当时，太尉黄琬、司徒杨彪、司空荀爽一同去见董卓。董卓又提出迁都的事，还说：“昔日高祖定都关中，历经十一代后汉室中兴，便迁都洛阳。从光武帝到现在，又历经十一代，按照《石苞室谶》的说法，应该再次迁都回长安。”众人听了，都惊愕得不敢出声。杨彪再次站出来反对：“迁都改制是天下大事，应当顺应民心，根据时势来决定。当年盘庚五次迁都，百姓都满心怨言，盘庚作了三篇文章才让大家明白。以前王莽篡逆，更改五常，更始帝和赤眉军时期，长安被焚烧，百姓惨遭杀害，流离失所，如今百不存一。光武帝顺应天命，迁都洛邑，这才是正确的选择。现在刚刚拥立圣主，想要光大汉室，却无缘无故舍弃宫庙、抛弃园陵，恐怕百姓会惊恐不安，无法理解，必定会引发骚乱。《石苞室谶》不过是妖邪之书，怎能轻信？”董卓恼羞成怒，喝道：“杨公是想阻挠国家大计吗？关东方乱，贼寇四起。崤山和函谷关地势险要，是国家的重要防线。而且从陇右获取木材，建造宫室也不难。杜陵南山下有汉武帝时期的陶窑旧址，制作砖瓦很快就能完成。建造宫室官府根本不是问题！百姓无知，不必与他们商议。要是有人敢反对，我就用大军驱赶，看他们还敢不敢不听话！”百官们听了，都吓得脸色惨白。黄琬赶紧劝道：“这可是大事，杨公的话，您不妨再仔细想想！”董卓却根本不听，当天就命令司隶校尉弹劾杨彪和黄琬，将他们二人免官。
随后，董卓便胁迫天子迁都长安。他还下令让自己的部队烧毁洛阳城方圆百里的地方，自己更是亲自带兵烧毁了南北宫、宗庙、府库以及百姓的房屋，洛阳城内被洗劫一空。他又将城中的富户们抓起来，随便给他们安个罪名，就没收他们的财物，许多无辜之人因此丧命，不计其数。
董卓对待俘虏的手段更是残忍至极。他抓到山东的士兵后，会用十几匹涂满猪油的布缠在他们身上，然后点火焚烧，从脚开始烧起。袁绍的豫州从事李延被他抓住后，更是被他下令煮杀。董卓有个宠爱的胡人，平日里仗着董卓的宠爱肆意妄为，被司隶校尉赵谦杀了。董卓得知后，暴跳如雷，怒吼道：“我心爱的狗，我都不许别人呵斥，更何况是人！”于是，他下令将司隶都官抓来，当场打死。
迁都长安后，董卓自封为太师，还想让别人尊称他为“尚父”。他询问蔡邕的意见，蔡邕委婉地说：“当年武王受天命，太公担任太师，辅佐周室讨伐无道之人，所以天下人尊称他为‘尚父’。如今您的功德确实巍巍然，不过最好还是等关东平定，天子东归之后，再商议此事。”董卓这才暂时打消了这个念头。后来，京师发生地震，董卓又向蔡邕询问原因。蔡邕回答说：“地动是因为阴气太盛，大臣超越了礼制所导致的。您乘坐青盖金华车，远近的人都觉得不合适。”董卓听后，这才换了金华皂盖车。
董卓得势后，他的弟弟董旻被封为左将军、鄠侯；哥哥的儿子董璜担任侍中、中军校尉，掌管兵权；董氏宗族内外的人都在朝廷中担任要职。董卓的侍妾怀中抱着的孩子，都被封侯，还赏赐给他们金印紫绶。他的孙女董白，还未到及笄之年，就被封为渭阳君。董卓在郿城东面筑起一座高坛，长宽各有两丈多，高五六尺。他让董白乘坐着轩金华青盖车，命令在郿的都尉、中郎将、刺史等二千石官员，都乘坐轩车，簪笔陪从，簇拥着董白来到高坛上，让董璜作为使者，为董白授予印绶。
公卿大臣们见到董卓，都要在他的车下参拜，可董卓却从不还礼。他还常常召呼尚书台以下的官员到自己的府上汇报事务。当年，董卓担任前将军，皇甫嵩担任左将军，两人一同征讨韩遂，互不相让。后来董卓被征召为少府、并州牧，他的军队本应归属皇甫嵩，董卓为此大怒。等到董卓成为太师，皇甫嵩担任御史中丞，皇甫嵩在董卓车前参拜。董卓得意地问：“义真，你现在服气了吗？”皇甫嵩回答：“我怎么会想到您能走到今天这一步！”董卓大笑道：“鸿鹄向来就有远大志向，只是燕雀自己不知道罢了。”皇甫嵩巧妙地回应：“过去我和您都像鸿鹄，没想到如今您变成了凤凰。”董卓听了，笑着说：“你要是早点服气，今天就不用拜了。”还有一次，董卓拍着手问皇甫嵩：“义真，你害怕了吗？”皇甫嵩回答：“您若能以德行辅佐朝廷，那是国家的福气，我有什么可害怕的？要是您滥用刑罚，肆意妄为，恐怕天下人都会害怕，又何止我一个呢？”董卓听了，沉默不语，之后便与皇甫嵩和解了。
