王凌继续接话道：“咳，老夫以为世家中大部分人都还是忠于大魏的，就如同荀令君兄弟这般，只有很少的一部分才会如司马懿那般利欲熏心，不顾一切冒这天下之大不韪行此篡逆之事，丞相对世家的成见还是大了一些，老夫以为成大事者当不拘小节才是。”
曹爽开口道：“只要他们能够安分一些，大魏自是不会为难这些世家，但只怕有些人不够安分啊！”
建安九年（204年），曹操攻克邺城，领冀州牧。
有人对曹操说：“应该恢复古代的九州制，则冀州所制者广大，天下易服。”
曹操将要从之，荀彧劝道：“若依照九州制，则河东、冯翊、扶风、西河以及幽州、并州之地全部并入冀州，所夺占囊括的地方众多。之前您击破袁尚，擒审配，海内震动，人人害怕不能保住自己的地盘和兵众。
现在把这些地方并入冀州，就会导致人心紧张。
况且很多人在劝说关右诸将闭关自守；现在他们听到这个消息，肯定以为自己的地盘也会依次被夺。
一旦发生变乱，即使有守善之人，威迫之下也会为非作歹，那么袁尚得以宽限死期，袁谭也会心怀二意，刘表因此保守江、汉之间，天下就不那么容易平定了。
希望您迅速领兵先平定河北，然后修复旧都洛阳，南征荆州，指责刘表不向朝廷进贡，那么天下都了解您的心意，人人安心；等天下完全平定后，再商议恢复古制，这才符合国家长久的利益。”
曹操回信给荀彧说：“如果不是足下提醒，损失就大了！”于是搁置了九州制的计划。
当时，荀攸为曹操谋主，荀彧与荀攸分主内外，都是地位显贵。
荀彧将所赐之物皆散给族人和朋友，家无余财。曹操还将女儿（后为安阳公主）许荀彧长子荀恽为妻。
建安十年（205年），曹操平定河北，而高干举并州作乱。当时河东太守王邑被征，郡人卫固、范先请求留下王邑，暗中却与高干同谋。
曹操对荀彧说：“关西诸将，依靠险要和马匹，倘若受征必定作乱。张晟寇崤、渑之间，南通刘表，卫固等人又依赖张晟，我担心他们会成为大患。河东郡被山带河，四周经常发生变乱，是当今天下重要的一个地区。请您为我举荐一个像萧何、寇恂那样的人治理那里。”
荀彧说：“西平太守京兆杜畿，勇足以当难，智足以应变。”曹操遂让杜畿为河东太守。
杜畿到任后，平定叛乱，广施仁政，在任十六年，政绩获誉天下第一。
建安十二年（207年）三月，曹操上书称赞荀彧的功劳说：“从前袁绍侵略郊畿，大战于官渡。当时我军兵寡粮少，打算退回许县，就写信给荀彧商议，荀彧反对臣的意见，极力申述应当坚守的好处，提出进讨的方略，启发臣的思想，改变了臣错误的打算，才得以打败强敌，覆取其部众。
荀彧洞察胜败关键，这种才能世间少有。袁绍战败后，臣的军粮也用完了，臣以为河北不容易攻取，就打算南讨刘表。荀彧再次阻止臣，又详尽说明得失，臣听从了荀彧的意见，回师北征，得以歼灭恶贼，平定四州。
当初如果臣从官渡退兵，袁绍必定击鼓前进，我军形势就会倾覆，难以取胜。
之后如果南征刘表，忽视兖州、豫州，不光难以得利，还会失去原来的地盘。
荀彧提出这两条计谋，转败为胜，转祸为福，谋殊功异，是臣比不上的。
所以先帝看重指挥调度的人，轻赏临阵作战的人；古人重视运筹帷幄之功，看轻攻城拔寨之勇。之前对荀彧的封赏，难以与他的功勋相比，臣请求重新评议，增添他的食邑。”
荀彧极力推辞。曹操写信给他说：“您所献的策谋，还不只是我所表的这两件事。您一直谦虚，是仰慕鲁连先生吗？通达时务的圣人是不会在意这个的。从前介子推说：‘盗窃别人财物，尚且叫作盗贼。’何况您的智谋能够安定人事，使我获得荣耀的就有一百多件，我仅以这两件事为您增封，您都要推辞，何必如此谦逊呢？”
于是荀彧食邑增加一千户，前后共计二千户。曹操还要表荀彧为三公（当时以太尉、司徒、司空为三公），荀彧使荀攸推辞十几次才作罢。
同年冬，曹操准备讨伐刘表，问计于荀彧，荀彧说：“今华夏已平，南土知困矣。可显出宛、叶而间行轻进，以掩其不意”。曹操南征，八月，刘表病死，曹操遂得荆州。
建安十七年（212年），董昭等人提议让曹操进爵国公、加封九锡（九锡是古代帝王对大臣的九种赏赐，有车马、衣服、乐器、武士、弓矢等，这是对大臣的最高礼遇），秘密与荀彧商议此事。
荀彧认为：“曹公本兴义兵以匡朝宁国，秉忠贞之诚，守退让之实；君子爱人以德，不宜如此。”事情因此搁置，曹操“心不能平”。
同年，曹操南征孙权，上表请荀彧到谯郡劳军。
荀彧到达以后，曹操乘机把他留在军中，又上表：“臣闻自古遣将，上面设有监督，下面派有相助的副职，所以能够显示国家的尊严，减少过失。如今臣正要渡江，奉辞伐罪，应该有天使奉行王命。文武并用，是自古就有的例子。使持节、侍中守尚书令万岁亭侯荀彧，是国家的重臣，德行闻名华夏，已经到了军中，便应该和臣一道进军，宣示国家命令，用威德镇抚敌寇。军贵神速，臣来不及请示，因此私自留下荀彧，以作为重要的助手。”
献帝听从了曹操的上表，于是以荀彧为侍中、光禄大夫，持节，参丞相军事。
曹操军至濡须，荀彧因病留在寿春（今安徽寿县），不久忧虑而亡，时年五十岁。
献帝深感痛惜，祭祀之日不奏乐。谥曰敬侯。其子荀恽袭爵，后官至虎贲中郎将。
次年（213年），曹操进封魏公。咸熙二年（265年），魏帝曹奂追赠荀彧为太尉。