在联合舰队与各文明紧锣密鼓进行宇宙重建工作时，一些微妙的异常开始在宇宙的角落悄然浮现。在一个偏远的星系，科研小组在对一颗正在恢复的星球进行例行检查时，发现了奇怪的能量波动。
“这股能量波动很微弱，但频率却与黑暗生物的能量有相似之处。”一名科研人员皱着眉头，盯着手中的检测设备说道。
起初，大家并未太过在意，以为只是黑暗生物残留能量的正常消散。但随着时间推移，这股能量波动不仅没有减弱，反而变得愈发强烈，且范围也在逐渐扩大。
与此同时，在另一个星域，一些刚刚恢复生机的星球上，生物开始出现异常行为。原本温顺的动物变得极具攻击性，植物的生长也失去了控制，疯狂蔓延并释放出有毒的气体。
“这绝非正常的生态恢复现象，背后一定有其他原因。”生态学家忧心忡忡地说道。
联合舰队立刻对这些异常情况展开深入调查。他们派遣了多支调查小队前往出现问题的星系，对能量波动和生物异常进行全面分析。
在调查过程中，其中一支小队在一颗星球的地下深处发现了一些黑色晶体。这些晶体散发着微弱的黑暗能量，正是能量波动的源头。
“这些黑色晶体似乎在不断吸收周围的能量，并且在缓慢地自我复制。”一名队员拿着采集到的晶体样本说道。
经过进一步研究，科研人员震惊地发现，这些黑色晶体与黑暗生物有着密切的联系。它们很可能是黑暗生物在被消灭前，有意埋下的“种子”，等待合适的时机再次复苏。
“如果这些黑色晶体继续扩散，黑暗生物或许会以另一种形式卷土重来。”神秘文明的科学家面色凝重地说道。
联合舰队意识到，虽然表面上取得了胜利，但宇宙仍然面临着潜在的巨大危机。他们必须尽快找到阻止黑色晶体扩散的方法，否则之前所有的努力都将付诸东流。在这个关键时刻，联合舰队将如何应对这突如其来的潜在威胁？宇宙的未来又一次陷入了未知与担忧之中。
联合舰队迅速召开紧急会议，商讨应对黑色晶体危机的策略。会议室里气氛凝重，每个人都深知事态的严重性。
“我们必须立即停止黑色晶体的扩散，否则黑暗生物复苏将不可避免。”舰队指挥官神情严肃地说道。
科研团队率先发言：“经过初步研究，黑色晶体对高温和特定频率的能量波较为敏感。我们可以尝试利用这一点来摧毁它们。”
基于这一发现，工程小组迅速开始改装武器系统，使其能够发射出针对黑色晶体的高温能量束和特定频率的能量波。同时，他们还研发出一种特殊的探测器，能够更精准地定位黑色晶体的位置。
联合舰队兵分多路，前往各个发现黑色晶体的星系。到达目的地后，战舰迅速展开行动。探测器在太空中扫描，一旦发现黑色晶体的踪迹，战舰便调整位置，对准目标发射高温能量束。
高温能量束如炽热的流星般射向黑色晶体，瞬间将其周围的温度提升到极高。在高温的作用下，部分黑色晶体开始融化、破碎，释放出一阵黑色的烟雾。然而，并非所有的黑色晶体都如此轻易被摧毁。一些晶体在受到攻击后，似乎产生了自我保护机制，表面形成了一层坚硬的外壳，抵御着高温能量束的攻击。
“切换到特定频率的能量波攻击！”指挥官下令。
战舰立刻调整武器参数，发射出特定频率的能量波。能量波如无形的利刃，穿透黑色晶体的外壳，直接作用于其内部结构。在能量波的攻击下，那些原本顽固的黑色晶体开始出现裂缝，最终崩碎。
与此同时，地面上的探索小队也在积极行动。他们深入到星球内部，对那些难以被战舰武器攻击到的黑色晶体进行清理。队员们穿着特制的防护装备，手持能够发射高温能量束和能量波的小型武器，小心翼翼地接近黑色晶体。
在一个地下洞穴中，探索小队发现了一大片黑色晶体群。“小心，这些晶体数量众多，我们要谨慎行动。”小队队长说道。
队员们分散开来，从不同角度对黑色晶体群发动攻击。在高温能量束和能量波的双重打击下，黑色晶体群逐渐被消灭。
虽然联合舰队在应对黑色晶体危机方面取得了一定进展，但他们知道，还有更多隐藏在宇宙深处的黑色晶体等待着被发现和清除。而且，随着行动的深入，黑色晶体似乎也在不断进化，抵抗能力越来越强。联合舰队能否彻底清除这些黑色晶体，阻止黑暗生物的复苏？这场与时间和未知的较量，依旧充满了艰难险阻。