虽然已经做好了准备，可是马士英却没有想到，一上来就遇到了阻力。
其实对于拥立新皇登基的问题，在南京的官员几乎都没有任何异议，然而对于拥立何人却是产生了很大的矛盾。
废礼部侍郎钱谦益主张拥立潞王朱常淓，支持这一主张的人也不少，包括南京兵部右侍郎兼礼部事吕大器、右都御史张慎言、詹事掌南京翰林院事姜曰广等人，礼部对于商讨哪个有资格当皇帝本来就拥有天然的优势，再加上那些御史言官、翰林院等机构官员的支持，可以说是声势浩大，气势汹汹。
马士英不慌不忙，提出来应该由福王朱由崧即位，他的理由很简单，福王的父亲老福王朱常洵是光宗朱常洛的亲弟弟，是大行皇帝的亲堂兄，按照血缘亲疏来论，在宗室之中再没有任何人比福王与大行皇帝的血缘更近了，而潞王是神宗的侄子，论血缘要疏远得多了，而且从辈分上来讲，是大行皇帝的叔叔辈，继承皇位也不合适。
可是他的提议却遭到了激烈的反对，钱谦益等人说，福王有七大缺点:贪、淫、酗酒、不孝、虐待下属、不读书、干预官吏。而潞王朱常淓是神宗的侄儿，贤良而且聪明，应当立他为君。
马士英听了这话气的都想吐血，让叔叔继承侄子的位子，这也亏得这帮老家伙能够想得出来，一旦让潞王继承，后面的天启、崇祯两个皇帝该怎么办？以后排位的话是排在他的后面还是前面？虽然大明有叔叔即位的先例，也就是太宗文皇帝朱棣，可最关键的是，人家朱棣压根儿就不承认朱允炆是皇帝，难道这也要学朱棣，一旦潞王即位，就不承认天启和崇祯？
后来一想，马士英才知道，原来钱谦益等人也并不是非要拥立潞王，只要新皇帝不是福王就行，因为他们怕福王在即位之后对“妖书”、“梃击”、“红丸”等事翻案，借此打击报复东林党。
不过马士英也不是一般人，他很快想到了一个主意，立刻联系刘孔照、朱国弼、黄得功、刘泽清等将领，直接带着兵，簇拥着福王前往扬州府仪真县。
仪真是史可法的驻地，他见事情已经成了定局，无可奈何之下只能前去迎接。
这样一来拥立福王的事情就成了板上钉钉的事情了，马士英决定趁热打铁，促成此事，与此同时为了保证凤阳的稳定，抓牢兵权，马士英决定让史可法随着福王前往南京，而他则亲自率军坐镇凤阳。
随后发生的事情就很顺利了，在这中间虽然经过了一些波折与争吵，然而福王监国的事情已经完全定下来了。
然而在讨论内阁人选的时候又发生了一场冲突，史可法等东林党人经过一番商讨，决定推举史可法、高弘图和姜曰广为阁臣。
这一点引起了刘孔照的愤怒，他本来就与马士英父子交好，又深深知道拥立福王的内幕，可以说这几个人都是反对拥立福王的，而促成此事的马士英并不居功，甘愿率兵镇守凤阳，像这样的人反而不能入阁，东林党实在是欺人太甚。
于是刘孔照闯进了大殿，挥舞着拳头抗议，提议让马士英入阁。
史可法本身就有些理亏，而且知道马士英手握重兵，于是提出以马鸣风的老师是复社成员，马士英曾经为张溥千里奔波，这父子两个也勉强算是东林成员，与高弘图和姜曰广简单商议之后，决定允许马士英入阁，拜为东阁大学士兼都察院右都御使，仍然督军凤阳。而史可法则被任命为礼部尚书兼东阁大学士，虽然同为东阁大学士，然而因为史可法同时又是吏部尚书，因此是内阁首辅，地位要高过马士英。
听到这个消息，刘孔照等很多人都是心中不服，史可法在拥立福王的过程中几乎什么都没有干，竟然获得了内阁首辅的高位，而马士英从中做出了重大贡献，结果竟然在三位内阁成员中的地位最低，而且因为马士英现在还在镇守凤阳，事迹等于被排挤出了政权核心。
“哼，史可法虽有德却无能，东林党早已经不复往日，他们都会说一些冠冕堂皇的漂亮话，可是有几个德才兼备的人才？更兼不能容人，一旦他们掌控大权，东南赋税根本不可能再被收上来，接下来的局面恐怕如同北直隶那样，因为缺钱而迅速陷入崩溃，嘿嘿不得不说，鸣风侄儿这些话还是很有道理的，既然这样，我必须想办法阻止东林党掌权，看起来我必须想办法和马瑶草见一面了。”
刘孔照想到这里，连夜渡江前去面见马士英，把南京所发生的事情详细的告诉了马士英。
马士英听说消息之后心中也是不满，史可法原本只不过是巡抚凤阳、淮安等地，严格算起来，自己还是他的上司，而且在拥立福王的过程中他几乎没有怎么出力，竟然窃据内阁首辅，而自己这个忙前忙后出了大力的人竟然被挤出了政权核心。
而且论能力的话，马士英要比史可法强一大截，让史可法这样的能力平常的人做首辅，大明可真的就要完了。
更何况自己当初也跟儿子马鸣风保证好了，一定要把首辅给弄过来，现在怎么能够说话不算话呢？
“佛说我不入地狱谁入地狱，既然这样，我也就当一回恶人吧。”
于是马士英暗暗上书福王，把史可法当初说福王七大缺点的事情说了出来。
史可法得到消息之后，知道自己没办法再在朝廷混下去了，只好主动申请前去扬州督军，把马士英给换回来。
朱由崧听了那些话本来就有些暗暗恼恨史可法，现在一听这话自然是借坡下驴，改任史可法为兵部尚书，依旧兼任东阁大学士，而马士英则被任命为礼部尚书。
对于这一结局，马士英还是能够接受的，虽然他和史可法的级别看起来一样，然而毕竟史可法现在不在权力核心，即便是有一个虚职也都无所谓。
在上任之后，马士英先是提出了稳定时局的一些紧急措施，联合文臣武将上书请求朱由崧登基称帝，随后又开始了各种任命，刘孔照、朱国弼等人全都升了职，就连阮大铖都被任命为右副杜御史，黄得功、刘泽清、刘良佐等将都被封侯，杨文骢被启用为兵部主事，越其杰被任命为总兵。
除此之外，马士英还做出了一个重要的任命，马鸣风加官兵部右侍郎，总督两广、福建、浙江、直隶等沿海各省水军以及对外贸易，正式名号虽然依旧是靖海总督，可是职权却大大加强，几乎成了大明沿海各省的水军总头目，并且主管所有的海路贸易。
就连马士英自己都没有想到，他的这一任命对大明究竟造成了怎样的影响？