黄芩汤
治疗太阳经与少阳经合病，出现自行腹泻症状的情况。如果伴有呕吐症状，需加用半夏、生姜。
药物组成：黄芩、甘草、芍药（各用三两），大枣（十二枚，掰开）。
以上四味药，加入一斗水，煮取三升；去掉药渣，每次温服一升，白天服用两次，夜间服用一次。
若有呕吐症状，加用半夏半升、生姜三两。
【集注】程应旄说：此处所说的合病，症状表现为头痛、胸部满闷、口苦咽干、头目眩晕，或者出现往来寒热，或者脉象大且弦，半表部位的邪气，不等太阳经邪气依次传递就与少阳经合并。少阳经里气失去固守，所以出现腹泻，阳热之邪逐渐强盛，所以向上引发呕吐。因此使用黄芩汤来清热滋养阴液，半里的热邪清除了，半表的病症自然也就解除了。
柯琴说：太阳经与少阳经合病，表明热邪已经侵入少阳经的里部。胆腑之火向下攻伐脾脏，所以自行腹泻，向上逆行至胃部，所以同时伴有呕吐。使用黄芩汤，酸味与苦味药物相互配伍，调和中焦以保存阴液。热邪不在半表部位，所以不用柴胡，如今热邪已经侵入半里，所以用黄芩作为主药。虽然不是胃腑实症，也不是胃腑虚症，所以不需要用人参来补中气。若同时伴有呕吐，所以仍旧加用半夏、生姜，来降逆气。
黄连汤
治疗伤寒病，表现为胸中有热，胃中有邪气，腹中疼痛，想要呕吐的情况。
药物组成：黄连（三两）、干姜（三两）、甘草（三两）、人参（二两）、桂枝（三两）、半夏（半升）、大枣（十二枚）。
以上七味药，用一斗水来煎煮，煮取六升；去掉药渣后，每次温服一升，白天服用三次，夜间服用两次。
【集注】程应旄说：热邪在胸中，可知会有烦躁郁闷之类的症状。胃中反而存在邪气，这是因为寒邪被格拒在下面的缘故。这种病症寒热同时存在，比起大青龙汤证的寒热情况，病邪已经向里深入了一层，所以其病症不表现在表里之间，而只表现在上下之间。腹中疼痛，是因为阴寒邪气在胃，寒邪单独在下部致病。想要呕吐，是因为阳热邪气在胸，热邪单独在上部致病。这是针对上下相互格拒的治法，也是寒热药物一并使用，将辛寒之药换为苦寒之药，在辛热药物基础上加入苦热药物，再用人参、半夏来补益、宣通中焦之气，使阴阳得以升降。从这一条进而联系到各种泻心汤，都是这个治疗方法。
成无己说：患湿病的人攻下之后，舌面上好像有苔，这是因为丹田有热，胸中有寒，是邪气入里从而形成下热上寒的情况。这里所说的是伤寒病邪气传入里部从而形成下寒上热。
喻昌说：阴阳悖逆的情况，都应当用和解的治法。
黄连阿胶汤
治疗少阴病，得病二三日以上，出现心中烦躁，不能安卧的症状。
药物组成：黄连（四两）、黄芩（一两）、芍药（二两）、鸡子黄（二枚）、阿胶（三两）。
以上五味药，用水五升，先煮黄连、黄芩、芍药这三味药，煮取二升，去掉药渣，加入阿胶，烊化至完全溶解，待药汤稍微冷却后，加入鸡子黄，搅拌均匀，每次温服七合，一日服用三次。
