九月底之前，西湖的疏浚工作（包括疏浚茅山、盐桥二河及修六井，作长堤）终于如期完成，东坡先生带着属下到吴山的水仙王庙进行了祭祷。
自熙宁年间倅杭，东坡先生遍访民间疾苦时，即有开浚西湖之意。到了守杭之后，重新询访父老，征求修浚之策，及听取苏坚等人的建议，使知仁和县事黄僎“相度可否，及率僚吏躬亲验视，一一皆如坚言”，然后兴功开挖。杭州父老一百五十余人等来到府衙，向苏东坡献计献策，东坡接纳了父老的建议，人力财力得有所出。然后又听取了钱塘县尉许敦仁的建议，集思广益，然后制定出措施，申报三省后开始施行。
自从兴功至竣工，东坡先生皆风雨无阻、躬亲往之。
杭州本江海之地，水泉咸苦，居民稀少。唐代刺史李泌首先引西湖水作六井，民足于水，故井邑日富。及白居易复浚西湖，放水入运河，自河入田，所溉至千顷。然湖水多葑，自唐及钱氏，岁辄开治，故湖水足用，近岁废而不理，至是，湖中葑田（湖泽中葑菱积聚处，年久腐化变为泥土，水涸成田，是谓葑田）积二十五万余丈，而水无几矣。运河失湖水之利，则取给于江潮，潮浑浊多淤。河行闤闠中，三年一淘，为市井大患，而六井亦几废。
等到东坡守杭，始浚茅山、盐桥二河，以茅山一路专受江潮，以盐桥一路专受湖水，复造堰闸，以为湖水宣泄之限，然后潮不入市，且以余力复完六井，民稍获其利矣。
公间至湖上，周视良久，曰：今欲去葑田，葑田如云，将安所置之？湖南北三十里，环湖往来，终日不达，若取葑田积之湖中，为长堤以通南北，则葑田去而行者便矣。吴人种菱，春辄芟除，不遗寸草，葑田若去，募人种菱，收其利以备修湖，则湖当不复堙塞。乃取救荒之余，得钱、粮以贯、石数者万。复请于朝，得百僧度牒以募役者。堤成，值芙蓉、杨柳其上，望之如图画，杭人名之“苏公堤”，后守林希榜书“苏公堤”于其上。
此堤起南讫北，横截湖面，夹道杂植花柳，中为六桥、九亭。六桥为：映波、锁澜、望山、压堤、东浦、跨江。
据传，堤新筑时，坡公日往视之。一日饥，令具食，食未至，遂于堤上取筑堤人饭器，满贮其陈仓米，一器尽之。大抵公平生简率类如此。
在修湖过程中，东坡先生曾致简明州守王子渊，向他借船开葑。
忙完公事，金华人方勺（字仁声）来杭应举，忽被同保进士讼其户贯不明，在东坡先生的照怜之下，得以就送，后遂获游公门。
这还不算，有个叫颜几（字几圣）的举子，此人“俊伟不羁，性复嗜酒，无日不饮”。当年秋试，颜几于考场中替代一豪门举子刘生考试，竟夺魁。后遭其他举子检举，入狱，久不得饮，密以一诗付狱吏送外间酒友诉其苦。狱吏将该诗呈坡，坡因缓其狱，至会赦得免。
后数年，颜几一日醉卧西湖寺中，起题壁间云：白日尊中短，青山枕上高。不数日而终。
钱勰（字穆父）自越州移知瀛洲（今宁德蕉城区洪口乡），而徐州的州学教授何去非，苏东坡认为他的文章及对于兵法的论述都异于常人，因此上书朝廷，并将老何所着《备论》等二十八篇文章一并呈给三省的大臣们审查，希望授他一个馆职。
十月二十六，东坡先生偕叶温叟、张璹、元之、侯临同游南平寺。僧谦准备的香茗白如玉雪，而蔡瑫准备的墨块黑如油漆，几个人于是啜着香茗，开始谈论起关于茶与墨的鉴赏之法。
老朋友滕元发（字达道）病逝，东坡先生写了挽词。
其时，苏迈兄弟几个都在杭州，东坡与道潜等僧人出游时，还会带上他们兄弟几个。随后，长子苏迈要离开杭州出任雄州（今河北雄县）防御推官，而苏迨、苏过则过解两浙路，赴试春帏，道潜以诗送之。
腊月初一，东坡先生游览了小灵隐寺，听林道人论了琴棋之事。
章衡罢知秀州任，胡深父前来接替。王岩叟（字彦霖）知开封时有善政，东坡致简胡深父对此赞赏有加，东坡还与老胡谈论了优价广籴之利。
先朝的环庆将官刘平，被俘后大骂敌人绝食而死的事迹，苏东坡是自小便知。如今，刘平的五个儿子中仅有西京左藏库副使、代理两浙西路兵马都监兼东南第三将刘季孙在世，可是都已五十八岁了。
于是，东坡先生上书朝廷，想为熟知兵书的老刘乞请到边境要害地段任武将，以便为国守边、荣立新功。
过了几天，果不出东坡所料，传来高丽国再次遣使前来朝贡，沿途扰费十去六七之事，朝廷才终于批准了东坡先生早期的上书。东坡先生此次有了朝廷的圣旨，令杭属诸郡量事裁损，对高丽使者不予理会，民遂受其利。
