永乐十九年仲秋，京师骤起风波。户部云南清吏司主事秦砚卿，因弹劾宝钞弊政遭构陷，猝死诏狱。其女秦桑年方二八，本待选宫中女官，闻变夤夜出逃。临行前，老仆塞来乌木算盘半副，泣曰：“此老爷临终所托，云内藏破局之钥...”
桑娘避祸至杭州舅家，岂料舅父早被锦衣卫收监。表嫂冷脸掷来织机：“吾家岂容罪臣之女？”遂被贬入织坊为奴。夜半抚算盘垂泪，忽闻珠响叮咚，残盘竟自行拼合，浮现血字：“孤山梅，玉泉冰，十八星斗映璇玑。”
次日押送贡缎往孤山别院，恰逢钱塘商会岁核。桑娘见厅中檀木算盘与怀中乌木盘纹路相契，失手打翻茶盏。总账房陆仲渊蹙眉抬头，却见这织女指尖飞点：“第三柱珠位错档，该是七归六除非五去...”满堂哗然中，竟将百年错账顷刻厘清。
陆先生惊为天人，破例收作算房学徒。桑娘夜夜以乌木算盘推演，发现宝钞作伪竟与宫中采买相关。某夜查账至三更，忽见窗外黑影幢幢。危急时陆先生破门而入，袖中飞出铜钱击退刺客，叹道：“秦姑娘可知今师乃尊父同科进士？”原来陆仲渊竟是父亲门生，奉命暗中护持。
二人循算珠指引往玉泉寺查证，于弥勒座下掘得铁匣。内藏户部旧档与半页血书，直指司礼监掌印太监冯保。忽闻弓弦响动，锦衣卫缇骑围寺。陆仲渊为护桑娘肩中毒箭，血染经幡之际，乌木算盘骤放光华，十八颗珠凌空排作星图，现出“灵隐茶畦”四字。
桑娘负伤遁入龙井山，被采茶女苏绣儿所救。苏家茅屋悬着副八卦算盘，与乌木盘阴阳相合。绣儿泣曰：“先父本为宝钞提举司匠官，因察觉钞版暗记玄机被害...”二人比对照验，发现伪钞暗藏北斗纹样，与宫中钦天监秘符吻合。
恰逢郑和第六次出洋在即，宝钞需求剧增。桑娘扮作茶商混入贡船，见押运太监腰间牙牌竟与伪钞暗记同源。夜盗账册时误入底舱，骇见铸模机枢暗藏火药，竟欲毁船阻挠西洋贸易！千钧一发间，陆仲渊率商船赶来，火把映出他飞鱼服下金吾卫腰牌——原是皇上亲军暗查此案。
三方混战间，突有海寇乘乱劫船。桑娘被掳至舟山岛，匪首狞笑：“小姑娘可知乌木算盘本是张士诚藏宝图？”方知前元余孽欲搅乱金融以复国。桑娘假意合作，以算学推演潮汐，暗将海盗布防图编作渔歌传出。
陆仲渊得讯率水师围剿，血战中桑娘手执算盘立于桅杆，珠算声里指挥若定。忽见匪船喷出毒火，正是伪钞所用磷粉。危难时乌木算盘迸裂，内现金针一枚，绣儿识得乃其父所制辟火机关。金针破焰引雷，贼船尽焚。
凯旋归杭途中，桑娘于残盘夹层得父亲绝笔：“宝钞弊根不在工艺，在人心贪渎。”更惊见账目暗指宫中贵妃涉案。此时绣儿突然发难，匕首直指桑娘：“姐姐莫怪，冯公于我苏家有灭门之仇！”原来她早知贵妃乃冯保义女，欲借桑娘之手复仇。
三方对峙时，钦差叶宗行持圣旨驾到。这位“水利御史”竟亮出都察院左都御史身份，冷笑：“尔等可知杭州湾潮灾实为人祸？”遂展图纸：冯保为私开银矿，竟改钱塘江堤走向！叶公指向江心：“伪钞白银多来自此处私矿。”
众人夜探银矿，骇见矿工皆黥面囚徒。桑娘认出几个竟是失踪的户部官员！突闻爆炸声起，冯保亲信欲炸矿灭口。陆仲渊护众官突围时身陷火海，桑娘返身相救，二人双手交握处，乌木算盘残珠突然聚成太极图，引地下水倒灌灭火。