【集注】柯琴说：这是治疗少阴病的泻心汤。凡是泻心的方剂必定借助黄连、黄芩，然而引经导气却有阴阳的区别。病在三阳时，胃中气机不和，出现心下痞硬的症状，如果是虚证就加人参、甘草来补益，如果是实证就加大黄来攻下。病在少阴，出现心中烦躁不能安卧的症状，既不能用人参、甘草来助长阳气，也不能用大黄来损伤胃气。用黄芩、黄连来直接清泻心火，用阿胶来滋补肾阴，鸡子黄辅助黄芩、黄连，在清泻心火中补养心血，芍药辅助阿胶，在滋补肾阴中收敛阴气，这样就使心肾相交，水升火降。因此原本扶阴泻阳的方剂，转变成为滋阴调和阴阳的方剂。如此，少阴经的虚火，各自回归其本位，心中烦躁不能安卧的症状就可以消除了。经典中说：阴气平和，阳气固密，精神就会正常。说的就是这个方剂吧！
理中汤丸
主治中焦气机不顺畅，腹中虚软不实，口中失去味觉，患病日久不思饮食，脏腑功能失调，以及伤寒之邪直接侵犯太阴经，出现自行下利而不口渴，寒邪较盛且伴有呕吐等症状。
药物组成：人参（三两）、白术（三两）、甘草（三两）、干姜（三两）。
以上四味药，捣细过筛制成粉末，用蜂蜜制成如鸡蛋黄大小的药丸，取几合开水，调和一丸药，研碎后温服。白天服用三四丸，夜间服用二丸；如果腹中还未感觉温热，可增加到三四丸。但药效不如汤剂，汤剂的制法是将这四味药按上述用量切碎，用水八升，煮取三升，去掉药渣，每次温服一升，一日服用三次。
如果出现脐上跳动的症状，这是肾气动的表现，去掉白术，加桂枝四两。
呕吐较多的，去掉白术，加生姜三两。泄泻频繁的，仍用白术。
有心悸症状的，加茯苓二两。
口渴想要喝水的，增加白术用量，使总量达到四两半。
腹中疼痛的，增加人参用量，使总量达到四两半。
寒邪较盛的，增加干姜用量，使总量达到四两半。
腹部胀满的，去掉白术，加附子一枚。服完汤药后大约一顿饭时间，喝一升左右的热粥，让身体微微发热，不要掀开衣服和被子。
【集注】程应旄说：阳气的发动起始于温暖，温暖之气充足，谷物精微才能运化，谷气上升，中焦之气才能充足，所以名为“理中”，实际上是凭借调和的功效，给予中焦阳气。如果胃阳虚弱，那么中焦之气就失去主宰，膻中就无法发挥布散阳气的作用，六腑也无法施展输送水谷精微的功能，就如同炉灶中的柴薪失去火焰，所以在下导致完谷不化，在上失去味觉，五脏功能失调，各种病症就由此产生。人参、白术、炙甘草用来守护中焦，干姜味辛，能温补中焦，必须借助它来点燃炉灶柴薪、升腾阳气，因此谷物进入体内，阳气得以增长，向上输布到肺，向下统摄膀胱，五脏六腑都因此得到滋养，这就是理中汤的要旨。如果水寒之气相互交争，就应当脾肾同时温补，加上附子，那么命门之火得到补益，脾土之母得以温暖。白术补脾，但与人参同用会导致气机壅滞，所以脐下动气、呕吐频繁、腹部胀满的，去掉白术。加桂枝以克制肾中邪气，加生姜以止呕吐。加附子以消除阴寒。泄泻频繁是湿邪较盛，仍用白术来燥湿。口渴想要饮水，是津液不足，加白术能使水饮化为津液。心下悸动是水饮内停，加茯苓以利水。腹中疼痛加倍用人参，是因为虚痛。寒邪较盛的增加干姜用量，是因为寒邪太甚。
干姜附子汤
攻下之后又发汗，白天烦躁得不能入睡，夜晚却安静，不呕吐也不口渴，没有表证，脉象沉而微弱，身上没有很高的热度，这种情况用干姜附子汤治疗。
干姜（一两）、附子（一枚，去掉外皮，生用，切成八片）
以上两味药，用水三升，煮取一升，去掉药渣，一次服完。
