李之仪的从兄李之纯（字端伯）以宝文阁直学士知成都府后，深知蜀地百姓生计的东坡先生就给老李去信，向他说明了蜀中原本很容易管理，只是有些官员不谙此道，搅扰得百姓不得安宁。
李之纯上任以来，不管是公务之余与人谈笑，还是春季巡视与民同乐，东坡自觉不能陪侍左右，因此更加重了对他的思念之情。
闲暇之时，东坡先生在当朝画家艾宣的四幅花鸟画上题了诗，门人李之仪分别次其韵，这四幅画画的是：竹鹤、黄精鹿、杏花白鹇、莲龟。
李之仪（字端叔）是苏轼门人之一，元佑文人集团的成员，擅长作词，出生于沧州无棣（今山东无棣）的名门望族。他的诗词文章写得好，在一定程度上是受了苏轼的熏陶与指点。同时他的仕途多舛，也与苏轼有很大关系。
艾宣，钟陵（今江西进贤县）人。工画花竹翎毛，能传色晕淡有生意，扪之不衬人指。孤标高致，别是风规。败草荒榛，尤长野趣。鹌鹑一种，特见精绝。米芾谓其芦雁不俗，苏轼称其翎毛花竹为近岁之冠。
既老笔迹尤奇，虽不复精匀而气格不凡。熙宁初与崔白、丁贶、葛守昌等合画垂拱殿御扆。
高士敦要赴成都利州路兵马钤辖任，苏东坡次韵翰林学士许将（字冲元）诗为之送行。
元佑三年（1088）四月初四，锁院。
“锁院”制度即一经任命为知贡举（即考官）的官员必须立即锁宿，在大约五十天左右的锁院期间，不得回家，不准见亲友或与院外臣僚交往。
后来，负责各类发解试的考官也需与知贡举一样锁宿。
中晚唐五代礼部贡院锁院制度已经初步确立，由御史台执行锁院任务，锁院期间主司（考官）不得随便出入贡院（考场），不得与外界有文字来往。礼部锁院制度的建立是受吏部铨选锁院制度的影响。
在锁院期间，苏东坡作为中使被宣召入内，撰吕公着同平章军国事及吕大防、范纯仁左右仆射麻制。
一日，东坡先生被召至内东门小殿，时东坡半酣，命以新水漱口解酒。面见宣仁太皇太后时，太皇太后忽然对苏东坡说起神宗皇帝对于他知遇之恩的细枝末节，东坡听后痛哭失声，宣仁与左右皆泣。
已而赐座吃茶，宣仁安慰东坡先生道，苏内翰直须尽心事官家，以报先帝知遇之恩，其他的流言蜚语无需多虑。
东坡拜而欲出之际，宣仁撤下御前的金莲烛送之归院。
所谓的御前的金莲烛“送归院”，乃是词臣之殊荣，这一制度据说始于唐宣宗时，受其宠者有唐时令狐绹。至宋，治平末有郑獬，熙宁间则有王珪共三人受过此等殊荣。
李方叔落第后将要离京返回阳翟了，苏东坡由于连日来在殿门作只候，无法与之会面。只好写信让其等两天再走。并说自己这几天行完香，再祭奠一下韩康公，晚上就能回家了，到时候就在家里话别吧。
五月一日，按照惯例，这一天皇帝要御宣政殿，与文武百官相见。
苏东坡以翰林学士兼侍读，苏辙以户部侍郎同转对。
苏东坡条上三事：一是有急事上奏而又没有出入门牒的人，不许阻拦；二是要慎重刑罚；三是减少荫子，解救冗官之弊。
欧阳修三子欧阳棐（字叔弼）以朝奉郎、考功员外郎为集贤校理、权判登闻鼓院。此前苏东坡曾举荐过此人来替代自己原有的职务，没有获批。但此举已被台谏官所诬告。
欧阳棐这个人，是以文学登第，能世其家。苏东坡所作之文，假如要找人代笔，那就非欧阳棐莫属。因此东坡多以内表章属叔弼甫代之，人莫能辨。
因此东坡先生尝言，文不可以不学古而后为也，要能以古人语而道己意，则可与言文矣。
所谓的“物以类聚”，就是陶渊明的作品《饮酒·清晨闻叩门》一诗，东坡先生与欧阳棐都是非常喜欢的。此诗作于陶渊明看破东晋黑暗，辞官隐退之时。
陶渊明在偏僻山村，没有世俗侵扰，时常醉酒之后反而诗兴大发，胡乱扯出一张纸，书写感慨，等到第二天清醒后，再修改润色。写好的诗稿越积越厚，让老朋友帮忙整理抄录。一共得到二十首诗，陶渊明把这一组诗题为《饮酒二十首》。
当时在与欧阳棐在谈论此诗时，东坡读到的是，话由人的心中生发而从口中说出，吐出来就会冒犯他人，但咽下去则会忤逆自己。东坡先生觉得宁可忤逆他人，最终还是吐出来为好。在这一点上，欧阳棐不用说也是“英雄所见略同”的。
柳子玉的本家兄弟柳子良要赴潞幕，其时的“潞”为太原属城，苏东坡将柳子良以亲家相称，拜托在太原任知州的曾布予以关照。
馆阁中无事时，苏东坡又要为外任的官员作诗送行了，同时还有出自他心底的那种羡慕之情。
周尹（字正孺）知梓州，承议郎、祠部员外郎翟思为殿中侍御史，钱勰知越州，程之邵知泗州，曹辅（字子方）赴闽漕，苏东坡均作诗送行。
特别是看到杭州人钱勰外任至越州，东坡竟流露出欣羡之意，有意再乞江湖一郡。就在钱勰临走之际，苏东坡除了赠诗外，还送给钱勰一件川中官吏的礼服，两团茶，两壶酒，三百幅蜀纸，表达了对老朋友的友情。
