新城队员驾驶着搭载新麦克斯系统的白雪号，进行第三次宇宙测试。临行前，他特意拜托大古陪妹妹真由美和她的未婚夫青木拓摩去看当红歌手克里斯·玛雅的演唱会，名义上是“监督”，实则是想缓和关系。
然而，由于大古迟到，三人错过了演唱会，只看到场外狂热的歌迷。连崛井也是玛雅的忠实粉丝，为此还埋怨了大古一番。
丽娜在基地分析道：“克里斯·玛雅受欢迎的程度超乎寻常，几乎形成了一种宗教般的狂热，这种现象很不寻常。”
与此同时，宇宙中的新城在测试中突然听到一段奇异的、如同音乐般的声波，随后被一道神秘光束击中，白雪号失控飘向外太空，基地警报大作，虽然后来运输机在山谷找到了坠毁的战机和昏迷的新城，但事件充满疑点。
在tpc病房，真由美担忧地看着昏迷的哥哥。宗方副队长带来黑匣子分析结果，其中有一段奇怪的声波。
当播放这段声波时，新城竟奇迹般苏醒，但他的言行变得古怪，仿佛失去了部分记忆，甚至问出“地球是否还在战争中”这样的问题。
大古前来探望，送上掘井托他带来的玛雅cd。苏小蕊顾问却拉住了准备离开的大古，目光锐利地看向病床上的“新城”，直接问道：“你其实是玛雅的哥哥，对吧？”
“新城”沉默了片刻，终于承认：“是的。”
就在这时，tpc监测到有不明宇宙飞行物突破三角洲宇宙站防线，逼近地球！大古和崛井立刻驾驶飞燕一号出击，并成功将来袭的飞船那坦星人的先遣侦察艇击落，但逃脱的外星人开始袭击地面人员。
苏小蕊对“新城”说：“大古刚刚出发是检测到了那坦星人追来了，你认亲之后打算怎么办？带着玛雅离开宇宙漂泊？”
“新城”苦涩地说：“我只想带她离开这是非之地。”
苏小蕊摇摇头：“离开？宇宙茫茫，哪里比得上地球安全？至少这里有光之巨人，有迪迦，有阿基雷斯，不如留下来，陪在你妹妹身边。我可以帮你解决身份问题。”
这时，真由美走进病房关心哥哥。“新城”一反常态地温和回应，让真由美十分惊讶，这段时间哥哥因为拓摩的事和她说话总带着点子别扭。
苏小蕊顺势说：“我们联系上了克里斯·玛雅，你哥想去给你弄个亲笔签名当补偿。” 真由美立刻被转移了注意力，兴奋地催促他们快去。
在电视台外，苏小蕊和“新城”找到了玛雅。当“新城”用心灵感应呼唤妹妹时，玛雅震惊地跑来相认。
兄妹二人沉浸在重逢的喜悦中，诉说着遥远的记忆。苏小蕊则淡定地拿出早就准备好的本子，成功要到了玛雅的签名。
大古和真由美这时找到了他们，正想上前。却被真由美拦住了。
真由美：“就让他们在那儿聊一会儿吧。你看他们两个是那么开心。”
最主要的是她看到了苏小蕊要到签名了。
苏姐，你是我的神！
玛雅甩开了找来的经纪人，和众人来到15年前玛雅“车祸”发生的地点，玛雅向大古揭示了真相：她本是外星人，15年前因飞船事故，意识附身于一位濒死的地球少女身上，而那位少女的梦想就是成为歌手。
真由美忍不住哭了出来，她没想到偶像居然这么惨，她刚想质问这个用着自己哥哥身体的外星人，大古就开口了。
大古问新城：“你为什么等了15年才来接玛雅？”
新城：“我本来打算马上来接她的。可是，我办不到。”
大古：“办不到？”
新城：“本来和我们很要好的那坦星，突然来侵略我们的星球。我母亲被杀了，而我逃走了。”
“新城”解释了他们作为逃亡者的处境，打算寻找新家园重新开始。但大古指出：“你们已经没有可以回去的星球了，不是吗？”
就在这时，那坦星人追兵出现，宣称为了“那坦星的正义”，要处决所有逃亡者。那坦星人嚣张地攻击，却被苏小蕊轻松挡下所有能量射线。
恼羞成怒的那坦星人巨大化，大古立刻变身迪迦奥特曼迎战。在迪迦强大的力量面前，那坦星人毫无胜算，被迅速击败。
面对现实，“新城”在苏小蕊和真由美的劝说和妹妹期盼的目光下，最终同意留在地球。
同时来之前苏小蕊就联系了崛井和野瑞准备一具身体给外星人用，所以在tpc实验室，由野瑞和崛井主导，利用生物技术和之前研究的部分成果，准备了一具精心培育的、无意识的克隆躯体。
附身于新城的外星人意识，在苏小蕊的引导下，安全地转移到了这具新身体中，真正以人类的形态拥抱了妹妹玛雅。
