文官集团的首次发难，被一场震撼的“显微镜实验”彻底击溃。方孝孺等人灰头土脸，短时间内再也无力从“道义”层面挑战林奇的权威和防疫新政。朱元璋借势强力推动，喝开水、讲卫生的风气以金陵为中心，迅速向周边州府扩散。
然而，帝国的隐患远不止于此。就在显微镜风波平息后不久，一份来自凤阳老家的八百里加急奏报，再次让朱元璋的脸色阴沉下来。
“痘疮（天花）？！”乾清宫内，朱元璋捏着奏报，手指因用力而微微发白。奏报上言，凤阳府下辖一县爆发痘疮，已蔓延数个村落，死者上百，民心惶惶，地方官请求朝廷支援医官和药材。
天花，这个盘旋在整个中世纪人类头顶的死亡阴影，同样是大明王朝挥之不去的噩梦。每次爆发，都意味着十不存一的恐怖死亡率以及大量的麻脸幸存者。即便是皇宫大内，对此也谈之色变，除了隔离和祈求上天，几乎别无他法。
朱元璋立刻召来了太医院院判和李太医等人商议。
李院判等人听闻是天花，也是面色发白，颤声回奏：“陛下，痘疮乃天行疠气，凶猛无比……唯有……唯有尽快封锁疫区，严禁人员进出，焚烧病死者衣物居所，再辅以清热败毒之汤药……能否活命，全看个人造化与天意了……”
又是这一套！隔离，用药，听天由命！
朱元璋烦躁地挥挥手，让这群束手无策的太医退下。他深知，这套办法效果有限，而且封锁疫区往往意味着……变相的放弃！这让他这个从底层爬上来的皇帝感到一阵无力和愤怒。
“蒋瓛，去请林先生来。”几乎是下意识的，朱元璋将希望寄托在了那个总能创造奇迹的年轻人身上。
林奇很快到来，看完了奏报，心中已然有数。天花，在这个时代确实是绝症，但对于来自现代的他来说，却有一件足以扭转乾坤的武器——疫苗！虽然他没有现代牛痘疫苗，但人痘接种法，在这个时代的中国并非毫无记载，只是极为原始、风险极高且秘而不传！
而这，正是他的机会！一个能拯救无数生命，更能将“预防医学”理念深深植入这个时代的机会！
“陛下，痘疮虽凶，却并非无解。”林奇开口，语惊四座。
朱元璋猛地抬头，眼中爆发出骇人的精光：“你有法子？！”
“确有一法，名为‘人痘接种术’。”林奇沉声道，“乃取痘疮痊愈者疮痂所制之‘痘苗’，接种于健康之人鼻内或皮肤之下，可引其发出轻微痘疮，之后便终身对此恶疾免疫，再不会感染！”
“接种？免疫？”朱元璋听得似懂非懂，但“终身免疫”四个字却如同惊雷在他脑中炸响！“此言当真？！果真能终身免疫？！”
“草民愿以性命担保！”林奇语气斩钉截铁，“此法在海外某些国度已沿用百年，成效卓着！然……”
他话锋一转：“然此法亦有风险。痘苗毒性强弱、接种者体质强弱，皆会影响结果。若操作不当或痘苗毒性过强，接种者亦可能因此重病甚至死亡。故需精益求精，筛选弱毒痘苗，规范操作，方可大幅降低风险，利远大于弊！”
风险与收益并存！朱元璋瞬间就明白了关键。与天花那恐怖的死亡率相比，这接种术哪怕有一两成的风险，也值得一试！尤其是对于皇室和军队这种需要保持人口稳定的群体而言，意义非凡！
“好！咱信你！”朱元璋一拍桌案，毫不迟疑，“需要什么？咱全力支持！”
“首先，需立刻派得力人手，前往疫区，寻找症状轻微、顺利痊愈的痘疮患者，取其疮痂，火速送回！此乃制作痘苗之源！”
“其次，需在京城外寻一僻静宽敞之处，设立‘种痘局’，专司此事。所有人员必须严格隔离，进出需用烈酒沐浴更衣，防止疫病扩散！”
“其三，请陛下下旨，招募自愿试种者……或许，可从死囚或家中已有感染风险者开始……”林奇提出了一个冷峻却现实的办法。
“准！全都准！”朱元璋雷厉风行，“蒋瓛，立刻派锦衣卫精干人手，八百里加急奔赴凤阳，按林先生的要求搜集痘苗！工部，立刻在京郊选址筹建种痘局！刑部，提供死囚名册！”