无事时，东坡先生在此前黄州所作的《石恪画维摩颂》及《鱼枕冠颂》后作了跋，书写了《九歌》等古篇，还在先父嘉佑元年所写的《送石昌言北使》一文后作了跋。
九月初五，苏东坡在迩英殿为皇上进读了《宝训》。
这种能够直接接触到皇上的机会不多，在京师也只有执政、台谏、开封府尹等人有此机会。因此，苏东坡自觉受恩深重，不敢为了苟且保全自身而沉默不言，于是将当下的一些社会弊端如赏罚不明、治水不力等问题写成劄子进献给了皇上。
这些问题上报之后，因论黄河等事，为众人所疾。苏东坡于是“迹不自安，遂求引避”。
上过劄子后，得知李公择自户部尚书除为御史中丞（御史台的最高长官是御史大夫，御史中丞为其副手，其中御史大夫的主要职责是对国家的法律实施负总责。），苏东坡为老朋友李公择感到高兴，赶紧将这一好消息写信告诉了黄庭坚。
近日东坡的身体微恙，时常卧病，学生张耒、晁补之也都前来看望了。
正好乘此闲暇，东坡先生书赠柳仲远的兄弟柳仲矩，然后还将三国人物桓范与陈宫两个人分不清明主而事之进行了点评，还为子由的外孙、文与可的孙子文骥的名字进行了解读。
东坡先生请李公麟为自己画了像，还为苏辙及黄庭坚分别画了像。
彭汝砺（字器之）进入中书省任中书舍人，他给东坡来了信。
苏东坡在给老彭贺启中说，国家机关的具体办事机构本来与文学词章无关，各类的文化学术部门也不涉及国家政务。只有中书舍人这一职务，必须兼有二者的长处。若不是精通经术，就不能代天子拟定诏令文告；如果不通晓吏治，就无法协调朝廷各部之间爱你的公事。所以，这是一个最能考验与显示文人才能的职位。
彭汝砺如今借住于兴国寺浴室院，这是苏东坡三十一年前考进士时曾经暂住过的地方。
所以，苏东坡又故地重游去拜访了寺内的老禅师，可是已没有认识东坡的人了。只有住持和尚惠汶，三十年前曾是长老的侍从，而今也已经衰老得认不清故人了。
彭汝砺见寺院里唯一珍贵的物件仅剩六个祖师像了，就请求东坡先生为这些画像作些赞诗，苏东坡有感而发，遂应其请而作。
十月十七，苏东坡以左臂麻木，两眼昏花，担心失去朝臣仪态或者误事为由，坚决地向朝廷乞求外任一郡之职。但朝廷的态度也很坚决，不行！你身体不适，就赐你可以回家养病，什么时间好了什么时间再来。
甚至朝廷还派了使臣登门存问，赐告养疾。
面对这样的礼遇与恩惠，东坡先生感到即使万死不能报答。若从君臣之义来讲，病不至死，就应该为尽力朝廷分忧解难。即使有了不太公正的惩罚，也不应该稍有微词。
就这样，苏东坡乞请外任的心愿又一次落空了。
这一日，东坡先生馆阁中无事，就早早地归家了。但子由在户部的差事却很繁忙，常常是忙到很晚才回家。东坡就利用这段时间作了一首诗：急景归来早，穷阴晚不开。倾杯不能饮，留待卯君来。（《出局偶书》）
突然间，东坡先生又想起了在彭城时，王定国来访，留他住了十多天。王定国要回南都了，当时子由在南都作宋州的幕僚官，定国临走让东坡给弟弟写封家书，但是东坡先生自己已经醉得不省人事，无法写信了。只得临时写下一首绝句交给定国带走：王郎西去路漫漫，野店无人霜月寒。泪尽粉笺书不得，凭君送与卯君看。（《王定国自彭城往南都，时子由在宋幕，求家书》）
“卯君”是弟弟子由的小名，东坡先生觉得，虽然兄弟俩这时候能官居一处的处境已经远比彭城时期优越了，但终归不如兄弟俩一同归隐林下，夜雨对床侃侃而谈该多好呢！
太师林概之子、林希弟、右司郎中林旦（字次中）从李公麟处得到了《归去来》与《阳关》二图，苏东坡见到了李公麟集诸家之长，得其大成，师法自然，大胆创新，自成一家的大手笔极为仰慕。加之自己对于《阳关三叠》的理解，于是苏东坡在李公麟的两幅画作之后分别作了《阳关曲》一首。
东坡所知的《阳关曲》是把全曲共分三大段，用一个基本曲调将原诗反复咏唱三遍，故又称“阳关三叠”。这首感人至深的古曲，是我国古代音乐作品中难得的精品，千百年来被人们广为传唱，有着旺盛的艺术生命力。
只可惜，到了宋代，《阳关三叠》的曲谱便已失传了。东坡先生经过认真地考证，最终得出了此调第一句“引词”不需叠唱的结论。
“龙眠独识殷勤处，画出阳关意外声。”、“为君翻作归来引，不学阳关空断肠。”东坡先生所作的这两首《阳关曲》，后世的清朝大学士纪晓岚读后评论道：
二诗皆有风韵，入之《渔洋集》（清朝王士祯撰写的一部作品）中，迨不可别。乃知东坡非不能为此种，特不以此种为安身立命处耳！