黑水峪军营之行，如同揭开了一个潘多拉魔盒。林闻溪在其中目睹的惨状远超想象：近三分之一的士兵出现类似症状，军医束手无策，缺医少药，绝望和恐惧弥漫。他凭借过人的胆识和医术，迅速采取了最严格的隔离措施，指导军医使用有限的药品进行对症支持，并亲自用针灸和重剂汤药尝试稳住几名重症患者的病情。更重要的是，他小心翼翼地采集了病人血液、呕吐物及军营水源、可疑鼠类尸体的样本——这些，都是未来指控日寇罪行和研究应对方案的关键证据。
然而，军营的情况已非他一人一力所能挽回。留下初步处理方案和预防药方后，林闻溪怀着沉重的心情，带着珍贵的样本，连夜返回渭北县城。他知道，源头虽初步查明，但疫情已然外溢，必须立刻在更大范围内构建起有效的防疫网络。而这一切的核心，便是那个尚在雏形中的“联合诊所”。
阻力与契机并存。 军营疫情的爆发，像一场突如其来的寒流，反而冻僵了某些官僚的推诿之心。刘县长再也无法置身事外，上方接连的问责电话和疫情可能扩散至全县的恐惧，让他不得不硬着头皮找到林闻溪，表示要“全力支持防疫”。钱院长虽然依旧嘴硬，但面对军队传来的疫情和县长的压力，也不敢再明目张胆地阻挠，只是阴阳怪气地表示“拭目以待”。
林闻溪抓住这个机会，借力打力。他不再请求，而是以“陕西省战时中西医结合防疫实验所”负责人的名义，直接向县政府提出了明确的“联合防疫”方案：
1. 整合人员： 要求县卫生院必须派出医生、护士，轮流到实验所参与防疫值班，接受统一调度。
2. 统一物资： 实验所牵头，对全县药材铺的防疫相关药材进行登记、质量抽检，并制定建议售价，平抑物价，防止囤积居奇。
3. 建立网络： 以实验所为核心，在各大村镇设立防疫点，由实验所培训后的本地郎中和招募的志愿人员负责，初步形成信息上报和初步筛查网络。
方案条理清晰，责任明确，刘县长骑虎难下，只得签字批准。钱院长气得跳脚，却也无计可施。
“联合”的真正含义。 硬件上的整合只是第一步，真正的挑战在于人心与技术的融合。林闻溪深知这一点。 他亲自坐镇诊所，每遇到疑难病例，必召集中西医共同会诊。起初，卫生院的西医们抱着看笑话的心态，但当他们看到唐老先生仅凭舌苔脉象便能推断出病人体内复杂的病理变化，当薛师傅用巧妙的正骨手法让一位脱臼的壮汉瞬间复位免于痛苦，当他们看到林闻溪将西医的生理病理知识与中医的辨证论治完美结合，开出令人拍案叫绝的方子时，轻视之心渐去，好奇与敬佩之意暗生。 林闻溪又组织起每晚的“业务研讨会”，不限中西，只论病例。他鼓励西医讲解细菌、解剖知识，也请唐老先生阐述经方妙用。起初只是枯燥的各说各话，但在林闻溪有意的引导和追问下（“唐老，您看这个炎症反应，从气血角度如何解释？”“张医生，如果用西药退烧的同时，配合中药扶正固本，是否效果更佳？”），隔阂的冰层开始慢慢消融。共同的敌人——疾病和疫情，成为了最好的粘合剂。
初显成效。 联合的力量逐渐显现。当黑水峪军营的疫情消息传来，实验所第一时间做出了反应。由唐老先生主导，根据林闻溪带回的信息调整了预防汤药的配方，加大清热解毒之力，通过新建的防疫网络迅速下发至各点。同时，西医负责的消毒隔离规范也被严格执行。 县城及周边出现的几例散发病例，被迅速识别、隔离。得益于中西医结合的治疗（西医支持，中医主导解毒），除最初那位连长病情过重不幸殉国外，后续病例均得到了有效控制，无一死亡！这个消息，如同黑暗中的一盏明灯，极大地鼓舞了民心，也震撼了那些原本冷眼旁观者。
废弃的祠堂不再冷清。求医问药的百姓排起了长队，不仅有穷苦人，也开始出现一些衣着体面的乡绅家眷。药柜里的药材按照新的规范摆放得整整齐齐，熬药的火炉日夜不息。门口那块“陕西省战时中西医结合防疫实验所”的牌子，似乎也褪去了最初的孤寂，多了几分沉甸甸的份量。
这一晚，研讨会结束后，林闻溪独自一人留在诊所。他翻阅着近日的病案记录，看着上面中西医共同的签名和讨论意见，疲惫的脸上终于露出一丝欣慰的笑容。
联合诊所，历经冷眼、刁难与疫情的考验，终于不再是纸面上的蓝图，而是在这黄土高原上，扎下了虽浅却顽强的根。
然而，他目光扫过窗外漆黑的夜空，心中那根弦依旧紧绷。黑水峪的源头虽被暂时控制，但敌人既已出手，绝不会就此罢休。样本亟待分析，更大的风暴，或许正在酝酿之中。
诊所初建成，却远未到高枕无忧之时。
第十二章终。