登陆仪式结束后，在郑芝龙派出的军队护卫以及西海省归化官员的协助下，北孔“绍圣”一脉和庞大的僧团迅速行动起来，开始在这片陌生的土地上扎根。
僧团以长崎为最初的基地和指挥中心，在慧明大师的统筹下，迅速向九州岛乃至本州岛西部辐射。
僧人们或修复当地因战乱而荒废的原有寺院（如临济宗、曹洞宗的某些寺庙），或择风水吉地，破土动工，新建具有大明风格的寺庙。他们带来的不仅是精深佛法，还有实实在在的医术（随行僧侣中不乏精通岐黄之术者）、更先进的农业技术（指导选种、施肥、水利）以及一些实用的手工艺。讲经说法、施医赠药、帮助垦荒生产，这些切实的善举，很快赢得了大量底层百姓的好感与拥护。
一座座新建或修复的寺庙，如“长崎大明护国寺”、“博多东渡禅院”、“福冈慈光寺”等，开始成为当地崭新的精神地标和物质援助中心，香火日渐鼎盛。
北孔“绍圣”一脉则在孔闻启和孔闻哲的带领下，于长崎城内选择了一处宽敞僻静的院落，暂设为“绍圣公府行辕”，并立即开始筹划建立正式的府邸以及第一所“大明东瀛儒学学堂”。
孔闻启虽内心仍有抵触，但碍于使命和家族期望，倒也兢兢业业，处理各项事务一丝不苟。而孔闻哲则热情高涨，亲自参与学堂的规划设计，草拟招生章程，主动与当地归顺的贵族、富商接触，招收其子弟入学，并从《三字经》、《百家姓》、《千字文》等蒙学读物教起，逐步过渡到四书五经，大力推广汉语汉文。孔氏带来的那套严谨的礼仪规范、尊卑秩序，也开始对当地的上层社会产生潜移默化的影响。
然而，文化的扎根过程，注定不会一帆风顺。旧势力的反扑，很快便以血腥的方式展现。
一日深夜，位于长崎城外一处山坳、正在日夜赶工的“东渡禅院”建筑工地。大部分僧人和工匠已经歇息，只有寥寥数名值夜僧人巡视，以及夜风吹拂木材发出的轻微呜咽声。
突然，数条黑影如同真正的鬼魅，利用阴影和风声的掩护，悄无声息地翻过简陋的围栏，潜入工地内部。他们动作迅捷，训练有素，正是风魔小太郎派出的精锐忍者！
他们的目标明确——焚烧堆放在工地西侧，那些刚刚从大明运来的、用于雕刻佛像和制作梁柱的珍贵檀木和楠木！一旦得手，不仅损失巨大，更将严重打击僧团的士气和大明的威望。一名忍者头目打了个手势，几名手下立刻掏出火折子和装有火油的小皮囊，迅速靠近木料堆……
“阿弥陀佛！”
就在火折子即将点燃浸满火油的引信那一刻，一声沉浑厚重、仿佛能穿透耳膜直抵心灵的佛号，骤然在寂静的工地中央响起！只见本应在禅房休息的慧明大师，不知何时已如松柏般屹立在月光之下，他手持锡杖，白须无风自动，平日里慈和的目光此刻如冷电般扫向忍者潜藏的方向。
与此同时，周围看似空无一物的阴影中，猛地闪出十几名手持齐眉棍、身形矫健的武僧！他们目光锐利，步伐沉稳，瞬间结成棍阵，将几名试图纵火的忍者包围起来！原来，慧明大师阅历丰富，深知弘法大业必遇魔障，早已暗中安排了白马寺的棍僧，日夜轮流，暗中警戒。
“尔等宵小，心术不正，安敢毁我佛门清净道场，阻挠普度众生之善业！”慧明大师声若洪钟，在夜空中回荡。
忍者们大惊失色，他们自诩潜行术高明，竟被如此轻易识破。但这些人毕竟是训练有素的死士，反应极快，立刻分散开来，同时发射淬毒的手里剑和烟雾弹，试图扰乱视线，趁乱撤离。
