对于冒籍，朝廷一向予以严厉打击的，因为冒籍是涉及到朝廷选官取士的大事，对于朝廷来说，这是非常严肃的事情，尤其是商人子弟的籍贯问题，确实是非常严重的事情，在孝宗朝以前，朝廷对于冒籍问题都是采取的严厉打击的态度，直到孝宗朝开始，对于商人子弟在附籍所在地参加科举的限制才开始松动。
嘉靖朝御史张轼就曾经上疏请求朝廷减轻对于冒籍参加科举的惩处，他在奏疏中说道：“立法不可以不严，待人不可以不恕，贵乎张弛得宜而轻重适均也。窃此冒籍等人，因多避难就易，欲希侥幸，然亦有因地里遥远盘费弗给而不能回者，有因从亲在外生长不识乡里而难以回者。是以冒籍乡试，以图出身，冀得升斗之粟，以为养亲之需，其初心不过如此，其所犯亦非甚重。今既问罪而不容会试，固为当矣，至若终身不许录用，则将终为罹罪之人，竟无自新之路，待人无乃未恕乎？”
他认为朝廷对于冒籍的处罚过于严厉了，朝廷对科举冒籍的顾虑出于唯恐各省原定解额被淆乱顶充，立法严惩的本意乃在维护社会公平公信，同时力求“人情事体两得便益”。但是在社会实际上，由于商人远途跋涉，贸迁贩易，其本人及子弟回原籍应试的困难更为突出。
所以说在嘉靖朝，朝廷颁布了对于附籍子弟参加科举考试的规定：“在彼寄住年久，置有田产家业，不愿还乡者，查照流民事例，行文原籍查勘明白，许令收造该州县册内，其不愿入籍者，就令还乡。”可以将这些有田产家业的商人收到相应州县的户籍内，其子弟也就可以正常的参加科举了，对于商人们来说，这似乎是朝廷的优待。
但是实际上对于这些商人子弟，在参加科举方面的限制仍然是很多的，总理盐政庞尚鹏就曾经上疏说过两淮盐商子弟在附籍参加科举中所所遭受的白眼。
庞尚鹏在奏疏中说道：“天下盐商聚集淮扬，子孙相继住居者亦不下数千家，二项俊秀子弟堪以教养者亦不少。虽旧例许其在附近州县儒学教养，但必有产业、户籍在州县者，方与起送，如无，则以冒籍黜之。稍有商灶子弟得入，则各学生员恐其占夺增廪之额，呈讦备至。初事章句，就试有司，或秦越视之，谓其户籍不隶州县也。同学诸生，亦复积嫌相忌，往往斥之不为伍。至于各省商人，占籍州县者凡数百家，有祖宗坟墓丘陇成行，已历数世，于此长子育孙，盖世为扬人矣。其间以儒为业者，土着之人辄群起而排之，视灶户犹特甚焉。故向往壮心强半销毁，遂以货殖世其家，而不能自拔于流俗之外。”
这些盐商子弟们在淮安府、扬州府参加科举，肯定是被当地的士绅们所排斥的，因为本来南直隶的科举竞争就十分之激烈，是大明公认的最不好考的地方之一，这些盐商子弟再参加科举，就会使得当地的考生更加难以出头，所以对于这些外来盐商子弟，他们自然是十分排斥的。
而让这些商人子弟们回到原籍去参加科举考试，也是一件很难的事情，不仅路远道艰，抛家舍业，且“故乡之人反得指而责之，谓其言语不相通，面貌不相习，又无产业之可考，群以冒籍攻击之，是进无所售，退无所容。”这确实是一个很麻烦的事情，朝廷现在要取消这些对于商人的歧视性措施，对于朝廷来说首先就要接受这些商人子弟参加科举的问题，因为现在这个问题已经在大明引起了很大的争论。
争论最大的当然是在淮扬两地，伴随山陕大贾纷纷南下向盐司所在地集中，此情此景在两淮等大量异籍盐商汇聚侨居府县尤为常见。而逐渐的在苏松、广州、天津等沿海的港口和商业发达城市，这种情况也开始突出起来了，对于这些问题，朝廷确实是要加以解决的，否则的话，就谈不上对于商人平等对待，但是科举牵涉到朝廷取士，这是非常之严肃的问题，南北榜案就是现例子，所以朱载坖也不得不非常之谨慎。
在下达了四民平等诏之后，朱载坖首先命令翰林院就对于匠籍和商人的相关措施予以整理，颁布诏令废除班匠银，对于工匠不再实施严格的管理，但是有关军器、工程、朝廷机要的工匠不再此列，这些工匠仍旧要接受朝廷的严格管理，但是要提升他们的待遇，各处的军匠，要按照他们的技术，发给高于官军普通士卒军饷的工食银，同时照镇协官军保障他们的口粮的，参照现在军器监、内官监工匠的管理制度制定相应的管理制度。
而对于商人子弟的科举问题，朱载坖命令礼部和相关衙门商量出一个合理的办法，首辅张四维向朱载坖上了密疏，以盐商子弟的科举问题为例，提出了另立商籍，单独科举的办法。
张四维在密疏中称：“安商心要于安商业，而储国课尤在储国材。臣谨查，淮扬、长芦等盐场行盐商人子弟，俱附籍应试，取有额例，惟两浙商籍子弟岁科所取，不过二三人而止。浙地濒海最迩，煮贩十倍他所，取数若少，则遗珠可惜，回籍应试，则阻隔为忧。伏乞圣慈广作人之化，悯旅寄之劳，敕令在浙行盐商人子弟，凡岁科，提学使者按临取士，照杭州府、仁和、钱塘三学之数，另占籍贯，立额存例。庶商籍广而世无迁业，赋有常经矣。”
总理盐政庞尚鹏也以密疏上陈，建议在府州县学之外，为盐商子弟设立专门学校，他在比例建学养育人才以励风教疏中陈奏：“河东运司原无学校，及设儒学教养之后，人才彬彬辈出。而两淮运司商灶，比之河东，无虑数倍，人才未蒙教养，深为可惜。乞题请比照河东运司，建立儒学一所，设立学官考课诸生，属本司提调，科贡亦如各府故事。”