而真正的新城队员意识回归，他恍惚地看着周围：“我回来了？我好像做了一个很长的梦。”
在克里斯·玛雅的一场特别演唱会上，她对着满场歌迷动情地说：“有一首歌，包含了我所有的记忆，我想把它送给我一生中最重要的人。”
她演唱了那首《蓝色夜晚的记忆》。
“想就此安静地沉睡……这份温暖始终如一\/如今独自沉浸于遥远的记忆\/你的声音我能听见\/终将归去\/在那星布满空的夜晚……”
歌声悠扬，蕴含着跨越光年的思念与释然。台下，玛雅真正的哥哥坐在她预留的VIp座位上，穿着得体的地球服饰，眼中含着泪光，微笑着望着舞台上光芒四射的妹妹。他们失去了遥远的故乡，却在地球上找到了新的家园与亲情。
而新城队员，也恢复了往日的精神，与妹妹真由美和拓摩的关系真正走向了和谐。
几天后，天色渐亮，朝阳的光芒驱散了夜的阴影。动物饲养员山本先生和GUtS队员们小心翼翼地进入那栋废弃的建筑物进行搜索。
“在这里！”丽娜队员轻柔的声音从角落传来。众人循声望去，只见在墙角一堆软布上，蜷缩着一只小动物。
它的大小变得只比一只普通的家猫稍大一些，皮毛呈现出一种因变异而产生的奇特金属光泽，但眼神却褪去了狂暴，只剩下惊恐和茫然，正微微颤抖着。
“好可爱啊……”丽娜忍不住蹲下身，想靠近又怕惊扰到它，眼中充满了怜爱，“真的变得这么小了。”
宗方副队长观察着现场，分析道：“看来，迪迦奥特曼不仅仅是把它变小了。他是用某种特殊的光线，将其全身的细胞结构按等比例进行了微观层面的缩小。这是一种难以置信的生物工程技术。”
掘井队员推了推眼镜，脸上写满了惊叹：“不仅仅是缩小，还维持了生命活性，这简直跟上帝一样无所不能啊！”
宗方闻言，若有所思地看了一眼旁边正在检查环境的大古，语气带着一丝难得的调侃：“上帝？如果迪迦真的拥有如上帝般洞察人心的能力，那么他能看穿我们某位队员一直怀揣着的、想要拯救每一个生命的心，也就不是什么奇怪的事情了。”
他的目光意有所指地扫过丽娜。
众人立刻会意，纷纷带着善意的笑容看向大古。大古顿时闹了个大红脸，只能尴尬地假装专注检查墙壁，心里嘀咕：“说的是迪迦又不是我，不过，丽娜她…” 想到丽娜那份纯净的善良，他的脸颊更热了。
玩笑过后，现实问题摆在面前。掘井问道：“虽然它现在变小了，没有威胁了，但我们该怎么安置它呢？它毕竟是因为人类丢弃的废弃物才变成这样的。”
新城抱着胳膊，带着惯有的谨慎说：“丽娜，别忘了它之前可是个巨大的怪兽，破坏力不小。直接当宠物养会不会太冒险了？”
大古却站出来，语气坚定地为这个小生命辩护：“它不是怪兽，新城队员。它原本只是一种生活在底下的动物，是莫古拉鼠。是人类的环境污染让它变成了那样。
现在它已经恢复了原本的大小，甚至更小，失去了破坏力。我们应该为它造成的麻烦负责，而不是简单地处置它。”
这时，一同前来的资深动物饲养员山本先生走上前，他看着角落里那只紧张的小动物，眼中流露出专业的热爱和温柔：“请把它交给我吧。没有一个真正的饲养员是不爱动物的。
我会为它提供一个安全、合适的栖息地，好好照顾它，也会持续观察它的健康状况。”
“太好了！”丽娜高兴地说，然后想了想，“我们给它起个名字吧？老是叫它怪兽太可怜了。”
崛井立刻发挥他的“起名天赋”：“根据它的原种和变异特性，叫它‘莫拉特’怎么样？听起来很有科学感！”
丽娜却皱了下眉：“莫拉特？听起来还是有点像怪兽的名字呢。”她看向那只正被山本先生用温和眼神安抚的小动物，微笑道：“不如叫它‘小莫拉’吧？更亲切一点。”
“小莫拉…不错，很合适。”大古表示赞同。其他人也纷纷点头。
山本先生笑着拿出早就准备好的奶瓶，里面是温热的特制牛奶。他慢慢地、极其轻柔地靠近小莫拉，用平和的声音说：“好了，小莫拉，没事了，危险都过去了。来，饿了吧？我带你牛奶来了……”
起初，小莫拉还有些退缩，但在山本先生耐心而专业的安抚下，它渐渐放松下来，小心翼翼地嗅了嗅奶瓶，最终开始小口地吮吸起来。
看着这温馨的一幕，GUtS队员们相视一笑。这次事件，没有毁灭，只有拯救和新生。迪迦的光，不仅化解了危机，更守护了一个无辜的生命，也再次印证了守护生命多样性的意义。