但是对于内地的兵防，到底应该采取什么样的形式，却是大臣们争论的要点，主要问题就是在内地应该部署什么样的官军，现在大明的官军已经实施了两种体制，即镇协官军和卫所官军，镇协官军主要是在九边、京营、亲军诸卫、水师和沿边，是全脱产的官军，不管是武器装备还是训练水平和战斗力都是官军中最强的，而卫所官军不是全脱产的，只有部分士卒按照比例脱产，在武器装备、训练水平上是远远不如镇协官军的。
但是卫所官军相对便宜，首先是卫所有军屯，在朱载坖降低了军屯籽粒，清丈军屯土地之后，大明卫所的军屯得到了保障，现在卫所军屯的籽粒有地方官府负责征收，足够保障二分脱产士卒的军粮，而卫所官军的军饷，虽然也编入军费预算之中，但是主要是算在地方留存钱粮中的，对于朝廷财政的影响不大，除了沿边各省的卫所官军需要朝廷资助之外，其余各省卫所官军的军饷都是由地方承担的。
所以户部尚书王国光等人认为，内地毕竟不同于边镇，军事压力没有那么大，没有必要配置镇协官军，还是应该以卫所官军为主，毕竟这是祖制，卫所兵的战斗力是差了一点，但是又不是要他们去打北虏南倭，安靖地方足够了，王国光认为，把镇协官军的总员额压缩到六十万以下，节省朝廷的开支。
对于户部的这个意见，遭到了以戚继光为首的参赞军务大臣的反对，他们认为，朝廷是要减少在九边部署的镇协官军数量，但是并不意味着朝廷大幅度压缩官军编制，现在朝廷并不安定，东北的土蛮、西部的青藏和西域，西南的土司，还有倭国、西夷、南洋等各个方向上大明都要保持一定的兵力，裁减官军的话，会导致大明无法守卫现在疆土，所以他们坚决反对裁减官军员额。
而且戚继光还指出，内地也必须要有一支精锐之师，才能够保证朝廷对地方的控制，虽然地方的流寇、土匪等，看似战斗力不强，但是流寇善于运动，土匪往往都盘踞在地势险要的地方，对于地方来说，要剿灭这些人，仅仅依靠卫所官军和巡检司是不够的，他们疏于训练，缺乏武器装备，战斗意志不强，往往被他们击败，徒耗钱粮，而在地方维持一支规模不大但是训练有素的精干之师，就能够消弭祸患于萌芽之间，这才是最省钱的办法。
王国光作为户部尚书，还是坚持认为现在军费开支浩大，要裁减官军数量，用卫所官军部分替代镇协官军，减少军费开支。
朱载坖并没有立即发表意见，而是问道：“张师傅，申学士怎么看此事？”
张居正并没有就军额问题发表意见，而是提出一个更加尖锐的问题，张居正说道：“陛下，地方之兵加增，何以保朝廷之权？”
作为首辅，张居正看待问题肯定是要更加全面的，而张居正现在看到的这个问题，确实是无法回避的，朱载坖要求加强内地的兵防，以安定内地，那么朝廷部署在内地军队数量肯定是会增加的，这样会不会导致外重内轻的局面，这是张居正这个首辅要首先考虑的事情。
对于张居正所提出来的这个问题，由于太过于敏感，无论是戚继光还是王国光都不敢轻易开口，什么叫外重内轻，如果再往严重点说，就是藩镇之祸了，这点作为皇帝，肯定是极为忌讳的，见臣子们都不说话，朱载坖直接问道：“王本兵有什么说的吗？”
作为兵部尚书的王崇古，被朱载坖直接点名了之后，不得不站出来说道：“元翁所虑，确实是要重视的，然当年赵韩王所言，可以鉴之。”
在座的都是饱读经史的人，自然知道王崇古所说的是什么意思，当年宋太祖陈桥兵变之后，也深感忧虑，为此雪夜密访赵普，欲为国家建长久之策，而赵普的回答就很简单了，赵普答道：“陛下言及此，天地人神之福也。此非它故，方镇太重，君弱臣强而已。今欲治之，惟稍夺其权，制其钱粮，收其精兵，则天下自安矣。”
两宋基本上就按照赵普的这个规划进行的，对于地方予以严厉控制，所以朱熹就说过：“本朝鉴五代藩镇之弊，遂尽夺藩镇之权。兵也收了，财也收了，赏罚刑政，一切收了，州郡遂日就困弱。”
王崇古的意思很简单，要制衡地方，就可以按照赵普的这个办法来，但是朱载坖并不这么认为，现在的大明，对于地方的控制还是很严密的，朱载坖并不担心地方出现藩镇这样的事情，但是张居正所担忧的也不得不防。
对于地方，尤其是内地的兵防，朱载坖是认同戚继光的意见的，与其如维持一支庞大但是羸弱的官军，不如维持已经规模不大，但是相对精干的官军，将祸患消弭于未起之时，但是这支官军必须牢牢掌握在朝廷手中，杜绝地方势力的做大，这点也确实是必须要考虑的。
朱载坖思虑再三之后，对诸位重臣们问道：“如宋之更戍法，斟酌损益，以为今用，可乎？”
朱载坖所提到的更戍法，也是赵普的杰作，所谓更戍法，就是以禁军分驻京师与外郡，内外轮换，定期回驻京师，故称更戍法，但将领不随之调动，使“兵无常帅，帅无常师”。更戍禁军冠以驻泊、屯驻、就粮等名目。通常出戍京东、京西、河北、河东、陕西、江南、淮南、两浙、荆湖、川峡、广东等地屯驻，以三年为期轮换。
明面上的理由是使军队习山川劳苦，但是实际上的目的是防止将领拥兵自重，更戍法在这个方面是很成功的，但是却造成宋军兵不知将，将不识兵，战斗力降低，这点朱载坖又不能够接受，所以朱载坖认为，要在两宋更戍法的基础上，改革地方的兵防，既加强地方的实力，又不能够造成藩镇。