对于内阁在驾贴上副署用印一事，官员们反应是极为强烈的，对于内阁的这种行为，官员们认为这是赤裸裸的背叛，内阁毕竟也是整个官僚系统中的一部分，不管怎么说，以往的内阁在皇帝处分官员们时候多少都会站出来予以申救的，而这次内阁不但没有申救，而且在逮捕官员的驾贴上用印副署，内阁的屁股坐到了哪边可想而知。
这些官员们是不会体谅什么阁臣的苦衷的，尽管有一些官员们认为这些内阁辅臣们也许是有苦衷的，但是大部分的官员们是不管这些事情的，他们的想法就一个，你们这些内阁辅臣们咋就不敢和陛下干一架呢？官员们认为内阁是屈从于朱载坖了，这是要加以批判的，所以大小官员纷纷上疏弹劾内阁辅臣，认为内阁辅臣没有履行职责，应当予以罢黜。
对于这些奏疏，朱载坖没有任何表示，一律留中不发，而内阁辅臣们也很默契的并没有上疏予以辩解，内阁和皇帝君臣之间已经达成了默契，这些官员们的上疏没有对朱载坖和阁臣们产生任何影响，这就使得官员们更加确定，内阁已经和朱载坖勾搭在一起了，上疏弹劾内阁辅臣们就更多了。
而与之相应的是，在朝廷上讨论故相张居正和朝廷大计的声音反而小队减少了很多，这也是朱载坖的转移朝廷矛盾的一个办法，通过这个办法，朱载坖成功的将大部分的矛盾转移到了内阁和朝臣们身上了，而对于张居正的弹劾就少了很多。
朱载坖挑动群众斗群众的权术现在是越来越炉火纯青了，直追嘉靖了，不过朱载坖现在并没有管这些事情，朱载坖很清楚，这只是暂时将矛盾转移罢了，等到此事的风波过去之后，他们还是会揪住此事不放的，朱载坖先和朱翊釴两人商量此事。
父子两人正在讨论的是余懋学的奏疏，虽然朱载坖将余懋学下诏狱了，但是余懋学的奏疏还是和其他人的奏疏有一些不同的，余懋学的奏疏中还是有一些可取之处的，余懋学在奏疏中说道：“近中外臣僚或大臣交攻，或言官相讦，始以自用之私，终之好胜之习。好胜不已，必致忿争，忿争不已，必致党比。唐之牛、李，宋之洛、蜀，其初岂不由一言之相失哉？是为竞胜。佞谀成风，日以浸甚。言及大臣，则等之伊、傅；言及边帅，则拟以方、召；言及中官，则夸吕、张复出；言及外吏，则颂卓、鲁重生。非藉结欢，即因邀赂，是为佞谀。国家设官，各有常职。近两京大臣，务建白以为名高，侵职掌而听民讼。长告讦之风，失具瞻之体，是为乖戾。”
余懋学在弹劾张居正的过程中指出了十个方面的问题，朱载坖认为其中三个方面还是有一些意义的，当然他对于张居正、潘季驯等人的弹劾，更多的是出于私人恩怨，这也是朱载坖将其下诏狱的主要原因，针对这个问题朱载坖还是要朱翊釴商量的，毕竟他是储君，很多事情他们父子要保持一致。
朱载坖就此事询问朱翊釴的看法，朱翊釴认为现在弹劾张居正的奏疏是越来越多，如陕西道御史杨四知就上疏弹劾张居正十四条罪状，指责张居正贪滥僭奢，招权树党，忘亲欺君，蔽主殃民，有欺君、蔽主、借奢、专权、树党等十四大罪，朱载坖当然不跟他客气了，直接请他西冰库大酒店雅间一位，对于这些人，朱载坖的态度是十分明确的，就是要严厉打击的。
朱翊釴则是认为是否还是要考虑朝廷的稳定，张居正对于朝廷的功劳，朱翊釴当然是很清楚的，但是张居正性格上的一些缺点确实是为人所诟病，张居正天性刻薄，气量狭小，这也是朝廷所公认的，作为徐阶的得意门生，在玩弄权术这方面，张居正确实是得了徐阶的真传，工于心计，而且善于使用权谋，同时和徐阶一样，记性很好，所以得罪了张居正的，往往遭到张居正的报复，这点确实是不假的，张居正在嘉靖年间见到的都是严嵩、徐阶的激烈斗争，往往置人于死地，所以张居正也是如此。
虽然朱翊釴对于这些是有些看法的，他认为张居正在执政过程中确实是有些瑕疵的，虽然是瑕不掩瑜，但是现在满朝汹汹，议论纷纷，可以对于张居正的恤典予以减杀，暂且使得朝廷安定下来，但是朱翊釴的这个想法被朱载坖所拒绝了，朱载坖认为对于这些官员不能够退让，一旦朝廷有所退让的话，这些官员们肯定的得寸进尺的，朱载坖对于这些官员们套路还是很清楚的。
朱载坖的态度是很明确的，在这个问题，朱载坖是绝对不会有所让步的，因为朱载坖很清楚，一旦朝廷所有让步的话，就是对于张居正的否定，甚至有可能进一步动摇隆庆新政，这点是朱载坖所不能接受的，张居正的执政，确实是有各种各样的问题，甚至于张居正本人，也绝对算不上什么善男信女，但是张居正为大明确实是兢兢业业，这点是不可否认的。
朱载坖拿出了一份奏疏，是张居正的同科王世贞的密疏，王世贞和张居正的按理说是有些过节的，但是在王世贞的密疏中，王世贞明确说道：“张居正以是选择大吏精悍者，严行督责，赋以时起，而富民不胜菙朴，则相率而归怨居正。国家日益以富，富户多担赋税，是故士绅对衔怨于居正也。居正之为政，大约以尊主权，课吏实，信赏罚，一号令，万里之外，朝下而夕奉行，如疾雷迅风，无所不披靡。此不可泯灭也。”
朱载坖将王世贞的密疏给朱翊釴，叫他仔细翻阅，作为张居正的同科，同时曾经也是张居正的密友，后来又反目成仇的人，王世贞对于张居正的还是比较了解的，并且评价也还算客观。