不过造反不相信眼泪。樊崇迅速组织政府机构。三公九卿班子一并齐全。樊崇很谦虚，只给自己挂了个御史大夫的职务。徐宣为丞相、逢安为左大司马、谢禄为右大司马。
刘侠卿为刘盆子制绛衣赤帻，轩车大马，使得服御乘坐。但刘盆子反视其为不便，依旧偷穿旧衣，与一群牧儿一起出外玩耍。最后逼得刘侠卿只能将其锢居一室，不准出入。樊崇等人也不常去问候，不过假借其名，号召天下罢了。
但不管如何，一切已准备就绪，赤眉军就要攻打长安城了！
7月5日，刘秀封年仅24岁的邓禹为大司徒、酂侯，食邑万户。接着就要选大司空和大司马。刘秀根据助他称帝的那《赤伏符》上的谶语“王梁主卫作玄武”11日，封王梁为大司空。还准备依谶语封一个名不见经传的平狄将军孙咸为大司马，这下众人都不干了。于是16日，吴汉被封为大司马。景丹为骠骑大将军、耿弇为建威大将军、盖延为虎牙大将军、朱祜为建义大将军、杜茂为大将军。
伏湛曾被刘玄任命为平原郡太守。当时天下大乱，伏湛却将平原郡治理得平平安安。刘秀此时便也让伏湛担任尚书，让他典定旧制。同时又因邓禹西征在外，刘秀拜伏湛为丞相司直，代邓禹行大司徒事。
邓禹在河东郡汾阴县渡过黄河，进入对岸的左冯翊夏阳县，并在衙县杀败刘玄手下的左辅都尉公乘歙的十余万兵马。
元氏王刘歙的从弟刘茂在河南郡的京、密二县之间自称厌新将军，后攻下颍川、汝南二郡，有众十余万。刘秀命景丹、耿弇、陈俊前去攻打。最后刘茂投降，被封为中山王。
7月，刘秀来到河内郡治怀县。命耿弇、陈俊屯军五社津，防备成皋、荥阳以东的敌军。再命吴汉率朱祜、岑彭、贾复、坚镡等11位将军，将朱鲔的洛阳城团团围住。8月，刘秀再进至河内郡河阳县。刘玄所封的廪丘王田立投降。
8月，李松从掫城回兵，与赵萌一起猛攻长安。连战月余，终于把王匡、张卬等人赶了出去。刘玄重回长信宫。然而正当刘玄沉浸于胜利的喜悦中时，一片恐怖的压城之云，已飘向了长安城。
这片黑云，不是邓禹大军，而是赤眉的虎狼之师！赤眉军已杀到了长安城东北、左冯翊的高陵县。王匡、张卬直接投降，然后帮助赤眉军一起攻打长安城的东都门。李松出战，被生擒。李松之弟李况是城门校尉，他主动打开城门，迎接赤眉军进城。
9月，赤眉军进城。刘玄单骑从厨城门再次逃出长安城。刘盆子的大哥、被刘玄封为式侯的刘恭因赤眉军拥立的是他三弟，不得不自系诏狱，等待刘玄发落。可现在刘玄都逃走了，刘恭只能带着枷锁来见定陶王刘祉，由刘祉为他除去枷锁。两人一起沿着渭河去追奔刘玄。
刘玄任命的右辅都尉严本此时心怀叵测，欲将刘玄献于赤眉以邀功。于是便以带兵保护为名，将刘玄劫至高陵县，派兵日夜监守。刘玄手下的将领纷纷投降赤眉军，只有丞相曹竟不降，被杀。
消息传来，刘秀很是厚道，6日专门下了一道诏书：封刘玄为淮阳王。且发表声明，如有敢胆诛杀刘玄者，以大逆罪论处；如有护送刘玄到我这边来的，将赐爵封侯。
19日，刘秀下诏：名冠天下，当受天下重赏。故封已70多岁的卓茂为百官之首的太傅、褒德侯。
