伊犁河谷对于大明的重要性是不言而喻的，伊犁河谷北、东、南三面环山，北面有西北——东南走向的科古尔琴山、婆罗科努山；南有东北——西南走向的哈尔克他乌山和那拉提山；中部还有乌孙山、阿吾拉勒山等横亘，使得伊犁河谷成为整个西域最湿润的地方。
夏季丰富的降水和春季天山融雪使伊犁河谷不仅水源丰富，而且丰水时间很长。在伊犁河谷的平原地带，河流两岸平整的冲积平原为农业的发展提供了良好的条件，要是能够控制伊犁河谷并且在此地屯垦的话就能够解决西域驻军的粮食问题，同时从伊犁河谷出发，可以直接南下，消灭西域南部的这些政权，将和田、喀什等地收入大明囊中，彻底解决西域问题，对于大明来说自然是极为重要的。
同时朱载坖在和吴兑、李成梁等人商量之后也都认为，对于卫拉特四部，大明和他们是必有一战的，如果大明不把他们打服的话，对于日后大明在西域的管理也是极为不便的，所以必须要和卫拉特部在西域打一场，让他们明白大明官军的实力，才能够保证西域的稳定，同时使得大明的军威震慑西域，这点是非常之重要的，在朱载坖的密旨到了轮台之后，李成梁当即率兵前往玛纳斯，整顿兵马，兵锋直指伊犁河谷。
而卫拉特部在得知官军开始集结之后，也开始商量起对策来了，对于他们来说，这次官军的大举进攻无疑是对他们的极大挑衅，他们认为卫拉特四部加起来十万之众，官军太看不起他们，李成梁、麻贵等人在玛纳斯不过五万人，而官军的尖哨开始继续向西查探，有窥伺乌苏等地的想法。
乌苏原本为和硕特部落之领地，蒙古语“库尔喀拉乌苏”，为“雪地黑水”之意。官军一旦跨过乌苏，伊犁河谷就暴露在官军的兵锋之下了，挡在官军面前的就只有精河了，所以对于官军的这个举动，卫拉特四部是极为重视的，不仅仅是和硕特部的住牧地问题，更加重要的是准噶尔部的住牧地也不安全了，这点他们是很清楚的，所以准噶尔、和硕特、杜尔伯特等部准备组成联军对抗官军。
而朱载坖也在进行着外交上的斡旋，朱载坖这次的主要对象是喀尔喀部，大明和喀尔喀部其实是没有什么直接的关系的，由于喀尔喀部居住在漠北，和大明确实是没有什么直接的交往，但是在俺答封贡之后，很多大明的物资通过土默特部被贩卖到喀尔喀部，而现在喀尔喀部的首领阿巴岱汗则是一个笃信格鲁派的人，在其倡导下，佛教迅速在外喀尔喀传播。这点对于大明来说是很有利的。
朱载坖通过顺义王和大宝法王联络喀尔喀部，对喀尔喀部予以招抚，希望喀尔喀部成为大明北部边疆的藩篱，这点是非常之重要的，土默特部和喀尔喀部的关系是相对比较密切的，因为他们同出于鞑靼部，鞑靼在大致上等于漠南蒙古加上漠北蒙古，是蒙古核心势力所在，绝对信仰成吉思汗，绝对响应黄金家族统治，也是历史上“北元”的真正势力范围，中兴之主达延汗、与明修睦的俺答汗包括现在在京师的图们汗都是鞑靼出身，这些首领之间都是亲戚，如顺义王和阿巴岱汗就都是达延汗的子孙，再加上阿巴岱汗现在也信奉格鲁派，朱载坖认为至少是可以接触的，同时喀尔喀部和卫拉特之间的关系也很密切，通过喀尔喀部对卫拉特部加以制衡，也是一见好事。
而在西域，李成梁已经厉兵秣马，准备西进，卫拉特四部也在调集援军和官军大战，李成梁的尖哨也已经放出去二百里了，这次卫拉特部公推准噶尔部的首领哈喇忽剌指挥联军，因为他是卫拉特部中的成名已久的战将，在抵御喀尔喀部的战斗中颇有战功，被卫拉特四部所推崇，在这种情况之下，这次的联军自然是由他所指挥。
卫拉特四部联军近八万，浩浩荡荡的集结而来，李成梁当然也知道卫拉特部来势汹汹，不过李成梁并不是怎么担心他们，他率军驻守玛纳斯河，同时派遣尖哨查探蒙古人的情况，按兵不动，准备以逸待劳，李成梁对于蒙古人还是很了解的，虽然他们拼凑了八万大军，但是四部之间并没有那么团结。
和硕特部已经被官军打怕了，肯定是不愿再和官军交战的，而准噶尔等部兵锋正锐，他们没有和官军交战过，同时为了保卫伊犁河谷，他们肯定是要采取更加积极的态度，而且蒙古人虽然有八万之众，但是其中精锐不多，步骑混杂，后勤也难以维系，李成梁所部毕竟有大明倾西北数省之力的轮输转运，在粮秣上是要好很多的，所以李成梁决定就按兵不动，看卫拉特部怎么应对。
卫拉特大军在精河集结之后，商讨下一步的行动，精河是原察合台汗国的属地，成吉思汗完成西征大业，把天山南北路以及阿姆河、锡尔河之间的大片土地分封给次子察合台，精河为察合台封地。后来瓦剌西迁，夺取了精河，现在是准噶尔部的住牧地。
对于下一步的行动，四部之间的看法是不一致的，和硕特部的看法是大军就在此地等候官军进攻，但是显然准噶尔部和杜尔伯特部并不是这么想的，他们认为应该主动出击，现在蒙古人和官军的距离大约是六百里，中间最重要的据点就是扎尔马图水也就是后世的奎屯河，准噶尔部认为，蒙古人应该进占此处，然后在查看官军的动向，将蒙古人和官军的距离拉近到二百里，这样可以更大程度的威胁官军在玛纳斯的屯田，逼迫官军主动出击。
在准噶尔等部的坚持下，蒙古人继续东行，准备进占奎屯河。