为了给自己留条后路，董卓还在郿地修筑了一座坞堡，这座坞堡的高度和长安城一样，里面储存的粮食足够吃三十年。董卓曾大言不惭地说，要是他能成就大业，就雄踞天下；要是失败了，守着这座坞堡也能安度晚年。有一次，董卓前往郿坞，公卿大臣们都到横门外为他送行。董卓事先在那里设置了帐幔，大摆宴席。宴会上，他诱降了几百个北地的反叛者，当着众人的面，他残忍地先割掉这些人的舌头，接着有的被斩断手足，有的被挖去眼睛，还有的被丢进大锅里煮。那些人还没断气，就在桌子间翻滚惨叫，参加宴会的人都吓得浑身发抖，连手中的筷子都拿不住了，而董卓却像没事人一样，照常饮酒作乐。
当时，有太史观察天象后说，将会有大臣被杀害。董卓一直对故太尉张温心怀怨恨，因为张温向来与他不和。正好赶上天象有变化，董卓便想拿张温来顶罪。他派人诬陷张温与袁术勾结，然后将张温抓起来，用鞭子活活打死。 在董卓的统治下，法令严苛残酷，他随心所欲地施行刑罚，看谁不顺眼就给谁安个罪名。一时间，互相诬陷之风盛行，冤死的人数以千计。百姓们生活在水深火热之中，痛苦不堪，在路上相遇都不敢交谈，只能用眼神示意。
不仅如此，董卓还下令将铜人、钟虡全部椎破，把五铢钱也毁掉，重新铸造成小钱。这些小钱只有五分大小，上面没有文字图案，边缘和中间的孔洞也没有轮廓，也不打磨。这样一来，货币贬值，物价飞涨，一斛谷子竟然涨到了几十万钱。从此，货币几乎无法在市面上流通，整个社会经济陷入了一片混乱。
初平三年四月，长安城中暗流涌动，一场针对董卓的惊天密谋正在悄然展开。司徒王允、尚书仆射士孙瑞以及董卓的部将吕布，三人凑在一起，共同商议着如何除掉这个祸国殃民的大贼。
此时，天子刚刚病愈，准备在未央殿举行盛大的朝会。王允等人觉得这是个千载难逢的好机会，于是开始紧锣密鼓地筹备起来。吕布找来同郡的骑都尉李肃，带着十几名亲兵，让他们穿上卫士的衣服，伪装成守卫掖门的士兵。吕布则怀揣着诛杀董卓的诏书，等待着董卓的到来。
终于，董卓大摇大摆地来了。他丝毫没有察觉到危险的临近，还像往常一样威风凛凛。当他走到掖门时，李肃等人立刻冲上前去，对着董卓就是一阵攻击。董卓惊慌失措，大声呼喊：“吕布在哪里？快来救我！”这时，吕布从一旁走了出来，大声说道：“奉天子诏令，今日就是你的死期！”说完，手起刀落，董卓顿时倒在了血泊之中。随后，吕布又下令将董卓的三族全部诛杀。
董卓一死，他的主簿田景见状，急忙跑过去查看董卓的尸体。吕布担心他有什么异动，毫不犹豫地将田景也杀了。这一番举动下来，周围的人都被吓得不敢动弹，现场一片死寂。
在董卓还活着的时候，民间就流传着各种预示他死亡的谣言。有人传唱着“千里草，何青青，十日卜，犹不生”，“千里草”合起来是“董”字，“十日卜”则是“卓”字，意思就是董卓快要灭亡了。还有一首《董逃之歌》，也在大街小巷传唱。甚至有个道士，在布上写了个“吕”字给董卓看，可董卓却没明白这指的就是吕布。
那天，董卓前往未央殿参加朝会，他带着大批的步兵和骑兵，从自己的营帐一直排到宫殿，自己则穿着朝服，在众人的簇拥下前行。结果，他的马突然不肯前进，董卓心里觉得很奇怪，想要回去。可吕布却在一旁劝说他继续前行，董卓这才没有起疑，还在衣服里面穿上了铠甲，以防万一。没想到，这一切都是吕布等人设下的圈套。