这场痛哭持续了许久许久，直到泪水几乎流干，声音完全嘶哑，他才在王承恩的再三哀劝下，勉强站起身。他亲自焚香，再次叩拜，然后以一种近乎虚脱的状态离开了太庙。
太庙之后，便是清算涉事臣子了，尽管凤阳巡抚杨一鹏有杨泽隐瞒军情的前因，有其正在外地剿匪、驰援不及的客观因素，但失地焚陵的后果必须有人承担最高责任。
他与巡按吴振缨最终未能逃脱极刑和遣戍的命运，杨一鹏被判弃市家人流放极远边地，吴振缨在朝堂上关系硬，按理说他的罪责比杨一鹏还大点，他是直接弃官逃跑了，但最后只判了一个流放嘉峪关，甚至没有祸及家人。
徐州总兵马圹，睢州总兵骆举增援迟缓被下旨训斥，鉴于他们手上还有兵马，崇祯皇帝也就没有对他们处以极刑，仍命他们用心剿贼，不负朝廷期盼，南京兵部尚书吕维祺没有提早支援凤阳，致使中都被陷，流寇焚烧祖陵，罢免南京兵部尚书由前任河南巡抚范景文替代，池河营提督赵世臣也被剥夺军职，由前任延绥总兵杜文焕之子右都督杜弘域接任提督。
池河营是南京京营之一责任是守卫南京﹑保护祖宗陵寝，另外一个是神机营。
做完这些事后，崇祯皇帝开始当众念罪己诏，这是崇祯继位八年以来写的第一份罪己诏，哪怕是崇祯二年后金破关入寇围京师他都没写，再往后到大明灭亡前他还写了五份。
罪己诏内容是说他无德但核心内容还是甩锅，开头便说他以浅薄的德行继承皇位，本希望与天下臣民共同革新政治，恢复祖宗时期的盛世局面。
不料因用人失当，导致外敌猖獗、内乱四起。建州女真原本是我朝附属，流寇原本也是我大明子民，若是安抚管控得当，岂敢反抗朝廷？
以我朝全盛之国力，文武人才之众多，可惜重用了浮夸欺诈之徒，实干建功者寥寥。致使建奴兵三次入侵，流寇作乱七年，军队长期征战，百姓流离失所。国库匮乏却征调不止，民生凋敝而加税难停，深夜反思，实在羞愧愤慨至极。
今年正月，贼寇竟惊扰皇陵，使祖宗蒙痛、百姓结仇，罪责实在于我。于是增兵筹饷，限期平乱。期盼擒获贼首歼灭顽敌，方能上慰祖宗下安百姓。
不料官员们决策失误，致使贼势再度猖獗。甚至大将受辱于匪类，兵民竟敢藐视朝廷。地方再遭蹂躏，百姓重陷水火。痛心疾首之情，何以承受？若不全力清剿，天下何时得安宁？现已追加军饷，增调精兵，拯救百姓就在此一举。
念及军中文武官员、各地将士风餐露宿、饥寒交迫，我深感挂念。想到他们餐风宿露，我不忍安卧深宫；想到他们粗食冷水，我不忍独享美食；想到他们披甲冒险，我不忍独穿华服，特定于今年十月三日移居武英殿，减少膳食、撤除乐舞。除重大典礼外，皆穿青衣理政，以此表明与将士们同甘共苦的决心，直至乱贼平定之日。
文武官员也当反省过往过失，砥砺未来志节，上下同心匡扶国运，总督与总理大臣须将旨意传谕全军，体察朕心共救苍生。当周密联络协同，实施合围总攻。直捣贼军核心，全力歼灭顽寇。
贼众虽多，核心骨干实少，只要主力被歼，余众自会溃散，但须防备埋伏与车轮战术，不可孤军深入。不得贪抢财物纵敌逃窜。要确保粮草接续，避免中途断粮错失战机。
除贼首必诛不赦外，被胁迫的愚昧民众不忍尽数诛杀，应预留生路预先通告：弃械散去者免于追究，趁机归顺者妥善安置。已准许零星遣散，但不得携带兵器马匹。各地须加抚恤，严禁欺凌侮辱。乡兵除守卫本地外，有愿杀敌出征者，可编队随军作战。
总督洪承畴已获尚方宝剑，总理卢象升可相机行事，命戎政衙门、光禄寺、太仆寺共拨银十五万两，内库拨发大红蟒缎绢布二万匹，分送各路大军。
派巡按御史任监军记录战功，督办前线赏赐事宜，可杀牛犒军鼓舞士气，务必赏罚分明及时，杜绝拖延冒功之弊。
这篇罪己诏先是说了自己无德，可德这种东西虚无缥缈的，实则核心内容还是甩锅大臣，同时崇祯还要求各地增新饷，举重兵，计划六月平贼，只能说这篇罪己诏不痛不痒根本不能算反思，并且增的新饷又能增加一波流民给农民军补充兵员。
在去年八月初一当时商洛地区的流寇在张献忠、罗汝才他们的率领下进入了河南，当时洪承畴因为西宁兵变的事无法离开陕西，于是崇祯任命卢象升总理直隶、河南、山东、四川、湖广军务剿贼。（之前忘了写现在提一嘴）
在发完罪己诏后，崇祯皇帝同兵部商量后布置了军事任务，若是还在陕西的流寇进入河南，或者是河南流寇窜入陕西，则由洪承畴与卢象升联合夹击。
由于害怕流寇再跑到南京去刨祖坟，他命令新任淮扬巡抚朱大典率领抚标二千三百人，山东总兵杨御蕃率兵一千五百人防卫南京周边，保护皇陵，
保定总兵董用文率兵五千人赶往开封府太康县驻守，防备流寇窜回河南
京营总兵倪宠率兵三千、密云副将牟文绶率兵二千奔赴河南协助剿贼，此外河南本地兵力一万五千九百人，湖广兵力一万五千人，山海关总兵李重镇所率关宁军四千人，全部交由卢象升统一调遣。
同时加锦州游击祖宽援剿总兵衔率领关宁军三千入河南剿贼也归卢象升调遣，辽东副总兵祖大弼调任三边任宁夏总兵。
固原总兵左光先防守临洮、巩昌、汉中、西安地区围剿闯贼李自成，援剿总兵曹文诏驻守河南南阳，蓟镇总兵邓玘根据形势随时配合夹击。
五省总督洪承畴出潼关入河南归德府统一调度各地镇抚官员，必须在六月内彻底肃清流寇，届时朝廷将会有重赏，但如果未能在限定时间清除流寇的势力，总督、巡抚等官员将立即被依法严惩，巡按御史若未及时奏报也将一并问责。
崇祯皇帝又谕令洪承畴，对不服从调度的巡抚和总兵以及违反军纪的援军，需区别情况参奏惩处，务必按期平定叛乱，进军驻防等具体事务皆由前线自主决策，朝廷不作远程干预。