在黑衣组织被彻底击溃后的一段时间里，柯南、林羽和灰原哀都过上了相对平静的生活。然而，这份平静并没有持续太久。
一天，柯南在放学的路上，突然感觉到有人在跟踪他。他不动声色地加快脚步，试图摆脱跟踪者，但对方却紧追不舍。
“难道是黑衣组织的余孽？”柯南心中暗自警惕。
他拐进一条小巷，利用自己对地形的熟悉，躲在一个角落里观察着。只见一个陌生的男子在巷口徘徊，四处张望。
柯南决定主动出击，他悄悄绕到男子身后，突然出声问道：“你是谁？为什么跟踪我？”
男子被吓了一跳，转身露出慌张的神情。“我……我只是奉命行事。”
“奉命？奉谁的命？”柯南紧盯着他。
男子犹豫了一下，最终还是开口说道：“是一个神秘的组织，他们最近在东京活动频繁，似乎在策划着什么。”
柯南意识到事情的严重性，他立刻联系了林羽和灰原哀。
“看来又有新的麻烦了。”林羽说道。
“我们必须尽快调查清楚这个神秘组织的目的。”灰原哀皱着眉头。
他们开始从各个方面收集线索。林羽利用自己的黑客技术，入侵了一些可能与神秘组织有关的数据库；灰原哀则对男子提供的信息进行分析和研究；柯南则在街头巷尾寻找着蛛丝马迹。
经过一番努力，他们发现这个神秘组织正在进行一项危险的生物实验，试图制造出一种可以控制人类思维的病毒。
“这太可怕了，如果让他们成功，后果不堪设想。”柯南说道。
为了获取更多的情报，他们决定潜入神秘组织的实验室。
在一个夜晚，他们悄悄地来到了实验室所在的大楼。
“小心点，这里的安保很严密。”林羽提醒道。
他们避开了巡逻的保安，成功地进入了实验室。
实验室里摆放着各种复杂的仪器和实验样本，柯南他们小心翼翼地寻找着有用的信息。
就在这时，他们听到了脚步声。
“躲起来！”柯南低声说道。
他们迅速躲在一排柜子后面。
走进来的是两个穿着白大褂的科学家，他们正在讨论着实验的进展。
“如果再给我们一些时间，这个病毒就能完成了。”
“但是要小心那些多管闲事的人。”
柯南他们听着，心中越发焦急。
等科学家离开后，他们继续寻找线索。
终于，林羽在一台电脑上发现了重要的文件。
“找到了！这是他们的实验数据和计划。”
就在他们准备离开的时候，却触发了警报。
“不好，被发现了！”
神秘组织的成员迅速围了过来，柯南他们陷入了困境。
“跟他们拼了！”林羽拿起一根棍子，准备战斗。
柯南则冷静地思考着对策。
“别冲动，我们寻找机会突围。”
在激烈的搏斗中，灰原哀不小心受了伤。
“灰原！”柯南喊道。
“我没事，别管我，你们快走！”灰原哀说道。
柯南和林羽不肯放弃，他们拼尽全力保护着灰原哀，与敌人展开殊死搏斗。
就在他们感到绝望的时候，警方及时赶到。
“放下武器，你们已经被包围了！”目暮警官的声音传来。
神秘组织的成员见势不妙，纷纷四散逃窜。
柯南他们终于松了一口气。
“这次多亏了警方。”林羽说道。
“但是这个神秘组织还没有完全被消灭，我们不能掉以轻心。”柯南说道。
他们带着收集到的证据，与警方一起继续对神秘组织展开深入调查，誓要将其彻底铲除，保卫城市的和平与安宁。