这些事情，朱载坖都是让朱翊釴在一旁旁听的，因为很多构想朱载坖未必能够实现，这就需要朱翊釴来继承朱载坖的意志，继续的加以实现了，这点朱翊釴是很清楚的，朱载坖现在对于辽东的兵防仍旧是不太满意的。
按照朱载坖的想法，整个辽东的兵防，应该在北部以小兴安岭，地势险要、森林茂密，与长白山山脉相互依托，形成天然防御屏障。而在西部靠近蒙古的方向上，由努鲁儿虎山、松岭、医巫闾山等山脉组成的山地，地势起伏较大，对于骑兵有天然的阻碍作用。
如果大明能够将这些山脉都予以占领并且加以守卫的话，对于大明东北的边防将会是极为有利的，因为如果将这些山脉都占领的话，除大兴安岭中段宽四百里，地势相对平坦，便于游牧民族的骑兵穿越之外，整个东北平原都在山脉的天然保护之下，对于大明来说，这四百里完全可以修工事加以防御。
而整个东北平原由松嫩平原、辽河平原和三江平原组成，交通便捷，为大兵团的集结、疏散与大范围机动提供了广阔空间。朝廷可以将东北的官军进行纵深部署，因为这里一旦外围防线被突破，敌军容易向纵深推进。区域内河流、湖泊、沼泽众多，黑龙江、松花江等河流，兴凯湖、镜泊湖等湖泊，以及主要分布在三江平原的沼泽，构成复杂的地理环境。南部的黄海和渤海海域广阔，海上也是要进行重点防御的地方。
但是现在大明仅仅控制了吉林，对于辽阔的东北，还远远谈不上绝对控制，所以朱载坖将官军的防御重点放在了松原卫和沿松花江一线，不过等到大明能够在吉林站稳脚跟之后，自然是会继续北上，将松花江、黑龙江流域收入囊中，同时将这些有利于防御的山脉予以占领，保证朝廷东北方面的安全。
朱载坖对朱翊釴说道：“这些事情，太子要放在心上才是！”朱翊釴点心记下此事，而朱载坖则是将目光转移到西北，指向兰州府，这里是中原与西北边疆的纽带，东望盛夏积雪不化的马衔山，南靠雄伟的皋兰山，北临黄河，向西可深入西域，是朝廷在西北重要的据点，只要控制住兰州和河西走廊，朝廷就可以借此机会经略西域了。
而西北最重要的战略枢纽则是西安府，其位于关中平原，地势东南高、西北低，南依秦岭、北临渭河，西安以南的八百里秦岭横亘南北，成为关中、汉中的天然屏障，潼关、散关、斜谷、骆谷、子午谷、库谷、蓝田谷等均为中国战争史上着名的交通要道。是控扼川陕的交通要道。尤其是在秦岭与大巴山之间的安康，向南连接四川、重庆。四川盆地地势较低，被大巴山、巫山山脉环绕，气候湿润、土地肥沃，人口密集且经济发达，是联通关中和巴蜀的要地，也要予以重视。
而在西南，成都、重庆、云南等府的重要性自然是不言而喻，同时很重要的事情就是就是日后经略乌斯藏的时候，四川盆地和成都平原是朝廷经略乌斯藏的重要后方，不过要改善巴蜀的交通才是。
而在南方沿海，两广等地南北纵深广阔，地形以山地、丘陵为主前有高山、后有大水，在实施改土归流之后，对于朝廷来说，主要的威胁就来自于海上了，除了利用水师之外，还要加强对于珠江口的防御，巩固朝廷在沿海的守备。
除此之外，长江的江防也是极为重要的，两湖地区四周环山、中部为平原，位于江汉平原东部的武汉，自古便是扼守长江南北交通的咽喉，更是江防要地，朝廷必须控制武昌、九江、南京等江防要地，确保长江为朝廷所用。
通过朱载坖和戚继光、徐渭等人的讲解，太子大概对于大明的国防地理有所掌握了，而朱载坖也不仅仅是为了给太子尚可，而是要根据这个国防地理，对于大明的官军进行调整，首先当然是对于京畿兵防的重新调整。
第一是原蓟镇的调整，由于大明已经恢复了大宁等镇，使得蓟镇从沿边变为了内边，所以朱载坖下达诏命，将原蓟镇退出九边序列，京畿和九边彻底成为两个相对独立的兵防体系。
蓟镇退出九边之后，京畿的驻地兵防自然要予以重新调整，将蓟镇归直隶总督指挥，同时设立直隶提督，统帅蓟镇、真定镇、保定镇、昌平镇四镇，而直隶总督和直隶提督麾下的这四镇官军，主要作用是西援山西，东镇大宁，控扼京师，严守渤海，直隶提督麾下的四镇官军并非京畿守卫的主力，而是朝廷在九边东段所配置的一支预备队，除了负责渤海的海防之外，直隶提督麾下的四镇官军，主要负责支援宣大山西和大宁辽东等镇，作为朝廷在内边部署的一支机动力量，随时准备驰援宣大和辽东两个防区。
而在九边的西段，也对于原三边总制的防区予以调整，将现在边防压力不重的陕西、甘肃、青海等地划分为一个辖区，即陕甘总督辖区，撤销原三边总制，将大明的西北边防划分为两段，即相对靠东的陕甘总督辖区和专门负责经略西域的哈密经略和安西都护府辖区，恢复前唐安西都护府建制，由兵部尚书兼哈密经略领安西都护府大都护职务，提督哈密等处军务事领安西都护府副都护职务，专门负责朝廷的西域经略。
同时陕甘总督受兵部尚书经略哈密等处兼安西都护府大都护的节制，以保证大军的粮饷转运和援军调发。
而单独将宁夏镇独立出来，受朝廷直接指挥，作为朝廷在西北的一支机动力量，兼顾西北和山西，同时将原延绥、榆林两镇予以撤销，部分兵力加强给宁夏镇，剩余兵力归陕甘提督指挥节制。