刘秀尽管登基称帝了，可他还缺个像样的首都。而举天下之大，唯有两个地方最有王气：长安就别想了，刘秀只一心想着能定都洛阳。
此时，洛阳城已被团团包围，迟早会落到刘秀手里。可这个‘迟早’到底是什么时候呢？刘秀也不知道。转眼数月过去了，看着洛阳城里的朱鲔还在顽守，老实说：刘秀还真着急了！
人性都是有弱点的。只要抓住其弱点，便可事半功倍。就像对付李轶那样，不费一兵一枪就把他干掉了。那眼前这个朱鲔，到底用什么办法能搞定他呢？这时，刘秀想到了一招：既然朱鲔不吃硬的，何不试着喂他吃软的？刘秀就想到了一个人。
刘秀把岑彭召来“你现在是我的廷尉，但以前也曾是朱鲔的校尉。我派你个任务，前去说降朱鲔”岑彭领命，来到洛阳城下，与城上的朱鲔彼此相望。岑彭对着城上滔滔不绝做了半天思想工作。未了，朱鲔道“你讲的那些我都懂。可现在有两件事：1刘秀的大哥刘縯是和我李轶设计杀掉的；2我曾劝阻刘玄不要派刘秀去河北…如我现在投了刘秀，他会不会因忌恨这两件事而对我不利呢”
岑彭一想也对，这问题得先回去问问领导才行。于是他转头便走，把这些话原封不动的转述给刘秀。刘秀道“你去告诉朱鲔：做大事者，不会把这些小怨恨放在心上。只要他肯投降，我可保他官爵，更不会杀他了。有黄河作证，我刘秀绝不食言”
岑彭又跑回洛阳城下，把刘秀那番话对着城上的朱鲔喊了一遍。朱鲔听后，从城上放下一条软绳做的梯子，对着城下喊道“岑彭，如你说的是真的，就爬上来跟我好好谈谈”
岑彭望着绳梯，稍稍一愣，然后抓住绳子就要爬上去。这时，只见朱鲔在城上仰天大笑“行了，你不必上来了。我相信你”朱鲔告诉岑彭：他愿意投降，五天后一定亲往去见刘秀。
五天后26日，朱鲔真的出城了。但出发前，朱鲔命令诸将守守城池“你们一定要看好洛阳城。若我此趟我不能回来，你们就率军杀出轘辕关，去颍川郡投奔郾王尹尊”
说到底，朱鲔还是不太信任刘秀。他叫人将自己五花大绑，和岑彭一道去见刘秀。刘秀亲自为朱鲔松绑，酒宴侍侯。又命岑彭当天夜里，把朱鲔安全的送回洛阳城。
这就是成大事者的胸怀，朱鲔彻底服了！第二天，他与苏茂等将军打开洛阳城门，率众出降。被封为平狄将军、扶沟侯。
紧接着，侍御史杜诗奉命进城，安抚洛阳百姓，禁止军士侵掠。将军萧广纵兵为虐，杜诗颁示谕旨，令其严明军纪。萧广不听，被杜诗当场格杀。刘秀知道后，特意召见杜诗，赐以棨戟。从此骄兵悍将并皆敬惮，不敢为非。洛阳于是大安。
10月18日，刘秀进入洛阳，幸南宫却非殿并下诏正式定洛阳为东汉王朝的首都！
搞定了洛阳，接下来就看邓禹怎么拿下长安城了。但实话实说，现在的长安城简直乱透了，仅凭邓禹一人，恐怕收拾不了长安城那个巨大的烂摊子！
刘秀的诏书已下了一个多月，淮阳王刘玄还在躲着，对刘秀诏书睬都不睬。这时赤眉军也以刘盆子的天子名义发布了一个诏书“二十天内限刘玄投降，封长沙王。超过期限，不再接受”
此诏一出，刘玄心动了。好好的刘秀他不跟，竟要跟刘盆子。物以类聚，人以群分，这话还真没说错。绿林和赤眉都是抢劫出身，凑到一起，也算是臭味相投了。