冯保事败自焚前，嘶吼出惊天之秘：原来皇上早知宝钞弊政，意在引蛇出洞整顿金融。秦主事之死实为苦肉计，今圣驾已密临杭州！大帐揭开，永乐帝朱棣拂袖而出，指桑娘怀中算盘：“此物乃朕与你父手制，内藏新钞图样。”
原来秦砚卿未死，正从诏狱暗格走出。父女重逢时，皇帝亲手拼合算盘，十八珠变作三十六天罡星图：“朕欲革宝钞弊政，铸银元通四海。秦卿可愿领户部侍郎，督造新币？”桑娘却叩首：“臣女乞开女户，许女子掌账经商。”
圣旨颁下那日，杭州城开设大明首间女子银号。门匾“珠玑阁”乃皇帝亲题，楹联暗藏玄机：“五湖舟楫算来总是民生泪，四海金珠数去无非汗血钱。”开业当天，绣儿奉上苏家祖传鎏金算盘：“姐姐莫忘天下尚有女子囿于深闺。”
桑娘遂设女账房学堂，首课那日忽见台下坐着微服皇帝。朱棣笑指陆仲渊：“金吾卫指挥使该归位了。”却见陆将军解官印置于算盘上：“臣愿为珠玑阁大掌柜，为陛下数天下财富。”皇帝大笑，竟赐婚旨：“朕早备好双喜算盘作贺仪！”
大婚之夜，二人共执乌木算盘清查国库。至三更时分，算珠忽自行跳跃，现出前元暗账。顺藤摸瓜竟查出靖难遗臣私设海外金库！桑娘孕中仍率船队出海，于吕宋岛起获白银三百万两。归航时飓风阻路，她以算盘测星位，竟开辟新航路直抵天津卫。
永乐驾崩那年，珠玑阁分号已遍及十三省。桑娘携子往南京述职，于长江遇袭。刺客刀锋及颈时，孩儿怀中玩具算盘突化盾牌——原是陆仲渊以玄铁重铸信物。纠缠间扯开刺客面纱，竟是当年诏狱狱卒！供出惊人内幕：秦父当年假死实为查建文余党。
洪熙元年元夕，桑娘接密旨入宫。仁宗朱高炽病榻前展开《天下银流图》，叹道：“朕欲革宝钞，然权贵掣肘。珠玑阁可愿接皇商身份？”桑娘却献上乌木算盘：“臣妇愿以商制政，使白银流通如血脉。”
此后十年，珠玑阁暗中构建大明金融网。陆仲渊训练“算珠卫”，以商队护卫之名行监察之实。至宣德年间，民间竟“不知宝钞，只认珠玑票”。忽有倭寇连环劫银车，桑娘亲往沿海查访。于舟山岛重逢当年海寇遗孤，现已成为市舶司翻译的少年泣曰：“倭刀背后实有晋商指使！”
晋商八大家联合发难，指控珠玑阁操纵银价。桑娘公堂之上取出百年账册，珠算声彻夜不绝，竟将晋商走私军械的暗账悉数揭破。末了轻拨最后一珠：“诸公可知洪武三十年海禁真相？”满座骇然中，屏风后转出三杨内阁，叹服：“夫人真乃大明管仲！”
正统七年，桑娘寿终正寝。送葬队伍行至钱塘江畔，忽见江心升起三十六座银山——正是当年私矿所在。空中现出巨幅珠玑票虚影，上书“通四海利民生”。自此商船过此必抛银币祭江，称“珠玑潮”。
其孙陆知白后来官至户部尚书，改革税制时总见祖母虚影拨算盘。某日国库对账缺银三万，夜梦桑娘笑指梁上。果在正梁暗格寻得前朝金砖，恰好补平亏空。梁上刻字墨迹犹新：“量天下财富，须存仁心一寸。”
这正是：
乌木算珠溯冤深，金陵王气暗中参。
珠玑阁启风云变，银海潮平日月新。
岂道红颜终误国？偏教素手重铨衡。
江心犹见秦时月，曾照桑娘夜算星。