之前为什么督抚能够对于手下的大将们随意指使，不仅仅是因为文贵武贱，更重要的是对于这些大将们来说，督抚们手上是握着他们的命门的，从某种意义上说，对于这些大将们来说，督抚们确实是有着生杀予夺的大权的，要知道所谓的总督巡抚，并不是名词，而是一个动词，从某种意义上来说，督抚、经略、督师等职务都只是一个差遣，并不是实际的官名。
所谓督抚等官，最开始只是一个临时差遣，到了后来成为大明的封疆大吏，而督抚等官员本质上是朝廷派出的钦差特使，只不过在权力上有所区别罢了，督抚和经略属于部院的外差，按照大明的制度，一般巡抚是以都察院右佥都御史和兵部、户部右侍郎兼任，总督是以右都御史、兵部尚书或者南京兵部尚书兼任，经略一般更加偏重军务，则是以兵部尚书充任，而督师则是内阁的外差，这些大员们到地方原本是为了统筹战事，并不是常设职务。
但是后来已经成为了常设职务，地方长官，他们对于地方文武的控制就越发的严格了。因为这些督抚大员们对于提督总兵是有着生杀予夺的权力的，督抚等官员，不仅仅是朝廷的封疆大吏，同时也是都察院的高级言官，这点是非常之重要，大明的言官权力极重，这些高级言官更是如此，他们的弹章对于这些提督、总兵来说绝对是致命的，朝廷的本意是授予这些督抚以都察院职务，来加强朝廷对于地方的监察。
但是实际情况就是这些督抚们所拥有的权力过重，他们所拥有的监察权实质上已经成为了对于总兵、提督的任命权，这是导致文武关系失衡的一个重要的因素，人事即政治，这点朱载坖还是很清楚的，朱载坖认为现在督抚对于提督总兵的职务任免上话语权过重，这就会导致藩镇化。
朱载坖要求制定督抚则例，将督抚的职权予以规定，尤其是督抚在人事权的作用要予以削弱，之前朝廷的文武不和的时候经常采用的做法是惩处武官或者将其调任，朱载坖认为嗣后涉及到文武不和的事情，必须要召集勋臣武将、参赞军务大臣和阁部重臣们一道商量在，这点是很重要的，
其实就是严格文武官员的任免权限，督抚等大员作为封疆大吏，他们的权威确实是应该得到保证，但是朝廷在人事上的权力同样要得到保证，对于各级文武官员，督抚等只有监察、弹劾，在得到朝廷授权或者紧急情况之下，可以予以停职等处分，但是必须要朝廷的命令之后才能够予以处理，这些都是朝廷的权力，这点是不容挑战的。
朱载坖要求将各级各级文武的任免权限予以上收，不仅仅是州县正印是朝廷命官，不能随意罢免，各级武官也同样是朝廷命官，不能随意予以罢黜，这点也是一样的，同时朱载坖还要求严密武官的调任制度，将各级武官也要和州县官员一样的实施到任制度，不能长期在一个地方任职、升迁，这就很容易导致出现出现武官集团。
朱载坖已经实施了武学制度，日后大部分的基层武官都是通过武学培训出来的，而中高级武官也要经常调回朝廷在国子武学予以培训，实施武官轮训制度，各镇各都司的各级武官，都要在一定年限之后予以调任，防止出现尾大不掉的情况，而对于督抚，则更多的是控制后勤和监察权，虽然朱载坖对于督抚的权力予以了限制，但是作为大明的封疆大吏，督抚仍然具备对于治下的文武官员进行弹劾、停职和监察的权力。
具体到武官上，督抚们可以对这些武官们实施监察，主要是对于武官的贪墨行为予以核查，核实军籍，管理军储和后勤，对于辖区内部武官的各种无法行为予以监察，纠劾，同时在紧急情况和得到朝廷授权之后可以直接对武官予以罢黜，送卫尉寺审断等措施，卫尉寺作为大明的军事司法机关，和大理寺一样，要履行作为司法机关的职能。
除此之外，朱载坖对于番将的问题还是采取了措施准备予以解决的，首先对于番将本身，他们勇敢善战，为大明立下了赫赫军功，有功必赏这是朱载坖的原则，不能因为要防范番将就对他们的军功视而不见，朱载坖认为对于这些立下了军功的番将，在赏赐和升迁上不能有所折扣，但是要加强对于这些番将的教育，他们往往缺乏教育，所以朱载坖决定将现在官军中的番将轮流选送武学中进行教育，通过这种方式加强番将的忠诚度。
同时实施轮换制度，将这些番将打散安置，任职，防止出现番将抱团，把持官军的情况，当然更重要的还是提升武学培训出来的军官的能力，这点也是非常之重要的，朱载坖命令从各级武学中抽调优秀军官，与京营等部的援军一道，前往西域、交趾和倭国等有战事的地方，通过实战轮换，从中发现有才能的军官，保证大明官军的指挥能力不下降。
除此之外，朱载坖觉得对于朝廷的机构予以改革，以适应现在朝廷的管理了，在之前朱载坖为了推行新政，设立了很多衙门，他们大多依附于六部存在，被视为一个临时衙门或者是六部的附属，在当时的情况之下，确实是可行的，但是随着实际情况的变化，现在这些原本作为临时机构的部门，他们的地位和作用已经和六部不想上下了，再冠以一个临时衙门的称号，似乎是不合理的，这点朱载坖是很清楚的。
随着实际情况的变化，原本的六部、都察院和各寺的体制已经不能满足朝廷的实际需求的，不仅仅朝廷的中央官署，各地方的官署也一样是如此，已经到了不得不改的时候了。