朱载坖当然也知道内阁的想法，说实话，现在的朝廷确实是不宽裕，倒并不是朝廷没钱，主要是向西域转运粮秣，实在是太痛苦，运费、损耗，在加上西域的道路不畅，对于朝廷来说，已经是勉力在维持了。
而且之前的旱灾波及面很广，使得朝廷的常平仓、备荒仓等仓储全部耗尽，现在朝廷也需要储备粮食，以防止再次出现灾情，而西北在之前的旱灾中受灾也不小，除了河套和陕南汉中等地之外，其余地方也都是受灾了，再加上西北的粮食产量本就不高，去年农业生产才刚刚恢复，朝廷根本没有太多的储备。
而大量的粮食也是往西域调运，地方州县官府已经多次上疏，认为这种事情是非常之危险的，现在西北各省的官府仓储不足，而却要供养近十万大军在千里之外征战，原本能够缓解西北粮食问题的河套，所产出的粮食也大批的调往了西域，能够接济陕甘等地的粮食本就不多了，这点是朱载坖作为皇帝必须要考虑的事情，西域固然是重要，但是陕甘的稳定也是很重要的。
陕甘是西域官军的后勤给养来源，所以陕甘必须稳定，这点是毋庸置疑的的，但是对于李成梁所提出来的增兵夺占乌鲁木齐，然后修建城池的看法，朱载坖是极为心动的，因为现在大明在西域所占领的据点中，除了哈密之外，其他地方的屯垦条件都不是很好。
以交河为例，位于天山东部的一个东西横置的形如橄榄状的山间盆地，四面环山。盆地西起阿拉山沟口，东至七角井峡谷西口，北部为博格达山山麓；南抵库鲁塔格山，所依靠的水源主要来源是冰川融水，西、北部的中高山区，是水资源的主要形成区，平原区降水极少，对地表水、地下水的补给意义不大，是水资源的散发区。要想在此地屯垦的话，要必须修建大量的坎儿井，才能够在平原上屯垦，而这样一来的话，工程是十分之浩大的，要想使得交河可以屯垦，朝廷要付出很大的努力才行。
庭州也是如此，庭州地势南高北低，由东南向西北倾斜，南部是天山山地，中部为广袤的冲积平原，北部为浩瀚的沙漠盆地，此区域为横亘南部的天山的北坡，习惯称之为“天山北坡”。东部为北塔山，地势南高北低，由东南向西北倾斜。而且原本唐之庭州所能够建立的起来的重要依托，河流来水减少，已经不能够支撑官军在此地的大规模屯垦了。
所以吴兑和李成梁上疏，请求将庭州搬迁到更加适合的地方去，朱载坖当然是很清楚水源对于西域的重要性，而整个庭州，绿洲和冰川面积小，数量有限，分布不均；均为内陆水系，一律由山地流向盆地，流程短，多数自然流失。冰川、积雪分布在南部的高山上，由于地处内陆干旱盆地区，河流均发源于高山，流失于盆地，为内陆河。河流流程短，水量小，除玛纳斯河在下游汇成玛纳斯湖外，其余都是无尾河。条件自然是极为不好的。
而在整个西域，最适合屯垦的自然是首推伊犁了，地跨准噶尔盆地南北两翼，地处天山山脉、阿尔泰山脉和准噶尔山地之间，主要由伊犁盆地、准噶尔盆地、塔额盆地和额尔齐斯河谷等地理区块组成。同时由于有冰川融水的补充，伊犁河流、湖泊众多，降水也较为丰沛，是整个西域当中环境最好的地方的。
而除此之外，就是乌鲁木齐了，所以能够拿下乌鲁木齐的话，对于朝廷来说是很重要的，李成梁在奏疏中也说的很明确，现在蒙古诸部迫于大明的压力已经有开始联合的迹象，李成梁建议先发制人，朱载坖于是要求李成梁详细上奏方略，同时对于西域蒙古部落的情况，朱载坖也开始予以了解了。
同时之前所搜集的各方面资料，现在瓦剌实行的是所谓的兀鲁斯制度，在这个制度下，由汗、大台吉、图什墨尔（蒙古语为“官吏”之意）等组成，处理有关鄂托克的重大事件；德墨齐，主管王府事务；札尔扈齐，负责司法；阿尔巴齐主管差贡事务；库图齐纳尔系承办汗或大台吉“一切蒙古包及搭支帐房之属”；札哈沁主管防守边界；乌鲁特主管铁匠、负责铸造兵器和各种器具；包齐那尔管理军营、枪炮等；宰桑，管理鄂托克，一般为世袭领主；宰桑下设达鲁噶、札萨固尔、德木齐、收楞额，分别负责管理官员、执政、监察、收税；鄂拓克，即原先的千户，它既是构成蒙古社会的基本经济单位，又是瓦剌的基本军事单位，又名“和硕”。
每个鄂托克由几个不等的爱马克组成，分管战争、防卫、行政、司法、征税等。而瓦剌的平民被称为阿寅勒牧户，负责向鄂拓克领主提供赋税、兵役，并处理内部纠纷、互济等事务。由此组成了瓦剌比较简单的统治机构。瓦剌的军制基本承袭古代漠北游牧民族的十进制军政合一组织，最小的单位是十人小队，选其中一人来指挥其他九人，名为牌子头或十户、什长。其上为百户，管九个牌子头，各有自己直辖小队。百户之上是千户,又其上是万户。百、千、万长的职位通常是世袭的。成年男丁，都被编入这种组织中服军役。
之前瓦剌在长时间发展中分化为准噶尔、杜尔伯特、和硕特、土尔扈特四大部以及依附于杜尔伯特的辉特部。形成了所谓的卫拉特联盟，也就是所谓的卫拉特蒙古，但是这只是一个松散的联盟，各部互不统属，各治其民，只是有大事时，才召开“丘尔干”大会商议。而在大会上，各部都有相同的发言权，并没有明显的高低之分。
这就是西域蒙古诸部的情况。