自罗马城破、教皇尼古拉五世被俘后，朱昭熙将对武洲作战总司令部迁至这座已经被联邦军的战火摧残的古都。
指挥部设在罗马斗兽场西北侧的临时中军大帐，残破的石柱与焦黑的城墙成为日常办公的背景。朱昭熙与朱瞻壑在此坐镇，围绕“彻底肃清南欧与东欧”的核心目标，将指令以信鸽与快马传向各条战线。
对意大利各城邦的清剿行动以朱昭熙定下的“分区摧毁”为策略。威尼斯共和国、米兰公国、佛罗伦萨共和国及那不勒斯王国，在联邦军的军事打击与“以土着制土着”的战术下迅速瓦解。
联邦海军封锁亚得里亚海，切断威尼斯共和国的贸易航线。陆军配合煦洲雇佣军从陆地推进，重点摧毁造船厂与商业据点。城内男性居民被驱赶到泻湖沿岸处决，女性按年龄筛选后，适龄者被集中到港口，分别运往虞国、越国等大明联邦六大国，充为明人繁衍生息。
联邦军以火炮轰开米兰的城墙，煦洲雇佣军入城后实施无差别清剿。米兰大教堂的彩绘玻璃被炮火击碎，图书馆古籍付之一炬。公国境内的灌溉系统与农田被彻底破坏，防止残余的抵抗势力利用。
对于佛罗伦萨共和国，采取“焦土政策”。联邦军在入城前以臼炮覆盖城区，随后放任煦洲雇佣军劫掠。美第奇家族的宫殿被洗劫一空，文艺复兴时期的艺术品或被摧毁、或被装箱运往虞国。
那不勒斯王国同样如此，海军主力在前期海战中被歼灭，陆地防御不堪一击。联邦军登陆后，将那不勒斯湾周边的村镇全部焚毁，居民中的男性青壮就地处决，老弱妇孺则被驱赶到港口，部分运往煦洲充当奴隶，其余在混乱中死于饥饿与疾病。
在这场清剿行动中，煦洲雇佣军成为执行屠杀与破坏的主力。联邦军为其提供武器与食盐作为诱饵，默许其在占领区掠夺物资，毕竟在朱昭熙的眼里，这些物资都只是暂时放在那些雇佣军的手上罢了。
这些尚未完全脱离部落社会的雇佣军，对同类相食的行为并无心理障碍——联邦军将处决的武洲土着尸体集中处理后，作为军粮分发给雇佣军充作军粮，有了充足的粮草供应，使这些土着作战愈发狂热。
这种“以蛮制蛮”的策略显着降低了联邦军的伤亡，但也造成南欧地区生态与社会结构的彻底崩溃。从亚平宁半岛到巴尔干半岛南端，昔日繁华的城镇化为废墟，农田荒芜，除了联邦军的军事据点与被联邦军保留下来的适龄女性，南欧大陆上的武洲土着几乎绝迹。
随着南欧清剿进入尾声，联邦军面临兵力分配的现实压力，北方防线与法国、神圣罗马帝国的对峙线绵延数百公里，传统步兵与骑兵的阵地战消耗巨大。
朱昭熙下令将部分煦洲雇佣军调往北方，承担前线侦查、袭扰及非核心地段的防御任务。这些雇佣军不适应阵地战的纪律要求，但在山地与丛林地带的游击作战中颇具威胁。
伊比利亚半岛为彻底肃清葡萄牙与西班牙的残余势力，联邦军从东线抽调两个整编师返回伊比利亚，监督煦洲雇佣军清理半岛内陆的村落与山区。此举旨在防止武洲土着利用地形开展持久战。
巴尔干半岛上的东罗马帝国的残余势力依托山地负隅顽抗。朱瞻壑亲自抵达巴尔干前线统筹指挥。
与朱昭熙擅长大兵团会战不同，朱瞻壑在越国期间积累了丰富的山地作战经验，指挥部队以营为单位，采取“搜剿-焚毁-迁徙”的战术，逐山逐村清理抵抗者。联邦军在巴尔干修建简易公路与碉堡，形成封锁线，逐步压缩抵抗势力的活动空间。
朱瞻壑的清剿策略聚焦于“根除隐患”东罗马帝国治下民族成分复杂，既有东正教信徒，也有残留的回回教群体与天主教少数派。联邦军设立机动部队，应朱瞻壑的要求，应急部队要做到发现即摧毁。
巴尔干半岛的矿业与农业设施被系统性破坏。联邦军炸毁矿洞、填平灌溉水渠，焚烧村庄的存粮，使抵抗势力失去物资来源。
在东线，也先率领的东武洲集团军完成对匈牙利的控制后，将战线推进至神圣罗马帝国东部边境。
鉴于神圣罗马帝国诸侯林立、内部矛盾重重的特点，联邦军采取“边缘挤压”策略扶持亲联邦势力，与普鲁士、萨克森等北方诸侯秘密接触，提供武器与资金，唆使其对抗帝国皇帝。
控制多瑙河与易北河的航运，切断帝国与东欧的贸易通道，加剧其内部经济危机。 以小股部队袭扰边境要塞，消耗帝国的防御资源，避免与帝国主力直接决战。
尽管南欧与东欧的清剿取得阶段性成果，无论是武洲腹地的各国还是大明联邦的军队都面临着左支右绌的局面，大明联邦军队确实比任何一个武洲的国家都要多得多，两百七十万的军队足以摧毁任何一个国家，但是这些军队撒在整个武洲，还是显得有些不足。
另外从永洲、乐洲运输物资至武洲战场的成本极高，依赖煦洲与虞国的临时补给站，稳定性不足，毕竟虞国和武洲不在一个大陆上，只能依靠海运，虽然有稳定的航线，但是天气原因在这个时代依旧让海运有着很大的风险。
另外大明联邦依旧存在着雇佣军失控风险，煦洲雇佣军的忠诚度建立在掠夺与杀戮之上，若长期无法满足其需求，可能反噬联邦军防线。最后法国、神圣罗马帝国的核心区域防御严密，联邦军尚未做好全面突破的准备。
朱昭熙与朱瞻壑在罗马指挥部的会议上达成共识：未来一年的核心任务仍是巩固南欧与东欧的占领区，彻底清除抵抗势力的生存土壤。对武洲腹地的全面进攻，需待后勤体系完善、雇佣军整合完成后再行部署。
此时的欧洲大陆，从亚平宁到巴尔干，从多瑙河到莱茵河，战火与血腥成为常态。大明联邦以近乎野蛮的方式重塑着这片土地的秩序，而武洲文明的存续，在联邦军的铁蹄与煦洲雇佣军的屠刀下，正面临前所未有的考验。