朱载坖实施镇协体制，实际是为了加重总兵职权，因为在原本的营兵制中，总兵虽然是一镇长官，但是在之前的营兵制中，总兵是受到多方面的制衡的，朝廷为了防止总兵拥兵自重，开始并未明确指出总兵与副总兵、参将、游击之间的直接隶属关系。以宣府镇为例，总兵称镇守，驻地为宣府镇城，副总兵称协守，驻地在嘉靖时期由镇城改为永宁城，参将称分守于宣府各处。在此情况下，总兵与副总兵、参将、游击之间画地分守，互不统属，仅是在战时特殊情况下，总兵才有权节制以下诸将。
同时朝廷利用副总兵也就是副将制衡总兵，以宣府镇为例，朝廷给副总兵的职权是：“管镇守宣府等处地方，操练军队、固守城池、整饬器械、防御贼寇。有警即领挑选精兵，与镇守挂印总兵及巡抚都御史等官计议而行。”
在这种情况下，画地自守造成了严重的恶果，各处防御力量涣散，而总兵失去了对辖区内官军的管理权，仅在战时参将、游击等武将才听命于总兵，容易造成临阵之时各级将领遇事互相推诿，影响各地军队的调遣和协调性，最终导致防御不力，边疆失事的恶果。
所以朱载坖认为要提高总兵权力，也就是重将权，总兵、提督作为大将，对一镇或者是辖区防务负责，麾下各将俱授其节制，以军法治之，通过实施镇协体系，理顺了朝廷的指挥体制，使得九边战斗力得以加强，但是同时也存在一些弊端，而且现在这些弊端已经浮现出来了，朱载坖必须予以处理了。
首先就是在镇协体制下，各级将校有固定的辖区和信地，这并未脱离原本画地分守的窠臼，使得各镇之间的呼应不足，还有就是官军以镇为单位组织官军，各镇编制不同，人数、兵器不同，也是一个大问题，尤其是在朝廷要调发援军的时候，由于各镇仍旧是画地自守，导致调发援军相对不容易，往往是从各路东拼西凑，这样所调发出来的援军，还需要互相熟悉，才能够上战场。
李成梁就多次抱怨过此事，在给朱载坖的奏疏中，李成梁说道：“禁兵则恣睢，募召则乌合，征发则道敝，分戍则坐饥，弊殆久矣。力损于奔命，财匮于行粮，机失于迟误，而中外征发，闾里骚然，民心一摇，众怨交作，则摉诸远者不若求诸近矣。”
说白了，这是镇协体制天生的弊端，镇协体制实际上是脱胎于九边军镇而来，镇既是一个防区也是一个军事编制，一镇就是一个独立的作战单元，负责一定地域内的防御，如蓟镇、辽东镇的，镇是完备作战单元，由分守参将、协守副将和游击所组成，镇确实是具备独立作战的能力，但是镇的编设依托于边墙，主要也是为了防御，而且镇下各个单位就不再具备独立作战的能力了，所以一旦朝廷从各镇抽调援兵，就会出现一个十分怪异的现象。
这些援兵由哪些组成呢？一是各省镇的现役军队，这些士兵在调取后通过挑选和召募的方式补充原额以维持当地兵防，这些现役士兵很大一部分也是召募而来；二是临时雇佣士兵，主要是北直隶、山东、河南三地；三是西南地区的土司兵；四是现役及废闲军官，他们也是援兵的主要军官来源。调募的军队几乎遍及全国，距离远近不一，远及西南。所调军队编制繁杂，数目不一，多者六千，少者五百。完全按照各镇的情况决定，不成编制。
所以李成梁就曾经向朱载坖抱怨道：“以各省调兵详之，则宣大、山西为上，山东、浙直次之，江右又次之，川湖为缓。若以募兵地方言之，则辽东为上，蓟门次之，再则莫如宣大，腹里地方为缓。盖来太远则有奔波之虞，取弗精则有冗滥之病，糗糒不继则有脱巾之虞，安插未当则有弗戢之灾。故经画欲其可久，体制欲其有定，今为时尚暇，当豫为之区画，无俟既载而呼也。且各镇来援之将，十羊九牧，终属多端，且其名位各不相下，识略未必相符合，既不专分，又难一闻。其中有虚?恃气，嫉贤妒能者，亦不在少数，此而可期以同心戮力，共建犁庭之勋者乎？”
对于这些各镇调发来的援兵，即便是李成梁这样勋名素着，在军中颇有威信的大将，尚且感到头疼不已，一般的将领，那就更是难以驾驭了，这是镇协体制最大的弊端，所以李成梁在奏疏中请求多调京军，因为京军编制齐整，各兵种齐全，军官配置完整，各部之间平日也好配合，远远比各镇临时调发的援兵要好用。
现在为了西征的胜利，朱载坖自然是要满足李成梁的要求了，但是朱载坖对于镇协体制也确实是动了改革的心思，镇协体制原本就是过渡的，朱载坖当时使用镇协体制，主要是为了加强总兵、提督的军事职权，而现在这个目的已经达到了，对于朱载坖来说，镇协体制的弊端已经超过了他所带来的好处，那么就势必要对其进行改革了。
主要就是对于官军军队编制的调整，从防区制向营伍制变更，也就是将防区和军队分开，镇只是一个防区，并非官军的一级编制，同时重要就是统一边镇，现在官军有镇协、有都司、行都司、留守司等官军，他们各自有不同的编制，甚至镇协之间的编制也不统一，朱载坖要做的就是改定编制，统一官军的编制，使得官军更加灵活。
当然首先还是从京营、亲军诸位开始，对于朱载坖来说，首先就是要确定一个官军的基本编制，也就是能够独立遂行任务的体制，官军最大的问题就是两种编制，一种是平时组织训练的编制，另一种是战斗部队的编制。当要组建参战部队时需要打破原编制，将官兵重新组织到新的战斗编制中去。这是极为不利的。