腊八节，东坡先生应孤山僧惠勤弟子之请，作《六一泉铭》以纪念欧阳公与慧勤禅师互敬互爱的一段佳话。几天后，东坡又与张天骥、苏坚等人游览了七宝寺，题诗竹上。元净（辩才）禅师作亭风篁岭上，名曰过溪，东坡题诗。除夕那天，杭州狱空，东坡亦题诗。
腊月十七，苏辙被授为龙图阁学士。
灵石多福院僧人子珪，素有戒行。从熙宁中叶到今天，曾两次派去修井，工作很辛劳，但不避风雨、任劳任怨。东坡乞请朝廷，若承蒙能赐给法师一个名号，那就请赐予其“惠迁”法号吧。
有一日，苏东坡坐视公堂，都商税务押到匿税人南剑州乡贡进士吴味道，此人以两大卷建阳小纱冒充东坡名衔，寄往京师苏侍郎宅邸，其行迹十分可疑。
东坡即唤吴味道上前，询问其卷中何物。吴味道恐蹙而前，曰：本人今秋忝冒乡荐，乡人凑钱为赴都之赆（离别时所送的路费），以百千就置建阳小纱，得二百端。因计道路所经，场务尽行抽税，则至都下不存其半。心窃计之，当今负天下重名而爱奖士类，唯内翰与侍郎耳！纵有败露，必能情贷。味道遂伪假先生台衔，缄封而来。不探知先生已临镇此邦，罪实难逃，幸先生恕之。
苏东坡上下打量了老吴一番后，笑呼掌笺奏书史，令其去封，换题细衔，附至东京竹竿巷苏侍郎宅。并手书一纸，付示谓味道曰：先辈这回将上天去也！无妨来年高选，当却惠顾也。
味道悚谢再三。
次年果登高第，还，具笺启谢殷勤，其语亦多警策，公甚喜，为延款数日而去。
这个段子的真伪如何，后人经过考证，东坡先生已于次年三月离杭，而元佑六年南剑州登第的进士中并无吴味道此人。
总之，不管事实究竟如何，足见人们在苏东坡身上寄予的美好期望。一方面说明了苏东坡对于路途中各级官吏的层层盘剥深恶痛绝，另一方面也说明了东坡先生对于后辈读书人的真心提携。
这一年，苏东坡将祖母史氏所绣的幡帐舍于金山寺，还专门到伍子胥庙里参拜。婺源人胡伟、胡汲兄弟游学杭州，苏东坡还接见了他们十四岁的弟弟胡伸（字彦时），召与语，对胡伸大悦之。
不日，苏东坡的同乡好友王淮奇（字庆源）病逝，东坡致简其子表示了慰问。
在杭期间，东坡公务之余常流连于西湖周边或寺院里，他曾举荐祖印悟禅师为径山第十一代十方主持。携妓访问过大通禅师，并赋《南歌子》戏之。
毛滂被罢杭州法曹掾，赋《惜分飞》抒怀，东坡赞赏其词。
元佑六年（1091），大年初一。
明州（今浙江宁波）广利寺的怀琏（大觉禅师）病逝。
禅师怀琏，是一位令东坡极为推崇的高僧，东坡曾把父亲苏老泉一生珍爱有加的《禅月罗汉》画捐赠给怀琏所在的育王寺。怀琏（大觉禅师）曾以罗汉木相赠，苏东坡当时还借花献佛，转赠给了慈华大师去种植。
苏东坡还曾以恩师张方平所赠的鼎甗（音严）转赠怀琏，并为之作铭。如今的怀琏离世，东坡先生又为之作了祭文。
皇佑年中，仁宗下诏让庐山高僧怀琏来到京城，住在十方静因禅院，召他到化成殿对话，仁宗问他有关佛法的大意，怀琏回答得很符合天子的心意，就赐给他大觉禅师的法号。当时北方那些讲论佛法的人，都只在法界行相上用功，拘泥于因缘果报之说，所以士大夫中那些聪明特达的人，都愿意与怀琏相交往。遇到休息的日子，怀琏还没有起床洗漱，门外就早已站满了等候他的人。
仁宗皇帝属于无师自通，自然悟道，他与怀琏谈论问答，并亲自作诗赐予怀琏，前后竟达十七首之多。
至和年间，怀琏上书仁宗，请求回山寺以终余年。仁宗说，山也就是常在的法相，你还能回到哪里去？——不答应他的请求。后来架不住怀琏态度坚决的一再请求，英宗皇帝见挽留不住，就下诏准许他自由活动。
怀琏渡过长江后，在金山寺、西湖短暂逗留了几天，便回到了明州的阿育王山广利寺中养老。明州的士民共同出资建了一座很大的楼阁，把仁宗的赐诗收藏在阁楼内，并为此楼阁题额为“宸奎阁”。
如今，已经八十三岁高龄的怀琏坐化了，他的弟子来找到东坡先生说，宸奎阁至今还没有铭文。您曾经侍奉过仁宗皇帝，还与我们的师傅交游最早，所以写铭文这件事您不会推辞吧？
于是，东坡为之作了《宸奎阁碑》，刻石于其上。
此碑高八尺，广三尺五寸，位于浙江鄞县。碑末称：元佑六年正月癸亥，龙图阁学士、左朝奉郎、知杭州军州事兼管内劝农使、充两浙西路兵马钤辖兼提举本路兵马巡检公事、武功县开国子、食邑六百户、轻车都尉、赐紫金鱼袋臣苏轼撰并书。