阿本是个经常出差的销售员，这次搭乘晚班航班从广州飞往北京。飞机起飞后半小时，他透过舷窗欣赏着夜空中的万家灯火。忽然，一道阴影掠过窗面，他下意识地转头看去，却在舷窗上发现了一个清晰的孩童掌印，鲜红如血，在昏暗的机舱灯光下格外醒目。
阿本揉了揉眼睛以为是幻觉，但掌印依然清晰可见。更诡异的是，舷窗上的雾气正以掌印为中心缓缓散开，仿佛有无形的手在抚摸着玻璃。就在这时，一个稚嫩的声音在他耳边轻声说道：叔叔，你知道妈妈为什么推我下云梯吗？阿本猛地回头，身后空无一人，只有邻座乘客疑惑地看着他。
接下来的飞行中，那个童声不断在阿本身边响起，时而在左耳，时而在右耳，仿佛有个看不见的孩子正贴着他耳边窃窃私语。妈妈说要给我买糖吃，为什么要推我呢？好痛啊，我再也抓不住云朵了...每当声音响起，舷窗上的掌印就会变得更加鲜艳，甚至有血珠从指缝间渗出的错觉。
乘务员注意到阿本的异常，关切地询问是否需要帮助。阿本指着舷窗上的掌印说：你看，那里有个孩子的手印。乘务员顺着他的手指看去，舷窗上却光洁如新，什么都没有。先生，您是不是太累了？要不要喝杯热水？乘务员温柔地建议道。阿本意识到别人看不到掌印，开始怀疑自己的精神状态。
为了转移注意力，阿本翻开随身携带的报纸，却在娱乐版看到一则二十年前的旧闻：着名演员林雅诗的儿子小宇在片场意外坠亡，年仅六岁。报道中提到，事发当天正值阴雨天气，小宇在片场搭建的云梯道具上玩耍时不慎滑落。当时在现场的工作人员回忆说，小宇坠落前一直在喊妈妈，我要下去，但林雅诗正忙于拍摄，没有及时回应。
看到这则报道，阿本的心脏剧烈跳动起来。他想起刚才舷窗上那稚嫩的声音，难道这就是小宇的冤魂？报道中提到的与童声中的完全吻合。更让他震惊的是，林雅诗现在的丈夫正是航空公司的董事，而这次航班恰好是由该公司执飞。
夜色渐深，机舱内大部分乘客都已入睡。阿本却无法入眠，因为他发现舷窗外的云层中隐约浮现出一个孩童的身影。那个身影穿着白色的小西装，正是报道中小宇坠亡时的服装。孩童悬浮在云层中，不停地做着向下坠落的动作，每一次坠落都会发出凄厉的哭声。
妈妈，救救我...哭声越来越清晰，其他熟睡的乘客也开始不安地扭动身体。阿本看到邻座的老人眼角流下泪水，嘴里喃喃自语：对不起，小宇，对不起...原来这位老人正是当年片场的道具师，也是最后一个见到小宇活着的人。良心的谴责让他在睡梦中也不得安宁。
随着飞机继续飞行，舷窗上的掌印开始发生变化，逐渐显现出一张孩童的脸庞。那是一张充满恐惧和不解的小脸，眼睛瞪得很大，嘴巴张开着仿佛在无声地呼喊。与此同时，阿本的脑海中涌现出不属于自己的记忆片段：一个豪华的化妆间里，年轻的林雅诗正在补妆，门外传来儿子的呼唤声，但她为了不耽误拍摄进度，选择了无视。
记忆中还有另一个场景：小宇爬上云梯道具，兴奋地向妈妈挥手，希望能得到关注。但林雅诗只是敷衍地点点头，继续与导演讨论剧情。失望的小宇想要爬下云梯，却不小心踩空，从十几米高处坠落。那一刻，他的小手在空中胡乱抓挠，仿佛想要抓住什么，最后重重摔在地上。
通过这些闪现的记忆，阿本了解到当年事件的真相。小宇的坠亡并非单纯的意外，而是林雅诗为了事业而间接害死亲生儿子。事后，林雅诗用金钱和关系掩盖了真相，将责任全部推给了道具组。那位年迈的道具师因为内疚而提前退休，郁郁而终。而小宇的亡魂因为死得太过冤屈，一直徘徊在云端，寻找报仇的机会。
更让阿本震惊的是，他自己竟然是当年片场的一名临时工，亲眼目睹了悲剧的发生。只是这些记忆被他刻意封存，直到今晚才被小宇的怨灵唤醒。舷窗上的掌印其实就是小宇当年坠落时在空中抓挠留下的印记，现在借着特殊的时机重现人间。
凌晨时分，飞机进入颠簸气流，机舱内响起安全带指示灯。就在这一刻，舷窗外突然出现了一道强烈的白光，照亮了整个机舱。在白光中，阿本清楚地看到小宇的怨灵正悬浮在飞机旁边，他的身体保持着坠落时的姿态，脸上满是愤怒和悲伤。
妈妈，你为什么要这样对我？小宇的声音在整个机舱内回荡，所有乘客都被惊醒。乘务员试图安抚大家的情绪，但她们也听到了这个诡异的声音。更可怕的是，驾驶舱内也传来了同样的声音，飞行员们惊恐地发现仪表盘开始出现异常读数，飞机似乎失去了控制。
就在这危急时刻，阿本站了起来。他知道自己必须面对小宇的怨灵，为当年的沉默赎罪。他将手掌贴在舷窗上，与小宇的掌印重叠：小宇，对不起，当年我没有阻止你爬上云梯，也没有及时告诉你妈妈你的危险。
小宇的怨灵似乎感受到了阿本的诚意，愤怒的表情稍微缓和了一些。但就在这时，头等舱内传来了林雅诗的声音：小宇，是妈妈不好，妈妈当时太专注于工作了...原来林雅诗也在这架航班上，她显然也听到了儿子的声音。
林雅诗踉跄地走到经济舱，跪在阿本座位前：小宇，妈妈错了，妈妈真的很后悔。如果时光能够倒流，妈妈一定会放下一切去保护你。她的声音充满了悔恨和痛苦，眼泪如雨下。
小宇的怨灵透过舷窗看向自己的母亲，眼中的愤怒逐渐转化为悲伤。二十年来，他一直在云端等待母亲的道歉，等待有人为他的死承担责任。现在，他终于等到了。怨灵的身体开始变得透明，但脸上的表情却安详了许多。
随着林雅诗真诚的忏悔，小宇的怨灵开始慢慢消散。在完全消失之前，他对阿本说：谢谢你帮我找到妈妈，让我听到她的道歉。我终于可以安心离开了。舷窗上的掌印也随之消失，仿佛从未出现过。
飞机恢复了平稳飞行，一切异常现象都消失了。乘客们以为刚才只是遇到了强烈气流产生的幻觉，只有阿本、林雅诗和那位年迈的道具师知道真相。林雅诗在落地后立即召开了新闻发布会，公开承认了当年对儿子疏忽的事实，并宣布将退出娱乐圈，专心从事儿童慈善事业。
而阿本也因为这次经历改变了人生轨迹，他辞去了销售工作，成为了一名心理咨询师，专门帮助那些因为内疚而痛苦的人。每当夜深人静时，他偶尔还会想起那个在舷窗上留下掌印的小男孩，想起他说的最后一句话：原谅别人，也是放过自己。
从此以后，再也没有人在这条航线上见过舷窗上的神秘掌印，但机组人员都说，在每年小宇的忌日那天，如果仔细观察云层，还能看到一个快乐的孩子在云端玩耍的身影，那是他终于获得解脱后的真实模样。