刘玄派刘盆子的大哥刘恭去跟赤眉军派来的谢禄谈判。双方很快达成协议。刘玄随谢禄去见了刘盆子：肉袒并奉上玺绶。樊崇拿到皇帝玉玺后，仰天长笑，转身离去…完了！刘玄被甩在空荡荡的庭子中，心中充满恐惧。凭着职业嗅觉，他闻到死亡正向他迎面扑来！
前面说过了：赤眉军来攻打长安，不过是黑吃黑。此次，樊崇以长沙王为饵，诱刘玄投降，就是为了传说中的皇帝玉玺。只要那个玩意儿一到手，刘玄还有活着的价值吗？
樊崇离开后，赤眉将领们便准备立即将刘玄杀了。这时，刘恭急忙追上樊崇，大声吼道“如你今天杀了他，我也就死在你的面前”尽管刘盆子是个傀儡，但其兄的这一声怒吼，总算将樊崇吼明白了。做人可以无耻，但不能这么无耻！过桥拆河，见利忘义，真的不厚道啊！
樊崇拍拍脑袋，突然有点不好意思了。良久，只见他抬头道“好吧，那就赦免刘玄，封为畏威侯”但刘恭仍坚持前议。在刘恭的要挟下，樊崇终于同意封刘玄为长沙王。
并让刘玄住在谢禄那里，由谢禄负责保护。当然，刘玄最重要的保护神还是刘盆子的大哥刘恭。只是刘玄的命也只有最后的一个多月了…
刘玄侥幸躲过一劫。但躲得过今天，躲得过明天吗？躲得过明枪，又能躲得过暗箭吗？一想到这，他心都凉了半截。他坚信：在历史角落的阴暗处，埋伏着一批暗箭高手，迟早会朝他背后射来…
刘玄想对了。的确在赤眉军队伍里隐藏着一批放冷箭高手。他们正是那些曾在皇宫里跟刘玄大打出手，被赶出长安城后投奔赤眉军的将领。比如新市兵的首领王匡就是其中一个！
王匡很冤。做坏事的都是他的部将。然而啥坏事，人家想都栽到他头上来。没办法，他是领导，没他点头，那帮人能乱来吗？所以不管王匡是不是这样想的，可人家就是这样想的。由此也可见：乱世领导，还不是一般人能当的！当然，王匡是投了赤眉，可没有人用哪只眼清楚看到，他要给刘玄放冷箭。倒是有人看见张卬要投暗枪了。张卬是下江兵的将领，他的首领王常，曾跟刘縯是一伙的。
现在的长安就一个字：乱！外乱里也乱。长安郊区三辅地区的老百姓们扎营驻军，与赤眉军为敌，发誓要把刘玄抢回来。
百姓们看不惯赤眉，主要还是赤眉军的内部管理太乱了。士兵们上了长安街，只要是顺眼的东西，就都是自己的！出门在外，不抢白不抢。什么复兴汉室，通通都是扯淡。
事实上，赤眉军刚刚起来闹革命的时候，还是有点理想的。曾打出这样一个口号“杀人抵命，伤人赔偿”然而多年过去，人一阔脸就变，早把那些革命口号抛到九霄云外去了！
多年来，长安百姓们实在没碰到过一支不偷不抢的仁义之师。然而突然有一天，长安郊外传来一惊天动地的消息：来了一支部队，他们不拿群众的一针一线！
百姓们奔走传告，为亲眼一睹传说中的正义部队，家家携老带幼，奔到路边候迎。来了一看，果然是一支纪律严明的部队。而这支部队的领导人就是邓禹！邓禹大概做梦也没想到自己竟这么倍受欢迎。路上到处都是革命粉丝，到处都有人喊着要加入革命队伍。平均每天都有上千人加入，部队很快膨胀至百万之数。邓禹名震关西！