除了这些事情之外，科道言官们纷纷上疏，他们上疏的主要目的是认为徐渭在倭国权力过大，要予以限制，他们认为应该将安东都护府的属官予以完善，加强内部制约，这点朱载坖倒是同意的，于是召见了阁部重臣，商量此事。
朱载坖将科道的奏疏给重臣们看过之后说道：“科道所言，倒是确有必要的，诸位怎么看？”
首辅张居正也认为科道的奏疏很有必要，不仅仅是为了限制徐渭的权力，防止日后的都护府藩镇化，也是都护府现在权力结构所决定的，之前的安东都护府，仅仅是大明配置在倭国的一个军镇，主要任务是负责维护大明在倭国的利益，作为大明经略倭国的重要机构。安东都护的主要职责使命是偏向于军务的，但是随着大明深入介入倭国事务，现在安东都护府职能已经不仅仅局限于军务了，而是大明在倭国的重要派出机构。
虽然倭国名义上仍然是大明的属国，但是大明要通过安东都护府对倭国的方方面面予以管理，可以说日后的安东都护府就是大明的一级军政机构，权力相当于总督、巡抚加在一起，不仅仅有专征之权，还要管理地方民政，权力之重，可见一般。所以必须配置相应的属官，以负责大明在倭国的一应事务。
这点无论是朱载坖还是重臣们也都是明白的，所以朱载坖问道：“前唐所设都护府，其结构如何？”
有关这个问题，由新任东阁大学士罗万化负责为朱载坖解释，唐代都护府有大有小，都护府置都护、副都护、长史、司马等职，掌统诸蕃，抚慰征讨，叙功罚过。又置录事参军事、录事、诸曹参军事、参军事等，如州府之职。有大、上、中之分，大都护府由亲王遥领大都护，别置副大都护主府事。
朱载坖认为，安东都护府经略一国，职权自然是不小，要按照大都护府的建制来配置属官，前唐的所有都护府中，级别最高，建制最完善的自然是安西大都护府，是大唐在西域的最高政治军事机构其为维护大唐在西域的主权，都护府有着强大的军事实力，总管西域的军政事务，既是大唐在西域的最高行政机关，又是最高军事指挥机关。其机构完善，官有定员，职有专任，所有军事民政事务都有专门机构负责。
罗万化为朱载坖加以介绍，大都护府的长官大都护一人，是主管官，从二 品，是唐朝高品命官，其位仅次于三公，与尚书仆射同列，大都护职责明确，总揽军政，比之节度使的权力可到大多了。
而在大都护之下，有副大都护二人，从三品。副都护二人，正四品。都护府机关直属官员有长史，司马，录事参军各一人，录事二人，以及正七品级的功、仓、户、,兵、法等各曹参军各一人，主管机关日常事务及民政，赋税，军事，司法，人事，文秘等工作。这些是大都护府的本衙官员。
除了本衙官员之外，还有归大都护府管理的安西四镇节度使，他们的职责是抚宁西域。其安西节度使多由大都护兼任。节度使府署有节度使一人，副使一人，行军司马一人，刺官二人，掌书记一人，参军若干人，随军四人。各羁縻都督府、州，有自己的武装，其兵额不限，这也是大唐军队的组成部分，其主要任务是：平时镇守封疆，维持本地区社会秩序，一遇战事，则由安西、北庭两都护凭朝廷所颁\"天子信宝\"调遣，来参与战争。
可以说大都护府组织完备，文武兼备，确实是有非常完善的一套管理体系，但是大明也不可能照搬前唐的制度，朱载坖很清楚，按照前唐的这个制度，大都护的权力太重，有形成藩镇的风险，朱载坖在和重臣们商量之后，认为大都护本衙可以基本按照前唐大都护府的建制设置。
但是除了正二品的兵部尚书兼大都护之外，还要设立提督军务总兵官，作为整个都护府的最高军事统帅，其下设立各镇总兵，由提督负责指挥，在战时指挥权在提督手上，临敌作战，安靖地方等事务是提督的责任，原本的节度使自然是不可能保留的，取而代之的是各镇总兵官，但是总兵官仅仅是负责军务，并不负责民政事务，而且直接对提督负责。
除此之外，由于安东都护府还有实土卫所，还要设立一个安东都指挥使司负责管理这些卫所，在行政上由大都护管理，军务、训练上由提督军务总兵官管理。
而朝廷还要向安东大都护府派驻官员，以负责监察，除了和大明内地一样的巡按御史之外，还有负责粮秣、仓储的户部管粮郎中、管粮主事，由于大都护府的特殊性，原本应该由大理寺派出分司负责的刑狱工作，改由理藩院派出，负责对于属国的刑狱、外交工作。
同时还有和地方一样配置参议等官，一方面是作为大都护的幕僚，另一方向是作为都护府临时派遣分守、分巡等官之用，朱载坖命令吏部和都察院在选拔这些都护府属官的时候，要务必选拔德才兼备由年轻有为的官员，才能够担当重任。
新任吏部尚书杨巍向朱载坖推荐了枣强知县南宪仲，认为他就上任之后制定出关心百姓疾苦、兴利除弊的10项措施。主持修复旧县城，注意节支。为安定社会秩序，他严惩豪强，破获隐匿匪盗，审理疑难案件。已经连续三年考绩上等，理应予以拔擢，朱载坖命人将南宪仲的资料取来详细看过之后，特旨任命其为安东大都护府参议，负责大都护府的钱粮转运工作。
安东大都护府最重要的职能之一就是获取倭国的金银，所以不仅是户部要在倭国设立分司，少府监也要在倭国设立分支，负责倭国的货币流通兑换，金银转运等事宜。