而奉诏抵达京师活佛索南加措已经和礼部开始接洽的，朱载坖之所以召见他，主要是为了利用他在青藏地区巨大的影响力，来帮助朝廷稳定青海，其实在朱载坖肃清海虏的时候，整个朝堂之上对于朝廷经略青海都是很有意见的，很多臣子们认为，经略青海只不过是徒费钱粮罢了，青海对于大明短时间内并不能带来很大的利益，只不过是为了朱载坖成就所谓霸业的添头罢了，对于这种说法，朱载坖不屑一顾。
诚然，青海之前一直不被朝廷重视，主要原因在于青藏高原海拔太高，并且物产匮乏，不利于驻军，并且，还会增加朝廷的财政负担。毕竟，朝廷也要考虑成本问题。但是青海是交通要道，四川、西藏、西域、蒙古，对于大明来说，青海的位置何其重要？已经是不言而喻了。
朝廷只要控制了青海，使得青海从此与西藏的联系减弱，成为中原沟通西藏、新疆最重要的通道，从此西藏、新疆、川滇等地一旦有变，则朝廷大军可立至！这是朱载坖所最看重的事情，朝廷可以以青海为跳板，经略西域和西藏，假以时日，可以将青藏都纳入大明的版图之中。这是这些臣子们所不能理解的。
朱载坖在索南加措到来之前，已经先召见了阁部重臣和礼部尚书徐学谟了，对于这个和索南加措的商谈，朱载坖虽然不会亲自出面，但是仍旧是非常之重视的，朱载坖很清楚，索南加措是一把双刃剑，用的好了确实是能够帮助朝廷稳定青海，但是若是用的不好，反而会遗祸子孙，这其中的分寸，要谨慎拿捏才行啊。
朱载坖问道：“张阁老，内阁对于此事有什么看法？”
朱载坖首先询问张居正和内阁辅臣对于此事的意见，对于怎么样用索南加措帮助朝廷安定青海，内阁的意思是要利用索南加措在当地的影响力，帮助朝廷安抚当地的百姓，同时加以教化，但是要严防宗教势力的扩大，尤其是寺院把持地方政务，是要严厉禁止的，要限制寺院僧人数量，不准寺院私藏军器等物，将寺院置于朝廷的控制之下。
对于内阁的这个看法朱载坖大体上是认同的，但是朱载坖也很清楚，青海地域广大，有些地方，朝廷未必能够管的住，尤其是青海靠近西藏的地方，这些地方朝廷还是要借重于索南加措和他背后的格鲁派的。
朱载坖略一思考之后说道：“这样吧，在青海的极边之地，尤其是靠近乌斯藏的地方，可以划给活佛管理，同时朝廷要册封活佛为法王，将这些地方封为法王的教化地，但是青海，是大明的青海，这点他索南加措要明白，朕给他才是他的，朕不给的，他不能抢！青海必须实行改土归流，朝廷要设置州县，同时对青海的行政区划，也要加以详细的规划，将靠近四川的划给四川，靠近云南的划给云南，以减轻青海本省的压力。”
对于索南加措，朱载坖准备两手并用，现在朝廷要倚重他稳定青海，所以必须要给予他一些好处，但是决不能使得索南加措的力量过于扩大，影响到朝廷在青海的统治，对于青海，要坚决的实行改土归流，朱载坖之所以派李成梁统兵肃清青海，就是认为他是一把好刀，李成梁不怕杀戮，只怕人头不够多，之前是朱载坖强行命令李成梁不得滥杀的，现在对于仍旧留在青海，但是却不想服从朝廷的管理的这些人，那就只有剿灭一个办法了，朱载坖对于这些人没有任何心慈手软的想法，必须要让李成梁杀到他们丧胆才行。
安排好了这些事情之后，朱载坖和太子朱翊釴在文华殿内商量事情，对于朱载坖来说，他很清楚，经略西藏、西域，不是朱载坖一个人就能够解决的事情，是要大明数代君王，一代接一代的完成的事情，朱载坖能够做的就是为后世之君们打好基础，给他们以经略西域、西藏的基础。
朱载坖问道：“太子熟读经史，你说说看汉唐为什么要不遗余力的经略西域、乌斯藏，而自宋以后，却没有如此作？”
面对朱载坖的这个问题，朱翊釴思索良久，向朱载坖陈述了自己的看法，朱翊釴认为，汉唐之所以要积极经略西域和乌斯藏，主要有两个原因，一方面是为了断绝草原势力的物资来源。每当中原同草原的贸易出现问题，很多游牧势力就更加需要从西域的定居城市来获得粮食和普通手工业产品。单个西域城市的规模有限，但数个相加还是有着可观的生产力。他们也通过贸易，获得了各种内亚与中原的物资产出。草原霸主们完全可以通过当地商团，进口到他们不方便直接采购的货物。
另一方面是为了给自己开拓一条去中亚的通道。因为草原霸权势力，往往可以控制七河流域到鄂尔多斯地区的漫长商路，而中原的政权却无力触及。因此，很多王朝还是需要走河西走廊到西域，才可能打通去中亚的路线。同时汉唐的统治重心都在关中，西域和乌斯藏对于关中的安全是非常的重要的，唐代之时，吐蕃强大甚至能够直接攻陷长安，所以汉唐对于西域和乌斯藏是十分重视的。
而本朝的情况又有所不同，本朝起于淮泗，无论是南京还是京师与乌斯藏和西域都实在是太远了，在大明建立的时候，当时的西域西部已经存在着比较强大的察合台汗国。这么一个有较大体量和实力的国家存在，实力远远胜过几个西域城邦。
至于当时的西域东部，还有蒙古势力留下的两个地方政权--吐鲁番与哈密。他们都加入了大明的朝贡国体系，不可能成为军事威胁。相反，他们会积极的保持商路畅通，确保有商队经过，拉动国内经济。这样大明就更没有动力去出兵西域了。