对于东林党的谋划，朱由校是非常清楚的，所以之前他就让东厂、锦衣卫、齐楚浙三党联手与之抗衡，目的就是为了阻挠东林党控制朝堂乃至控制全国，让他重新走回爷爷万历皇帝的老路，乖乖的躲后宫去玩他的木匠活。
而打掉方从哲就是独霸朝堂的开始，前世的朱由校过于年轻，而齐楚浙三党因为涉及明末三大案在党争中一败涂地。所以朱由校不顾事发定会被东林党把控的全国舆论热议的风险也要拉一把这三党，无非就是自保，同时也不愿意再次出现所谓的‘众正盈朝’。
而作为被弹劾的对象，内阁首辅方从哲麻溜的从袖子中抽出一份早已准备多时且‘复印’了好多次的奏本，躬身高唱：“臣有罪，恳请陛下准臣告老还乡。”
自宋兴到明这两代汉人政权，任何官员一旦被言官弹劾，都会先上一手告罪的把戏，随后就会有大把的小弟跳出来替该官辩解，当然，自辩的也不在少数，但事后会被人所不齿，在之后的执政路上会被无数政敌所诟病，所以到了高位的官员，很少会出现自辩，除了前朝的张居正。
“不准！”朱由校言简意赅的说道，正戏还未开锣，如此容易就随了你杨涟的心意，我这个少年天子的脸往哪搁。
“臣礼部尚书孙慎行，弹劾方从哲老贼十五条大罪！”朱由校话音刚落，就有一个长须老头立马跳了出来，躬身弯腰将奏折高高举起。
这就让朱由校不得不处理了，否则这老头肯定不会起身，等下就会有言官跳出来指责皇帝堵塞言路，不把天下文人放眼里了。
“来人，呈上来！”
随后，小太监将奏章上的内容讲给了朱由校听，听完朱由校勃然大怒，他抢过弹劾奏章狠狠的摔在了御阶之上，冲着方从哲吼道：“方从哲你结党营私，徇私枉法，收受贿赂，害死先帝，简直十恶不赦。这些年你是就是这样替先帝看守内阁的？你的罪证何止十五条，朕觉得孙卿都说少了。”
朝堂之上将近占据文官半数的东林党人士一听无不是兴奋莫名，各个喜笑颜开的互相对视了一眼，期待之情溢于言表。不过他们的行为举止全部落入到了站在朱由校身边的魏忠贤眼中，他同样也是咧开了嘴，笑的贼拉开心。
“红丸案你是如何处理的？先帝尸骨未寒，你就想功成身退？门都没有，咱们先来说说红丸案，朕允许你自辩。”朱由校接着的一番话令东林党众人心中无不是咯噔一下，不对啊皇帝陛下，不该是马上令厂卫上来剥掉方从哲的官服，将其押入诏狱，再让三司会审的吗？
一些聪明人已经想到皇帝是想通过方从哲的自辩中找寻蛛丝马迹，好让齐党死的瞑目而已，看来这个小皇帝处理政事还是有点条理的，说明帝师孙承宗并不是一无是处的。
随后，方从哲开始了自辩，将红丸案的起因，经过，结果，叙述了一番，时不时有涉案人员站出来发表肯定或否定的意见。
而事件起因就是万历皇帝的贵妃郑氏进献了八名能弹会唱的美姬给先帝，而贪婪酒色的先帝笑纳八姬后，遂纵情声色、耽于逸乐，身体本就虚弱的先帝，这么一通折腾下来，健康状况更是急转直下。不到十日更是“圣容顿减”，“病体由是大剧”。先帝不耐御医的循序渐进疗法，于是转令掌管医药的宦官崔文升诊治。
八月十五日，崔文升进献泻药大黄。先帝服药后，一晚上腹泻三四十次，直接病情危急。
二十三日，先帝病情已危急。鸿胪寺官员李可灼要求向先帝进献仙丹，首辅方从哲不许。
二十九日，先帝传见李可灼，李遂向先帝进药。傍晚，李再进宫献药，九月初一五更先帝驾崩。
实际上这起事件起因就是郑贵妃想要皇太后的名号，为先帝进献了八名美女，色中恶鬼的先帝把持不住，连着多日纵情声色，把身体搞虚脱了，加上用药不当直接把自己搞成病危，随后想通过吃仙药救命，结果不幸吃了毒药把自己给吃死了。
整件事情实际上清晰可见谁的责任最大？自然是先帝，作为皇帝是没有错的，那么错就错在你首辅了。虽然你从中阻挠过，但是最后没成功，那就是你的错。
尼玛这逻辑和三岁小孩的逻辑思维多么相似。
经过一番争吵，朱由校一句话给事件盖棺定论，有其他两位位阁臣以及十几名被先帝召见的官员作证，罪不在首辅，而在内侍崔文升以及鸿胪寺官员李可灼。
随后朱由校一声令下，将处于诏狱的李可灼杖毙，将已在发配凤阳的崔文升直接处死。
两杀令一下，在场文臣武将无不后脊背发凉，他们似乎回忆起了开朝皇帝朱元璋，那可是一个杀伐果断的狠人，看着高台上的天启帝，众人似乎看到了朱元璋的影子。
东林党以为方从哲的死罪被免，那么活罪肯定难逃。
没成想，方从哲直接不承认自己结党营私，他言道，自己只不过是看在同是北方人的情分上，稍稍帮衬了几下，弹劾文书上也就记录了其为同党在提拔，免罪上做了不该做的事情。
方从哲话音刚落，就有言官站出来反驳，噼里啪啦一通指责，大意就是说方从哲在狡辩。早已经接到指令的浙党、楚党官员同样的跳出来指责东林党才是真正意义上的结党营私，指责他们从乡野书生到朝中哪处都有你东林党的身影。
对于失控的场面，朱由校二话不说，他踢了一脚在边上看热闹的魏忠贤，收到信号的老魏令太监拿出皇帝早已准备好的道具--简易扩音器，恭敬的递给了朱由校，拿着扩音器的朱由校冲着底下乱哄哄的朝堂，高声喊道：“都给朕闭嘴。”
刚还嘈杂的场面，顿时被吼得耳朵失聪，脑子嗡嗡响，就差打起来的场面顿时鸦雀无声。
很满意自己的控场手段，朱由校随后不紧不慢的说道：“吵吵就能解决问题了？要不朕把大殿门关起来，让你们好好打一架？朕之新朝，允许罪官自辩，理不辩不明，你不让人把话说完，你这是要堵塞朕的耳目，令朕偏听偏信吗？”
闻言底下的官员通通躬身喊道：“臣等不敢，臣等孟浪了，恳请陛下恕罪！”