藩王和藩府的财产，不仅仅是藩王们几位关心的问题，也是朝廷和其他藩府宗室们关心的问题，藩王们的财产，主要是由房屋、钱粮、土地等构成的。
其中银子等动产是肯定要跟随藩王们一起走了，藩王想问的也不是这些财产的处置问题，藩王们真正担心的是那些带不走的财产，也就是田产、房产等，虽然朝廷已经开始在河南施行藩王田产折色制度，但是秦、晋等王还是拥有大量的田产的，一旦这些藩王们移藩之后，这些田产和宅院等等应该怎么处理，这些都是这些藩王们关心的问题。
朱载坖也在和重臣们商量这个问题，藩王的王府自然是不能动的，一来是除了这些藩王之外，其他人也没有资格使用王府，二来就是藩王们回来省墓什么的，还是居住在王府的，所以这些王府仍旧属于这些藩王们的，只不过由于朝廷已经在新的就藩地为这些藩王们营建了新的王府，所以他们在原来封地上的这个王府也就不能再称之为王府了，而是要改称王府别院，以供这些亲王们在回乡省墓时居住。
不过除了这些王府之外，亲王们在自己的封地上还有大量其他的田产、房屋、店铺、宅院等，这些才是藩王财产的重要组成部分，也是大家关心的事情，内阁辅臣们认为，藩王们既然已经移藩了，朝廷也会在新的封地为他们营建王府，拨给食邑赋税作为藩王们的开支，他们在原来封地上的这些财产就要分给他们下级宗室。
这样的话，可以减少朝廷安置这些宗室们的压力，毕竟要移藩、兴建王府，调动卫所，这些都需要大量的资金，能省一点就是一点，尤其是这些财产，主要是用来安置他们藩内的下级宗室，其实就是在藩王们的宗族内部进行均贫富，这些藩王们理应从中拿出一些财产来用于安置这些低级宗室们。
内阁辅臣们认为，将这些藩王们的土地、房屋、店铺等大半拿出来分配给不跟随藩王们移藩的宗室，使得他们也有一份资产能够在朝廷不在发放宗禄之后也能够维生，同时还要有部分宗室在藩王移藩之后承担起看守历代先王陵墓的责任，对于这些负责守陵的宗室，也要分配田产，让他们能够得以生存下去。
朱载坖直接命令内阁与户部按照现在各藩所要留下来的宗室，同时计算安置他们所需要的钱财、土地等等，然后由朱载坖和这些藩王们沟通，由朱载坖从内承运库拨出一部分银子，补偿这些藩王们，同时让这些藩王们将自己在原来封国中除了王府和必要土地之外的所有田产、宅院、店铺都拿出来用于安置这些低级宗室们。
同时朱载坖还向这些藩王们解释了朝廷准备实行的食邑宗禄制度，将藩王们移藩之后，这些藩王们不仅能够享受比原来更多的宗禄，还可使享受到食邑赋税，朝廷会给这些宗室们按照级别发给相应土地的赋税作为宗室们的食邑收入，亲王三千顷，郡王一千顷，将军五百顷，而且朝廷为了奖励这些首先移藩的亲王们，还要增加两千顷的食邑。
当然，朱载坖不但有利益诱惑，还有朝廷的森严律法，经过礼部、宗人府的会商，以秦王违制请封，紊乱宗藩为由上疏朱载坖，认为应当予以秦王以削爵的处分，朱载坖随即同意了礼部和宗人府的决定，削除秦王爵位，发凤阳高墙圈禁，同时从秦藩之中在择立一位秦王。
朝廷的态度是很明确的，要是不同意朝廷移藩的命令，秦王的下场就是现例子，现在的藩王们可是没有什么能够反抗朝廷的办法了，于是赵、周、沈等王也就纷纷上疏朝廷，表示愿意服从朝廷命令，移藩边疆。
朱载坖对于藩王们的知趣是很满意的，对于这些藩王们予以表彰，赏赐金银锦缎等物。当即下令准备移藩，工部要迅速督造王府，兵部会同五军都督府从各卫所中选取军户，招募无地百姓纳入军户中，编成卫所，随藩王们到新的封地去充实大明的边疆，而随着移藩之后，边疆的行政区划也要予以调整。
原本关西七卫属于陕西行都司管理，但是现在显然不行了，朝廷要移藩哈密，同时也要成立专门的军政机构经略西域，在朱载坖的命令下，设立哈密府，同时将关西七卫以及新设立的哈密诸卫一道设立新的哈密都司和哈密镇，同时为了经略西域，设立西域经略，之前也有臣子上疏，可以效法前唐，设立安西都护，但是被朱载坖予以拒绝了。
朱载坖认为，大明所设立的都护府主要是用于经略外国的，而西域乃是前唐故土，大明是收复西域，使得故土重归，所以应该用经略而非都护。
而在辽东，则是细分辽东镇的防区，现在由于有了大宁镇的遮蔽，辽东不再同时面临西、北两个方向的威胁，辽东镇的主要目标就是镇守东北，防御东北的女真人和蒙古人，同时在东北扩张大明的领土。
而辽东镇的补给重心也从之前的山海关、广宁、辽阳、沈阳一线向辽东半岛倾斜，因为辽东半岛相对气候温和，而且有海运的便利可以利用，朱载坖命令在大连府设立协守金州等处辽东副总兵，负责辽东半岛的防御，同时移藩之后，朝廷在辽东的重点也是辽东半岛，兴修道路，开垦土地，加强辽东和山东的联系。
在云南、贵州也是如此，要析分州县，建立卫所和朝廷的镇守官军，同时向这些地方的卫所调运军械，严令督抚和总协各将，整饬行伍，对于土司的非分要求，要一律予以拒绝，朝廷要对土司采取比以往更加严厉的态度，尤其是对于杨应龙这样本就心怀不轨的人，一旦时机成熟，要毫不犹豫的先发制人。