“结阵！休放走一人！”为首的白马寺棍僧教头惠能大师大喝一声。
顿时，棍影翻飞，呼啸生风！武僧们配合默契，棍法刚猛凌厉，又隐含佛法慈悲（只伤不杀），瞬间便将几名动作稍慢的忍者打翻在地，捆缚起来。然而，那风魔小太郎和两名身手最好的上忍，确实诡异非常，竟在烟雾和棍影的缝隙中，以不可思议的角度和身法，如同壁虎游墙般脱出包围圈，虽各自带伤，却成功遁入后方漆黑的密林，消失不见。
这次未遂的纵火破坏，虽然被成功挫败，擒获数名俘虏，却也给原本沉浸在初步成功喜悦中的大明队伍敲响了警钟。郑芝龙闻报后，亲至现场查看，脸色阴沉得能滴出水来。
“好胆！竟敢在本侯眼皮底下行此龌龊之事！”他冷哼一声，随即下令，“传令！各驻地、工地、学堂，警戒级别提升至最高！加派双倍明暗哨，巡逻队增加频次！给本侯严加审讯那几个俘虏，务必撬开他们的嘴，查出幕后主使及巢穴所在！”
就在郑芝龙全力追查忍者袭击事件之际，新任的西海省巡抚陆梦龙，在一队精锐骑兵的护卫下，风尘仆仆地抵达了长崎。
陆梦龙年约五旬，面容清癯，三缕长须，目光中透着精明与干练。他出身翰林，曾在地方任知府、按察使，以善于理政、明察秋毫着称，是天启皇帝和内阁精心挑选出来，治理这新辟海疆、协调各方关系的能臣。
郑芝龙、慧明大师、孔闻启等主要人物齐聚临时巡抚行辕，为陆梦龙接风，并汇报近期情况。
“陆抚台一路辛苦。”郑芝龙抱拳道，“眼下情形，想必抚台已有耳闻。宵小之辈，暗中作乱，虽未成大患，却如蚊蝇扰人，烦不胜烦。”
陆梦龙抚须沉吟，缓缓道：“本官在路上已听闻此事。侯爷雷厉风行，加强戒备，自是应当。然，敌暗我明，被动防守，终非长久之计。这些逆党隐匿民间，或藏身山林，若不能将其主力诱出，一举歼灭，则防不胜防，我等推行教化、建设地方之举，必将处处掣肘。”
慧明大师双掌合十，口诵佛号：“阿弥陀佛。陆施主所言甚是。魔障不除，佛法难行。只是妄动无明，徒增杀孽，亦非我佛门所愿。”
孔闻启也开口道：“陆抚台，如今学堂初立，士子心绪未稳，若治安不靖，恐生退意。”
陆梦龙目光扫过众人，眼中闪过一丝智珠在握的光芒：“诸位，本官有一计，或可奏效。此计名曰——欲擒故纵，引蛇出洞。”
他详细解释道：“我等可故意放出消息，假称欲在九州内陆，一处地势险要、名为‘幽谷’之地，修建一座规模宏大的‘镇国寺’，以镇压东瀛戾气，护佑大明国运。并称，将有来自金陵大报恩寺的佛骨舍利，以及陛下特赐的大量金银、珍宝、经卷，于某月某日，由一支看似护卫力量不算太强的队伍运抵该处。”
郑芝龙眼睛一亮：“抚台的意思是……以此为诱饵，引那些逆贼前来劫掠，我等则预设埋伏，聚而歼之？”
“正是！”陆梦龙点头，“此计关键在于，消息要放得逼真，路线要选得巧妙，埋伏要设得隐蔽。要让对方觉得，这是一个千载难逢，既能重创我等声望，又能获取巨额资财的良机。”
郑芝龙抚掌大笑：“妙！此事交由本侯来办！定叫那些贼子有来无回！”
慧明大师沉吟片刻，道：“老衲可派座下武僧，混入护送队伍，以备近战之需。”
孔闻启也道：“我孔氏虽不谙兵事，但可协助稳定后方，安抚民众，以免消息泄露。”