三方混战最后以{暴食}被捕获、新国皇子手下失去一条手臂、其他人不同程度轻伤结束，爱德华在火车站送别了女主，发誓以后绝不会再让她因伤心而流泪。
{嫉妒}那边捕获了{人柱}备选马尔科医生，医生推测出了七宗罪组织的目的。
【你们是要利用这个国家和所有国民做一个巨大的炼成阵，用来制造{贤者之石}对吧？】
【不对哦……但很接近了。】
{嫉妒}并没有否认{炼成全体国民}这个猜测——他用马尔科也是主角所在村子的人们威胁他入伙：【你们人类，理智总是战胜不了感情，就像我之前杀掉的某个男人，变成老婆的样子，他就下不了手了……】
大和敢助恼火道：“这群不把人命当一回事的{人造人}……”
“现在我倒是能猜测出之前那位中校为什么会被{嫉妒}灭口了，”诸伏高明摸了摸下巴：“他拿的是4大边境发生异动的报告，那应该就是七宗罪在准备炼金阵搞出来的事件……而{x}伤疤的男人不是真正的敌人，而是被人造人设计毁掉的国家的遗民。”
“他到处捕杀高级炼金术师，可能是在报灭国之仇，也有可能是在破坏七宗罪的计划。”
……
主角团本来是想从{暴食}身上找出些情报，但对方看见杀死{色欲}的罗伊上校后突然暴走，战斗中将新国皇子、爱德华和{嫉妒}吞入胸前裂开的巨大嘴中。
在封闭的空间中，柯南声线的反派{嫉妒}告诉了他们此地的真相——{暴食}腹中的空间是{父亲}研究{真理之门}制造出来的粗劣仿冒品，可以视为{现实的夹缝}。
在这种绝望的情境下，{嫉妒}也公开了自己的罪孽——他之前假扮成国家的高级军官、在伊修瓦尔杀害了无辜的孩子，从而让反对战争的军官被送上军事法庭处死……
——也就是说，他是激起那场战争、以及造成女主父母死亡的元凶。
愤怒中，爱德华出手攻击{嫉妒}，而对方也化为真身——一只从下巴到肩膀长满了密密麻麻人脸的巨大蜥蜴形兽类。
在异空间内发生战争的同时，外面的阿尔说动了头脑简单的{暴食}，前往面见{父亲}。
而爱德华被{嫉妒}吞入腹中、看见{贤者之石}周围环绕的怨灵，回想起了曾经在{一夜之间毁灭的克赛尔克赛斯}遗迹里见过的人体炼成阵。
“这样看来，那个国家应该就是上一个被{炼成}的国家了，而现在流传在世间的{贤者之石}，估计都是那些国民的……”
柯南说不下去了：“唉，真是，为什么要用我的声线配{嫉妒}这种恶心的反派啊……”
“但是，那些国民的灵魂好像还{活着}，”灰原哀看着大总统回忆里接受实验的场景：“他们似乎仍然在{贤者之石}中，而人造人们可能就是{能成功在实验里把自己血液转变成贤者之石的人}。”
……
少年时期的大总统看着上一个人的血滴落在地、化为固态的红色宝石，然后被绑在床上，看着镶嵌了金色假牙的医生将一管石榴红的液体注入他的身体——在痛苦的煎熬过后，他成为了那唯一一个成功的实验体。
【贤者之石是包含众多人类灵魂的高能量体，进入人体会因排斥反应而在体内翻江倒海……其产生的破坏和修补反应会在原来的肉体死亡或者战胜贤者之石前不断反复……】
“……怎么看都是在说A药啊喂！”黑羽快斗虚起眼。
“只是折原凌结合两者的特点创造出的设定罢了。”浅川和树敷衍道。
……
【残存的只有一个灵魂和愤怒的感情，】大总统在被扣押的罗伊上校面前感叹道：【这灵魂是属于被变成贤者之石的某人、还是原本的自己，完全是不清楚的了。】
罗伊上校试图嘴遁：【既然您原本是人类，那么可以舍弃人造人的身份、以人类的身份活下去吧？】
【你要我恢复成人类？不可能，这个身体已经超越了人类，是远远优于人类的种类——我们也是有作为人造人的自尊心的。】
与此同时，爱德华收集齐了异空间里面刻画了壁画的石头：【这是一个人体炼成阵。】
一直在追逐所谓长生的皇子惊喜道：【难道是死者复生……】
【不，炼金术的本质是等价交换，所以不存在于世上的灵魂是不能用炼成来创造的……】
爱德华想到了一个奇异的主意——他要在这个空间自己炼成自己，也就是将自己分解后再重新构成。，从而通过真正的{真理之门}从虚假的空间脱身。
而在进行人体炼成之前，爱德华向{嫉妒}确认自己的猜测——他认为，克赛尔克赛斯的人民被炼成的幕后存在的黑手就是{父亲}，那个人肯定通过炼成得到了什么。
【获得了强大的力量、想要超越神明的……到底是谁？他是不是想要在这个国家再现那场悲剧？！】
{嫉妒}的身上，无数来自灭亡国家的人民的灵魂在悲鸣：【救救我，杀了我吧……】
{嫉妒}看着这些人脸：【他们的肉体和精神在很久之前就腐朽了，如今只是用来消费的能量，连自己曾经是什么样子都记不清了。】
“太悲惨了，”柯南叹息道：“这样被囚禁在利用他们的人的身体中、只是作为要消耗的能量存在……”
……
{嫉妒}将一小块{贤者之石}交给爱德华当做开门的{费用}——人体炼成特有的巨大眼睛睁开，众人的身体开始分解……
【精神连接着灵魂与肉体，只要跟随门后我的肉体的引导……】
——时隔多年，爱德华再次来到了{真理之门}纯白的空间，看见了拥有自己一手一足的无形小人。
【欸，不是来取回手和脚的吗？】
但他真正落地后，小人却不在那里——对面是另一个人的{真理之门}，门前坐着的正是阿尔的身体。
爱德华下意识向对方冲过去，但他身后自己的{真理之门}里伸出无数黑色的小手，将其拖向黑暗。
【你不是我的灵魂。】{阿尔}站在原地没有动弹。
【阿尔冯斯！】爱德华以意志扒住了要关闭的门的边框：【我一定会来接你的！】
他伸出手指指向对方：【你等着啊！等着——】
紧跟着的27集是总结篇，回忆了一遍前面的剧情后，名为霍恩海姆的不老的男人从长梦中醒来，似乎下定了什么决心。
“真想知道这一切的真相究竟是什么啊，”黑羽快斗感叹道：“还有大总统回忆里那个很像霍恩海姆的{父亲}的人影，究竟和他本人有什么关系呢？”