茯苓四逆汤
得了伤寒病，出现手足厥冷且胃脘部悸动，若误用发汗，或者攻下之法，疾病仍然不能解除，反而出现烦躁的症状，此时应用茯苓四逆汤治疗。
药物组成:茯苓（六两）、人参（一两）、甘草（一两，炙烤）、干姜（一两）、附子（一枚，生用，切成八片）
以上五味药，加入五升水，煮取三升，去掉药渣，每次温服七合，一日服三次。
【注释】凡是太阳病治疗方法不当，发汗后又攻下，或者攻下后又发汗，一误再误，就会变成坏病。如果患者阳气旺盛而病从热化，就会转属三阳经；如果阳气衰弱而病从寒化，就会关系到三阴经。这两个方剂所治疗的烦躁，都属于坏病。烦躁虽然六经都有，但多见于太阳经和少阴经，因为太阳经是真阴的外标，少阴经是真阳的根本。没有经过发汗、攻下就出现烦躁，大多属于阳证，其脉象实大，症状有口渴、发热，这种烦是阳盛，躁是阴虚。已经经过发汗、攻下后出现烦躁，大多属于阴证，其脉象沉微，症状有出汗、手足厥冷，这种烦是阳虚，躁是阴寒至极。先攻下后发汗，从治疗法则来说是错误的，体表没有很高的热度，体内不口渴、不呕吐，看似阴阳自行调和，实际上是误汗导致阳气外亡，所以虚阳在阳分扰动，因而白天烦躁不能入睡，盛阴在阴分偏安，所以夜间安静。脉象沉微，这是真阳将要虚脱而出现的烦躁。用干姜、附子来壮阳以配合阴气。干姜、附子，是阳中的阳药，生用则药力更加锐利，不加入甘草则药力更加迅猛，这个方剂比四逆汤药力更峻猛，为了救治阴阳将要分离的危象，所以用药应当峻急。先发汗后攻下，从治疗法则来说虽然正确，但若疾病没有解除，手足厥冷、心悸的症状依旧存在，又突然增加了白天黑夜都烦躁的症状，看似是阴盛格阳，而实际上是肾水上凌于心，这都是因为水不能安于本位，挟带着阴寒之邪向上侵犯，这是阳虚伴有水饮之气导致的烦躁。用茯苓作为四逆汤的主药，抑制阴气并伐除水邪。用人参辅佐四逆汤，生发元气并补益阳气。人参、茯苓，如同君子，再加上甘草来调和药性，比四逆汤药力缓和，阴阳并非处于危急状态，所以用药应当缓和。一方去掉甘草，一方加入人参、茯苓，缓急就自然有别，仲景用药的精妙就在于此。
附子汤
治疗少阴病，症见身体疼痛，手足寒凉，骨关节疼痛，口中不燥不渴，背部怕冷，脉象沉。
药物组成:附子（二枚，生用，去掉外皮，切成八片）、茯苓（三两）、人参（二两）、白术（四两）、芍药（三两）
以上五味药，用八升水，煮取三升，去掉药渣，每次温服一升，一日服三次。
【注释】少阴经对应肾，肾为寒水之脏，所以伤寒病情严重的大多传入少阴经，因此少阴一经死证最多。方中以二枚附子为君药，是取其药力锐利，且加重其承担的作用。生用附子，一是为了壮少火之阳气，二是为了驱散内外的寒邪，这样恶寒就会自行停止，身体疼痛自然消除，手足也会转温；如此可巩固生气的本原，使五脏六腑有根本，十二经脉有根基，脉象自然不会沉，骨关节也能调和。再佐以白术来培补脾胃，芍药来平肝，茯苓来利水。水邪被伐则火自然旺盛，火旺盛则阴寒之邪消散，肝木平则脾土更安宁，脾土安宁则水有制约，水有制约则能正常生化。这是周全之法，那些畏惧而不敢使用，束手待毙的人，怎么能数得过来呢！