在遥远的未来，地球生态经历了翻天覆地的剧变。陆地被海水大面积淹没，曾经繁华的都市只剩下残垣断壁，沉没在幽深的海底。人类为了生存，纷纷迁移至海底的巨大城市，这些城市由透明的穹顶笼罩，依靠先进的科技模拟出陆地的环境。
在海底城市新亚特兰蒂斯，生活着一位名叫艾丽的年轻女孩。她身形苗条，一头海藻般的绿色长发在水中轻盈飘荡，眼眸如同澄澈的海水，透着对海洋的热爱与好奇。艾丽的父母都是杰出的海洋生物学家，在她年幼时，因执行一项危险的科研任务，深入神秘的深海区域后便再也没有回来。自那以后，艾丽便立志继承父母的遗志，投身海洋研究，探寻深海的奥秘。
艾丽在海洋研究院担任助手，每日协助科学家们分析海洋样本、监测海洋生态数据。一天，她在整理一批从深海热液区采集回来的样本时，发现了一种从未见过的珊瑚碎片。这碎片散发着奇异的微光，光芒中似乎蕴含着某种神秘的信息。艾丽好奇心顿起，她通过研究院的高科技设备，对碎片进行了更深入的检测。
检测结果让她大吃一惊，这种珊瑚的基因序列与已知的所有海洋生物都截然不同，而且它似乎具有一种特殊的能量波动，能够与周围的海水产生共鸣，净化海水里的有害物质。艾丽意识到，这可能是拯救日益恶化的海洋生态的关键。然而，当她将这一发现上报给研究院领导时，却遭到了质疑与反对。领导们认为，仅凭一块碎片不足以证明其价值，且深入未知的深海区域去寻找更多这种珊瑚太过危险，研究院目前的资源应集中在已有的科研项目上。
艾丽并未因此而气馁，她决定瞒着众人，独自踏上寻找神秘珊瑚的征程。她偷偷改装了一艘小型潜水艇，装上了最先进的探测设备和防护装置，还带上了父母留下的研究笔记，里面记录着一些尚未公开的深海探索路线。一切准备就绪后，艾丽驾驶着潜水艇，缓缓驶出了新亚特兰蒂斯的保护罩，向着深海进发。
随着潜水艇不断下潜，周围的光线越来越暗，水压也越来越大。深海的世界宛如另一个星球，奇异的生物在黑暗中闪烁着荧光，巨大的水压使得一些生物的外形变得扭曲而奇特。艾丽小心翼翼地操控着潜水艇，按照笔记上的线索，朝着疑似珊瑚生长的区域前进。
终于，她抵达了一片神秘的海域。这里的水温极高，热液从海底的裂缝中喷涌而出，形成了如梦如幻的“黑烟囱”景观。在热液区周围，艾丽惊喜地发现了大片散发着微光的珊瑚礁，正是她苦苦寻找的神秘珊瑚。这些珊瑚形态各异，有的像绽放的花朵，有的像蜿蜒的树枝，它们的光芒交织在一起，照亮了周围一小片海域。
艾丽兴奋地穿上潜水服，准备出舱采集珊瑚样本。可就在她打开舱门的瞬间，一股强大的暗流袭来，将她和潜水艇猛地冲散。艾丽在水中奋力挣扎，试图游回潜水艇，但暗流太过凶猛，她的身体不断被冲击着，氧气也在快速消耗。就在她感到绝望之时，一只巨大的、形如章鱼的智慧生物缓缓游了过来。这只生物的眼睛闪烁着柔和的蓝光，它似乎察觉到了艾丽的困境，伸出一条柔软的触手，轻轻缠住艾丽，将她带回到潜水艇旁。
艾丽惊魂未定，她感激地看着这只神秘生物，心中涌起一股奇妙的感觉，仿佛彼此之间能够心灵相通。她意识到，这可能是深海中一种古老而神秘的存在，守护着这片海域。在神秘生物的陪伴下，艾丽顺利采集到了足够的珊瑚样本。
当她准备返回新亚特兰蒂斯时，却发现潜水艇的导航系统因刚才的冲击损坏了，她迷失在了茫茫深海之中。艾丽心急如焚，但她没有慌乱，她想起父母笔记中提到的一些辨别方向的方法，结合潜水艇剩余的能源，开始尝试手动导航。
一路上，她遭遇了各种危险，有饥饿的深海掠食者的追击，还有海底地震引发的小型海啸。但凭借着坚强的意志和从父母那里学到的知识，艾丽一次次化险为夷。终于，在氧气即将耗尽的最后一刻，她看到了新亚特兰蒂斯那熟悉的穹顶光芒。
回到城市后，艾丽将采集到的珊瑚样本公之于众，引起了巨大的轰动。科学家们对珊瑚进行深入研究，成功提取出了能够净化海水的关键物质，并研发出了大规模修复海洋生态的技术。在艾丽的努力下，海洋生态逐渐好转，曾经死寂的海域又重新焕发出勃勃生机。
而艾丽并没有停下脚步，她成为了一名备受尊敬的海洋守护者，与那只神秘的深海生物一起，继续探索着深海的未知，守护着这片蔚蓝家园。她知道，未来的路还很长，还有更多的奥秘等待她去揭开，而她将带着那束来自深海的微光，照亮人类与海洋和谐共生的前行之路。