袖中突然散发出一股寒气。只见那寒气迅速凝结成段正淳的虚影，仿佛段正淳本人就在眼前一般。
段无咎道：“陈年旧事何必再提！”他的声音在黑暗中回荡，带着无尽的愤怒和不甘。
“你母亲当真不知？那日替换婚书，其实是为了保住她的性命——慕容博早在她的茶中下了三日断肠散！”
王语嫣踉跄扶住书架，撞落《参合指》残卷：谎言！这洞中《毒经》记载得清楚，断肠散解药需琅嬛玉洞的……她话音戛然而止，猛然抬头：难道当年替换的空白婚书夹层里……
正是解药。段无咎拾起残卷，撕下末页露出暗格：你母亲恨了二十年的人，实则是她的救命恩人。暗格中赫然躺着半枚玉珏，与王语嫣颈间项链严丝合缝。
原来慕容博在婚书金粉中混入三日断肠散，中毒者需每三日服用琅嬛玉洞“醉人蜂王浆”续命，以此要挟段氏支持慕容家复国计划。
现存于琅嬛玉洞甲字架的《毒经》残页，记载此毒需“蜂王浆混合寒玉髓”解毒，而寒玉髓仅存于大理王室宝库。
慕容博伪造段正淳与刀白凤的“私奔密信”，故意让李青萝在调包当夜“撞破”。李青萝因发现“私奔密信”且未察觉婚书药性，误认为段正淳负心，导致曼陀山庄与大理段氏二十年敌对。