在林默等人全力研究水晶球与熵能的这段时间，暗影议会并未闲着。墨忒斯从上次的失败中吸取教训，蛰伏在宇宙的黑暗角落，秘密集结力量，还与一些潜藏在各个星系中的邪恶势力达成了联盟。这些势力长期在宇宙暗处活动，各自掌握着独特而危险的技术或力量，一直对星际联盟的秩序心怀不满。如今在墨忒斯的蛊惑下，他们组成了一股强大的黑暗联军，准备对星际联盟发动致命一击。
与此同时，星际联盟内部也出现了一些微妙的变化。部分成员开始对林默等人频繁的冒险行动和巨大权力产生质疑，他们担心“宇宙秩序维护者联盟”会逐渐凌驾于星际联盟之上，破坏原有的权力平衡。一些心怀叵测的势力趁机在联盟议会中散布谣言，挑拨离间，试图削弱林默等人的影响力。
在基地的研究室里，泽洛和科研团队日夜不停地解析水晶球中的信息。水晶球表面的符文闪烁不定，仿佛在诉说着古老而危险的秘密。“这水晶球里的信息太过复杂，我们每破解一层，就发现更深一层的谜团。”泽洛揉着疲惫的太阳穴，眼中满是忧虑，“而且，我隐隐感觉到，暗影议会似乎也在寻找着与熵能相关的线索，我们必须加快进度。”
林默点了点头，他心中同样焦虑。这段时间，宇宙监测站不断传来异常报告，多个星系出现不明来历的能量波动，疑似暗影议会的暗中行动。然而，联盟内部的纷争让他分身乏术，不得不花费大量精力去应对。
艾莉丝负责与各个星系文明的联络工作，这段时间她明显感觉到一些文明的态度变得冷淡和迟疑。“有些文明被暗影议会的谣言蛊惑，对我们产生了不信任。他们担心卷入这场危机，所以开始动摇。”艾莉丝皱着眉头，向林默汇报情况。
卡修斯则全身心投入到武器研发和战士训练中。他的训练场上，联盟战士们挥汗如雨，进行着高强度的战斗演练。新型武器的试验也在紧张进行，卡修斯希望能在短时间内大幅提升联盟的战斗力。“不管联盟内部如何，我们的实力必须足够强大，才能应对即将到来的风暴。”卡修斯目光坚定，手中紧握着新研发的能量剑柄。
而在宇宙的另一端，墨忒斯站在黑暗联军的旗舰指挥室中，俯瞰着整支舰队。旗舰的大屏幕上闪烁着各个星系的地图和星际联盟的防御部署图，墨忒斯嘴角勾起一抹冷笑：“林默，你的末日就要到了。等我掌控了熵能，整个宇宙都将在我的脚下颤抖。”
墨忒斯的计划是先对星际联盟的几个重要前哨站发动突袭，摧毁联盟的预警系统和部分军事力量，然后集中兵力进攻星际联盟基地，一举消灭林默等人，夺取水晶球。黑暗联军中的各个势力为了这场战争都做了充分准备，有的带来了能够干扰能量护盾的技术，有的则拥有强大的生物武器，这些武器足以对星际联盟的常规防御造成巨大威胁。
林默敏锐地察觉到了暗影议会的行动迹象。他紧急召开联盟议会会议，向议员们汇报了目前的危机情况，希望能团结各方力量，共同应对黑暗联军。然而，会议上却出现了激烈的争吵。一些议员指责林默夸大危机，认为这是他为了巩固权力而编造的借口。
“林默，你说暗影议会要发动战争，证据在哪里？这几年你打着维护宇宙秩序的旗号，四处行动，消耗了联盟大量的资源，我们怎么能确定这不是你的阴谋？”一位来自偏远星系的议员站起身来，满脸质疑。
林默强压怒火，耐心解释：“各位议员，宇宙监测站的报告就是证据。最近多个星系出现的异常能量波动，都是暗影议会在集结力量的信号。我们必须立刻行动起来，加强防御，否则后果不堪设想。”
就在争论不休时，宇宙监测站传来了紧急警报：暗影议会的先头部队已经对三个前哨站发动了攻击！屏幕上显示着前哨站遭受攻击的画面，火光冲天，防御工事在敌人的猛烈攻击下迅速瓦解。
“现在你们相信了吧！”林默大声说道，“我们没有时间再争论了，必须立刻反击！”
联盟议会终于在这紧急关头达成了共识，决定全力支持林默的反击计划。林默迅速调遣“宇宙秩序维护者联盟”的精锐力量，同时联合星际联盟的舰队，兵分多路前往受攻击的前哨站救援。
林默带领着主力舰队赶到其中一个前哨站时，这里已经一片狼藉。黑暗联军的战舰呈包围之势，不断向前哨站发射能量炮。林默毫不犹豫地发出攻击指令，联盟舰队如猛虎般冲向敌人。
双方战舰在太空中展开了激烈的交火，能量光束交织成一片绚烂而危险的光网。卡修斯驾驶着经过改装的旗舰，冲锋在前，他手中的重剑在战舰的能量操控系统加持下，释放出强大的剑气，直接斩毁了一艘敌方战舰。艾莉丝则带领着一支轻型战机编队，灵活穿梭在敌阵中，对敌人的要害部位进行精准打击。
然而，黑暗联军的实力远超想象。他们的战舰装备了新型的能量干扰器，使得联盟舰队的护盾和武器系统频繁失灵。局势变得异常危急，联盟舰队渐渐陷入了被动。
林默深知这样下去必败无疑，他立刻联系泽洛：“泽洛，我们遇到大麻烦了，敌人的干扰器让我们的装备无法正常发挥作用，你那边有没有办法破解？”
泽洛在研究室里紧张地忙碌着，他一边盯着各种仪器，一边快速敲击键盘：“我正在分析干扰器的频率，应该很快就能找到破解方法。你们再坚持一下！”
就在联盟舰队苦苦支撑时，泽洛终于传来了好消息：“我找到破解频率了！我会把程序发送到你们的战舰系统中，启动后可以抵御干扰。”
林默立刻下令所有战舰启动破解程序。果然，战舰的护盾和武器系统恢复了正常，联盟舰队士气大振，开始展开反击。在激烈的战斗中，林默发现了黑暗联军舰队的指挥旗舰，他决定亲自带领一支突击小队，直捣黄龙。
林默、艾莉丝和卡修斯带领着突击小队，驾驶着小型战机，突破了敌人的重重防御，成功登上了指挥旗舰。墨忒斯早已在旗舰上设下重重陷阱，等待着他们的到来。一场惊心动魄的近身战斗在旗舰内部展开，林默等人与墨忒斯的爪牙们展开了殊死搏斗。
林默凭借起源结晶的力量，一路过关斩将，终于找到了墨忒斯。墨忒斯站在巨大的指挥台前，脸上露出狰狞的笑容：“林默，你以为你能阻止我吗？今天就是你的死期！”
林默毫不畏惧，拔出剑来：“墨忒斯，你的阴谋不会得逞。今天，就是暗影议会覆灭的日子！”