帝国的机器再次为林奇的想法高速运转起来。
消息传出，再次朝野哗然！
主动把痘疮的毒引入体内？！这林供奉是疯了不成？！这简直是找死！还要用死囚试种？有伤天和！
就连刚刚被压下去的方孝孺等人，也忍不住再次上书，言辞恳切（甚至悲愤）地劝谏皇帝切勿行此险着，称此乃“以毒攻毒，祸患无穷”，违背上天好生之德。
但这一次，朱元璋的态度异常坚决。显微镜带来的信任加成，以及天花本身的恐怖，让他选择了毫无保留地支持林奇。所有劝谏的奏疏，都被他留中不发，或者直接批个“知道了”便扔到一边。
十日后，第一批来自凤阳的痘痂被锦衣卫星夜兼程送回。林奇立刻投入工作，在临时划出的隔离区域内，带领着几名胆战心惊却被严格命令必须服从的太医，开始按照他记忆中的方法，研磨痘痂，混合微量樟脑冰片（起到一定的减毒和防腐作用），用高温蒸汽处理过的细棉签小心蘸取，制备成最初的“痘苗”。
第一批试种者，是二十名身体状况尚可的死囚。接种过程很简单，林奇用特制的银制小管，将少许痘苗吹入他们的鼻腔黏膜。
接下来的几天，是漫长的等待和煎熬。隔离区内气氛紧张到了极点。那二十名死囚被分别隔离观察，每日都有太医（穿着林奇要求的、用沸水煮过、烈酒喷过的罩衣）记录他们的体温和症状。
第三天开始，陆续有人开始出现发热、鼻塞、轻微出疹的症状。林奇仔细检查着每一个人的情况，根据症状轻重，调整汤药（主要是清热解表的方子）进行辅助。
方孝孺等人几乎每日都在宫外请求觐见，打听着里面的消息，随时准备着一旦出现大规模死亡，就进行更激烈的“死谏”。
然而，奇迹发生了。
绝大部分死囚，在经历了数日类似轻微感冒的症状后，热度逐渐消退，身上的疹子也慢慢结痂脱落，并未发展成恐怖的天花脓疱！只有两人因本身体质极差，出现了较高热，但在林奇针对性用药后，也转危为安。
半个月后，二十名死囚，全部存活！并且顺利度过了反应期！
为了验证效果，林奇做出了一个更大胆的决定——他请求朱元璋，将其中十名康复的死囚，送入仍有天花病人隔离的村庄！（当然，是隔着足够远的距离，并承诺事成后赦免他们的死罪）
结果再次令人震惊！那十名死囚在疫区边缘生活了十余日，与病患隔空相望，却无一人再次感染天花！
人痘接种法，成功了！
消息传回，朱元璋欣喜若狂！立刻下令赦免了所有参与实验的死囚，并赐下金银。
这一次，再无人能提出质疑。铁一般的事实，粉碎了所有的反对声浪。方孝孺等人看着那些活蹦乱跳、甚至因祸得福获得自由的“实验品”，彻底哑口无言，只能将满心的震撼和无法理解埋藏心底。
“种痘局”立刻开始大规模运作起来。首先接种的是京营的将士们，随后是顺天府的官吏及其家眷。一开始民间尚有疑虑，但当他们看到官兵和官老爷们都争先恐后地去种痘，并且真的没人再得天花了之后，巨大的需求瞬间被引爆！每天，京郊种痘局外都排起长长的队伍！
林奇之名，不再仅仅是“神医”，更成为了“活菩萨”、“万家生佛”的代名词！他的声望，在民间达到了一个前所未有的高度。
这一日，朱元璋亲自视察种痘局后，将林奇召至身边，看着远处络绎不绝的百姓，感慨道：“林奇，你此法，活人无数，功德无量！咱要重重赏你！说吧，想要什么？”
林奇却再次躬身：“陛下，草民别无他求。若陛下允准，草民倒有一请。”
“讲！”
“人痘接种，虽有效，然仍有风险。草民设想，或可寻那牛畜所生之类似痘疮（牛痘），其毒性更弱，接种于人，反应更轻微，几无风险，免疫效果却相同！若能寻得，则天下万民，皆可无忧矣！草民恳请陛下下旨，令各地留心上报此类病牛，或可彻底解决此千年恶疾！”
牛痘！朱元璋眼中精光爆闪！还有更安全的方法？！
“好！咱立刻下旨！若能成，林奇，你便是真正的万家生佛！”老皇帝激动不已。