朱载坖认为对于蒙古人，要利用好宗教这个武器，用宗教和经济手段对于喀尔喀部、卫拉特部予以拉拢，统治，当然，军事手段也是必不可少的，对于蒙古诸部，大明必须要展示自己强大的武力，在官军的武力支持下推动这些政策。不过武力手段的作用相对降低，而宗教和经济手段的作用相对上升，这点是朝廷经略蒙古的原则。
朱载坖认为，打服蒙古是第一步，武力威慑自然是需要的，但是在武力威慑之后，经济和宗教等手段也应该立即跟上，同时加强对于这些地区的管理，朱载坖要求将办事大臣制度化，在外边以及藩篱属夷地区，都要设立相应的办事大臣，加强朝廷对于这些地方的管理，尤其是外交和边防，是办事大臣主要要关注的事情。
现在朝廷所设立的云中办事大臣，就是为了加强对于土默特部的管辖，而朱载坖所要求设立的科布多办事大臣，则是要巩固大明的西北边疆，加强对于卫拉特部的管理，现在的情况是杜尔伯特部游牧于额尔齐斯河、鄂毕河上游和阿尔泰山西麓地区；准噶尔部游牧于巴尔喀什湖南部、伊犁河流域；土尔扈特部游牧于额尔齐斯河上游、斋桑泊以南和天山北路塔尔巴哈台地区；和硕特部原游牧于乌鲁木齐一带，现在已经北迁。
朱载坖认为，卫拉特部日后的住牧地主要是在现在土尔扈特、杜尔伯特等部的住牧地，守卫额尔齐斯河、巴尔喀什湖和阿尔泰山等地，成为大明西部和西北藩篱，同时这些蒙古人也要成为大明抵御回教渗透的堡垒，朱载坖对于回教一向是极为防范的，现在回教在西域传播，使得朱载坖认为必须要采取措施了，所以朱载坖准备支持格鲁派，同时利用格鲁派加强对于蒙古的控制，抵御回教的渗透。
朱载坖认为，要将乌斯藏和蒙古统一经略，这样才能够加强朝廷对于西部边疆的控制，之前索南加措就曾经上疏朱载坖，陈奏过现在格鲁派的困境，虽然格鲁派现在的发展是很快的，格鲁派在乌斯藏地区得到迅速传播，特别是格鲁派建立其所属寺院之后，教派规模逐渐形成庞大的寺院集团，其势力也不再局限于乌斯藏地区，而已远及阿里、青海等地。格鲁派的急速发展引起了噶玛噶举派和藏巴汗的仇视，现在乌斯藏内部的斗争也是极为激烈的，后藏贵族支持的红帽噶玛派与经过巧妙策划联合贵族订立联盟的黄帽格鲁派之间的对抗。
为了消灭格鲁派，藏巴汗与噶玛噶举派联合康区的白利土司等结成反格鲁派联盟，共同对付格鲁派，使格鲁派陷入极大的困境之中。所以格鲁派希望大明对于格鲁派予以支持，这点朱载坖是认同的，朱载坖一向支持格鲁派，利用格鲁派的传播加强大明对于这些边疆地区的控制，以护持佛法之名，行笼络人心之实，将宗教权威与皇权结合在一起。这是朱载坖之前一直想做的。
之前索南加措在世的时候，曾经向朱载坖上疏，请求为朱载坖上尊号为文殊菩萨大皇帝，但是被朱载坖所拒绝了，主要是由于众所周知的原因，朱载坖的父亲，也就是灵霄上清统雷元阳妙一飞玄真君、九天弘教普济生灵掌阴阳功过大道思仁紫极仙翁一阳真人元虚玄应开化伏魔忠孝帝君、天上大罗天仙紫极长生圣智昭灵统元证应玉虚总掌五雷大真人玄都境万寿帝君由于崇信道教，对于佛教一向是采取打击的态度。
而朱载坖即位之后，基本延续世宗皇帝的宗教政策，虽然朱载坖本人不崇信道教，但是朱载坖和天师府等的关系也是非常不错的，皇室和道教各门派的关系也是比较融洽的，接受这一尊号，和朱载坖一贯政策是不符的，更加重要的问题就是祖制的问题。
因为当年五世噶玛巴活佛前来南京为成祖的已故双亲还愿荐福时，太祖和孝慈马皇后分别被尊为文殊菩萨和度母的化身。而成祖和徐皇后被尊为曼殊室利和白度母的化身。朱载坖要是接受文殊菩萨大皇帝这个尊号的话，就有些哄堂大孝了，难不成朱载坖是重八哥的转世灵童吗？所以朱载坖是决不可能接受文殊菩萨大皇帝这一尊号的，这一尊号只能属于太祖皇帝。
但是现在朱载坖显然是要继续支持格鲁派的传播的，所以朱载坖对于格鲁派还是要予以扶持的，在和重臣们商量了之后，朱载坖决定给格鲁派活佛赐号万行且足十方最胜圆觉妙智慧善普应佑国演教如来大宝法王西天大善自在佛，领天下释教，以大明朝廷和皇帝上谕的形势对格鲁派活佛的宗教地位予以肯定，明确肯定格鲁派的地位，以朝廷的形式支持格鲁派在蒙藏地区的传播。
同时朱载坖命令礼部遣使前往土默特部对云丹嘉措予以册封，昭告天下，册封其为大宝法王，成为大明朝廷所支持的蒙藏地区活佛和宗教领袖，格鲁派也很快投桃报李，联合顺义王和土默特部各台吉、帕木竹巴等向朱载坖上疏，尊朱载坖为金刚手菩萨大皇帝，李皇后为多罗菩萨皇后，这次朱载坖没有拒绝，下旨予以接受。
金刚手菩萨是藏传佛教中的一种重要菩萨，其称号有时会被赋予给统治者或重要人物，以显示其拥有菩萨的功德和力量。在格鲁派教义之中，金刚手菩萨的形象被用于比喻统治者的权威和保护力量，而多罗菩萨则是绿度母的称号，因其产生于大悲观世音菩萨之目而来，又因度母是观世音菩萨化身的救苦求难的本尊，救济诸难，并将诸难送至彼岸，故而得救度之名。
朱载坖通过这种办法，加强了大明朝廷和格鲁派的联系，同时也利用格鲁派加强对于蒙藏地区的控制。